转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004392; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022653-RA_Salv SmilChr05G004392 WRKY XP_057811204.1 MP00506 AAAAGTCAACGAC

可能结合的靶基因

9818 个结合位点 7173 个候选靶基因 第 77 / 144 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001001 Chr02 NC_080388.1:17641558-17641570promoter 内 2376-2388 bp - 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 17633056-17639945(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AATAGTCAACATG
SmilChr03G001211 Chr03 NC_080389.1:13934260-13934272promoter 内 2353-2365 bp + 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 13935908-13936964(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACAAGTCAAAGAT
SmilChr04G001158 Chr04 NC_080390.1:17138550-17138562promoter 内 2255-2267 bp + 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 17140296-17140640(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTAGTCAACCCC
SmilChr03G000505 Chr03 NC_080389.1:5450694-5450706promoter 内 1952-1964 bp - 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 5447638-5448657(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAAAGTCAACTTT
SmilChr01G001161 Chr01 NC_080387.1:23604910-23604922promoter 内 1938-1950 bp + 2051 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 23606973-23612688(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGTGGTCAACGAT
SmilChr04G001226 Chr04 NC_080390.1:19188482-19188494promoter 内 1698-1710 bp - 2291 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 19190785-19196173(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GACCTTGACTTTG
SmilChr03G001210 Chr03 NC_080389.1:13934260-13934272promoter 内 1681-1693 bp + 2308 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 13929505-13931952(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATCTTTGACTTGT
SmilChr01G004637 Chr01 NC_080387.1:64402167-64402179promoter 内 1654-1666 bp - 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 64397448-64399832(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAATC
SmilChr03G000506 Chr03 NC_080389.1:5450694-5450706promoter 内 1650-1662 bp - 2339 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 5453045-5453746(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAGTTGACTTTA
SmilChr01G000954 Chr01 NC_080387.1:20178020-20178032promoter 内 1588-1600 bp + 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 20173060-20175619(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CCCTTTGACTTGC
SmilChr03G002956 Chr03 NC_080389.1:46314312-46314324promoter 内 1448-1460 bp + 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 46307575-46311771(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AATGTTGACTTGT
SmilChr04G001239 Chr04 NC_080390.1:19461502-19461514promoter 内 998-1010 bp - 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 19464505-19469117(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GACCTTGACTTTG
SmilChr04G000592 Chr04 NC_080390.1:6617698-6617710promoter 内 974-986 bp - 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 6612261-6614683(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATAAGTCAACCAG
SmilChr04G000111 Chr04 NC_080390.1:969517-969529promoter 内 890-902 bp + 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 972628-975632(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGAAGTCAACTCA
SmilChr04G000614 Chr04 NC_080390.1:6937610-6937622promoter 内 618-630 bp + 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 6929908-6934239(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTTGTTGACTATG
SmilChr04G001088 Chr04 NC_080390.1:15609201-15609213promoter 内 403-415 bp - 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 15601917-15605615(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAACCG
SmilChr03G001939 Chr03 NC_080389.1:27571336-27571348promoter 内 193-205 bp + 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 27564948-27567540(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACTTTGACTTCG
SmilChr03G001136 Chr03 NC_080389.1:13093703-13093715promoter 内 185-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 13087507-13089899(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACCGTTGACCAAC
SmilChr01G001833 Chr01 NC_080387.1:33287169-33287181promoter 内 179-191 bp - 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 33278872-33283359(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGAAGTCAACAGG
SmilChr01G005371 Chr01 NC_080387.1:70925448-70925460promoter 内 27-39 bp - 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 70915528-70921486(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAATCC
SmilChr03G003800 Chr03 NC_080389.1:57076483-57076495promoter 内 3948-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 57060998-57076442(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTAGTTGACTTAT
SmilChr03G003790 Chr03 NC_080389.1:57002349-57002361promoter 内 3942-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 56993332-57002302(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTAGTTGACTTAT
SmilChr01G000651 Chr01 NC_080387.1:14494752-14494764promoter 内 3934-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 14494819-14495241(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCAAGTCAACAAC
SmilChr04G000814 Chr04 NC_080390.1:10206231-10206243promoter 内 3925-3937 bp - 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10205237-10206167(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACAAGTCAACTCT
SmilChr01G003645 Chr01 NC_080387.1:54938027-54938039promoter 内 3919-3931 bp - 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54934911-54937957(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAAAGTCAACTAA
SmilChr03G000525 Chr03 NC_080389.1:5633519-5633531promoter 内 3911-3923 bp - 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 5633609-5636927(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGCCTTGACTTTT
SmilChr02G001604 Chr02 NC_080388.1:29879044-29879056promoter 内 3907-3919 bp + 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 29879138-29879524(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCAAGTCAACAAC
SmilChr03G000225 Chr03 NC_080389.1:2647106-2647118promoter 内 3903-3915 bp - 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2647204-2649873(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCCGTTGACGTCG
SmilChr01G002050 Chr01 NC_080387.1:36317694-36317706promoter 内 3871-3883 bp - 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 36317824-36318761(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGCATTGACTTAT
SmilChr03G000871 Chr03 NC_080389.1:9890544-9890556promoter 内 3865-3877 bp - 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 9888327-9890420(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCAAGTCAACAAC
SmilChr03G002159 Chr03 NC_080389.1:33620976-33620988promoter 内 3853-3865 bp - 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 33621124-33622008(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CATGTTGACTATT
SmilChr01G006055 Chr01 NC_080387.1:76026485-76026497promoter 内 3815-3827 bp + 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 76025012-76026311(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATCTTTGACTTGT
SmilChr01G000953 Chr01 NC_080387.1:20171495-20171507promoter 内 3580-3592 bp - 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 20171916-20171987(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTAGTTGACTTTA
SmilChr01G004927 Chr01 NC_080387.1:67339157-67339169promoter 内 3547-3559 bp + 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 67339611-67342046(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAAAGTCAACTAA
SmilChr01G000696 Chr01 NC_080387.1:15594734-15594746promoter 内 3523-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 15595212-15597503(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACAAGTCAAAGAT
SmilChr02G002023 Chr02 NC_080388.1:36459352-36459364promoter 内 3522-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 36456009-36458885(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GATTTTGACTTTT
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