转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 76 / 134 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003163 Chr01 NC_080387.1:50438911-50438923promoter 内 1487-1499 bp + 2502 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 50441425-50448394(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTAATGGATAATG
SmilChr01G000331 Chr01 NC_080387.1:6762921-6762933promoter 内 1459-1471 bp - 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 6759336-6760391(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCCGTGGATAAGG
SmilChr02G002952 Chr02 NC_080388.1:50067100-50067112promoter 内 1320-1332 bp + 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 50062262-50064431(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTTATCCTGTAT
SmilChr01G005496 Chr01 NC_080387.1:71862315-71862327promoter 内 1273-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 71865043-71868647(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTCGATT
SmilChr03G002065 Chr03 NC_080389.1:31515488-31515500promoter 内 1264-1276 bp - 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 31518225-31519750(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATCAT
SmilChr03G000608 Chr03 NC_080389.1:6718684-6718696promoter 内 1260-1272 bp - 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 6714808-6715955(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTGAGATAAGG
SmilChr03G001066 Chr03 NC_080389.1:12375410-12375422promoter 内 1152-1164 bp + 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 12378259-12381472(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGATGGATAAGA
SmilChr01G004700 Chr01 NC_080387.1:65104966-65104978promoter 内 1119-1131 bp + 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 65099193-65102096(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTATAT
SmilChr01G000649 Chr01 NC_080387.1:14487005-14487017promoter 内 1101-1113 bp - 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 14481123-14484117(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGTCCAGATAAGG
SmilChr02G003547 Chr02 NC_080388.1:56615910-56615922promoter 内 1074-1086 bp - 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 56618837-56620398(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCTAAGG
SmilChr02G000932 Chr02 NC_080388.1:16246115-16246127promoter 内 1038-1050 bp + 2951 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 16239087-16243164(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCATTATT
SmilChr01G001690 Chr01 NC_080387.1:31121971-31121983promoter 内 1021-1033 bp + 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 31115878-31119003(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTGGACT
SmilChr03G002012 Chr03 NC_080389.1:30072305-30072317promoter 内 935-947 bp + 3054 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 30075371-30076000(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGATGGATAAGA
SmilChr02G004176 Chr02 NC_080388.1:64047848-64047860promoter 内 924-936 bp + 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 64042824-64044783(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATCTG
SmilChr01G000386 Chr01 NC_080387.1:7972577-7972589promoter 内 735-747 bp - 3254 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 7966289-7969323(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GGTGTGGATAATA
SmilChr02G000354 Chr02 NC_080388.1:4573392-4573404promoter 内 656-668 bp + 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 4576737-4577192(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTATGGGATAAGA
SmilChr01G003842 Chr01 NC_080387.1:56756357-56756369promoter 内 560-572 bp - 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 56751999-56752928(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGATGGATAAGA
SmilChr01G005368 Chr01 NC_080387.1:70898541-70898553promoter 内 442-454 bp + 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 70892558-70894994(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATCAT
SmilChr01G003446 Chr01 NC_080387.1:53023709-53023721promoter 内 421-433 bp + 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 53027289-53033056(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGATGGATAAGA
SmilChr03G002013 Chr03 NC_080389.1:30072305-30072317promoter 内 297-309 bp + 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 30076009-30077247(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGATGGATAAGA
SmilChr02G003363 Chr02 NC_080388.1:54759232-54759244promoter 内 231-243 bp + 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 54753719-54755474(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCTTGCC
SmilChr03G001177 Chr03 NC_080389.1:13521289-13521301promoter 内 221-233 bp - 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 13525069-13537051(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATGAA
SmilChr03G001475 Chr03 NC_080389.1:17719866-17719878promoter 内 144-156 bp + 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 17712300-17716021(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTGGACT
SmilChr01G003257 Chr01 NC_080387.1:51266309-51266321promoter 内 140-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 51270170-51273124(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCACACC
SmilChr02G000358 Chr02 NC_080388.1:4612020-4612032promoter 内 139-151 bp + 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 4615882-4618242(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTGGCAGATAAGG
SmilChr02G001121 Chr02 NC_080388.1:20212767-20212779promoter 内 122-134 bp - 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 20206755-20208900(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTTTTGGATAATG
SmilChr01G002084 Chr01 NC_080387.1:36786035-36786047promoter 内 78-90 bp - 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 36778082-36782124(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAACA
SmilChr02G005191 Chr02 NC_080388.1:73195460-73195472promoter 内 45-57 bp + 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 73199416-73201412(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTCATGGATAAGA
SmilChr01G002344 Chr01 NC_080387.1:40593936-40593948promoter 内 29-41 bp - 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 40586139-40589976(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTAATGGATAATG
SmilChr02G004773 Chr02 NC_080388.1:69895938-69895950promoter 内 3914-3926 bp + 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 69896025-69902499(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAGTTGGATAAGA
SmilChr02G000630 Chr02 NC_080388.1:9512504-9512516promoter 内 2115-2127 bp - 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 9504658-9510630(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGACCGGATAAGA
SmilChr01G001917 Chr01 NC_080387.1:34310866-34310878promoter 内 1483-1495 bp + 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 34313384-34317252(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGAAGAGATAAGG
SmilChr01G001873 Chr01 NC_080387.1:33754174-33754186promoter 内 1447-1459 bp + 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 33756728-33760494(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGAAGAGATAAGG
SmilChr01G002349 Chr01 NC_080387.1:40644823-40644835promoter 内 665-677 bp - 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 40637857-40641499(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATTATTGATAAGG
SmilChr01G001092 Chr01 NC_080387.1:22374332-22374344promoter 内 3851-3863 bp + 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 22371515-22374194(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCCATCT
SmilChr01G001015 Chr01 NC_080387.1:21318936-21318948promoter 内 3827-3839 bp - 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 21319110-21321772(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCCATCT
SmilChr01G002373 Chr01 NC_080387.1:40952455-40952467promoter 内 3801-3813 bp - 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 40952655-40959050(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCATAAA
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SmilChr01G005318 Chr01 NC_080387.1:70422405-70422417promoter 内 2346-2358 bp - 1643 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 70417602-70420762(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACATGGGATAAGG
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