转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 77 / 151 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002105 Chr04 NC_080390.1:33995558-33995570promoter 内 1252-1264 bp - 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 33998307-34003165(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTGGTAGGTGTC
SmilChr05G001606 Chr05 NC_080391.1:14800289-14800301promoter 内 656-668 bp + 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 14803634-14806804(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACACAC
SmilChr05G000917 Chr05 NC_080391.1:7275555-7275567promoter 内 586-598 bp - 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 7278970-7281358(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CAAGTTAGGTAAT
SmilChr02G000727 Chr02 NC_080388.1:11817726-11817738promoter 内 368-380 bp + 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 11821359-11822787(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACAAT
SmilChr04G002242 Chr04 NC_080390.1:36206710-36206722promoter 内 305-317 bp + 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 36210406-36218365(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACAAT
SmilChr03G003096 Chr03 NC_080389.1:48012934-48012946promoter 内 3978-3990 bp + 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 48012061-48012923(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAGGTAGGTACT
SmilChr03G004170 Chr03 NC_080389.1:60450794-60450806promoter 内 3972-3984 bp + 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 60447240-60450777(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAATGTAGGTAGC
SmilChr03G000775 Chr03 NC_080389.1:8837245-8837257promoter 内 3891-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 8835718-8837147(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCAATTAGGTAAA
SmilChr02G002162 Chr02 NC_080388.1:38834167-38834179promoter 内 3804-3816 bp - 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 38832419-38833982(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTACCTACAATT
SmilChr02G000910 Chr02 NC_080388.1:15744927-15744939promoter 内 3771-3783 bp - 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 15743999-15744709(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAAATTT
SmilChr04G001744 Chr04 NC_080390.1:28728979-28728991promoter 内 3761-3773 bp - 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 28729219-28736216(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGTGTAGGTAAA
SmilChr04G001784 Chr04 NC_080390.1:29265740-29265752promoter 内 3760-3772 bp + 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 29258523-29265511(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGTGTAGGTAAA
SmilChr01G003591 Chr01 NC_080387.1:54458251-54458263promoter 内 3710-3722 bp + 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54458542-54509308(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCAACCTACCTTA
SmilChr01G003592 Chr01 NC_080387.1:54458251-54458263promoter 内 3698-3710 bp + 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54458554-54462410(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCAACCTACCTTA
SmilChr03G000200 Chr03 NC_080389.1:2277631-2277643promoter 内 3664-3676 bp - 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 2277968-2282418(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CAAAGTAGGTAGT
SmilChr01G004784 Chr01 NC_080387.1:66036477-66036489promoter 内 3576-3588 bp + 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 66036902-66038789(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACAAT
SmilChr05G001475 Chr05 NC_080391.1:13513897-13513909promoter 内 3556-3568 bp - 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 13512575-13513464(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATTGG
SmilChr05G001955 Chr05 NC_080391.1:19991632-19991644promoter 内 3533-3545 bp + 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 19992100-19994899(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAACAAT
SmilChr02G004263 Chr02 NC_080388.1:64834087-64834099promoter 内 3471-3483 bp - 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 64828012-64833569(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTACCTACAACT
SmilChr05G000671 Chr05 NC_080391.1:5119573-5119585promoter 内 3450-3462 bp - 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 5112679-5119034(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCAACCTACCACA
SmilChr03G004187 Chr03 NC_080389.1:60559067-60559079promoter 内 3421-3433 bp - 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 60555913-60558499(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGTACCTACCTTC
SmilChr02G002940 Chr02 NC_080388.1:49900165-49900177promoter 内 3407-3419 bp - 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 49900759-49908125(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTGTTAGGTAAT
SmilChr04G003181 Chr04 NC_080390.1:48523149-48523161promoter 内 3375-3387 bp + 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 48521543-48522535(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCGGTAGGTTGC
SmilChr02G001843 Chr02 NC_080388.1:33644700-33644712promoter 内 3312-3324 bp + 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 33641703-33644023(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTGTTAGGTAAT
SmilChr03G004186 Chr03 NC_080389.1:60559067-60559079promoter 内 3258-3270 bp - 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 60555913-60558336(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGTACCTACCTTC
SmilChr05G002040 Chr05 NC_080391.1:21232488-21232500promoter 内 3152-3164 bp - 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 21233337-21242290(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGTTGTAGGTAGC
SmilChr02G005569 Chr02 NC_080388.1:75590305-75590317promoter 内 3115-3127 bp - 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 75584703-75589431(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATCGA
SmilChr03G002345 Chr03 NC_080389.1:36985158-36985170promoter 内 3094-3106 bp + 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 36981758-36984263(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCGGTAGGTGTG
SmilChr03G001376 Chr03 NC_080389.1:16248062-16248074promoter 内 3074-3086 bp + 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16248989-16250404(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATACCTACCCTC
SmilChr03G002713 Chr03 NC_080389.1:43086766-43086778promoter 内 2973-2985 bp + 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 43087794-43095524(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACATAT
SmilChr01G000475 Chr01 NC_080387.1:9701401-9701413promoter 内 2965-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 9702437-9703472(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGTGTAGGTAAA
SmilChr01G003588 Chr01 NC_080387.1:54429794-54429806promoter 内 2881-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54430914-54433917(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCAACCTACCTTA
SmilChr02G002983 Chr02 NC_080388.1:50422757-50422769promoter 内 2837-2849 bp + 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 50415867-50421605(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGTTGTAGGTAAC
SmilChr02G004781 Chr02 NC_080388.1:70008170-70008182promoter 内 2594-2606 bp + 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 69999839-70006775(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAAGTAGGTAAT
SmilChr04G003012 Chr04 NC_080390.1:46521073-46521085promoter 内 2581-2593 bp - 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 46518724-46519665(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACTTAT
SmilChr05G001479 Chr05 NC_080391.1:13564236-13564248promoter 内 2486-2498 bp + 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 13565751-13571047(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CACACCTACCCAA
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