转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012717-RA_Salv SmilChr01G004114 WRKY XP_057781125.1 MP00284 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6552 个候选靶基因 第 78 / 132 下载 TSV

上一页 78 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001293 Chr01 NC_080387.1:25754154-25754164promoter 内 225-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 25757930-25762497(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr01G004539 Chr01 NC_080387.1:63534193-63534203promoter 内 193-203 bp - 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 63538001-63539758(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr01G002027 Chr01 NC_080387.1:35819836-35819846promoter 内 3945-3955 bp + 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 35819892-35822581(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G002048 Chr01 NC_080387.1:36292697-36292707promoter 内 3892-3902 bp - 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 36289954-36292598(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G001553 Chr02 NC_080388.1:28834387-28834397promoter 内 3841-3851 bp - 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 28829532-28834237(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G003431 Chr02 NC_080388.1:55546261-55546271promoter 内 3812-3822 bp - 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 55544934-55546082(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G005366 Chr01 NC_080387.1:70882121-70882131promoter 内 3795-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 70882327-70885245(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G001354 Chr01 NC_080387.1:26809784-26809794promoter 内 3794-3804 bp + 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 26809991-26810948(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G004120 Chr01 NC_080387.1:59723450-59723460promoter 内 3758-3768 bp - 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59723147-59723217(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr01G005842 Chr01 NC_080387.1:74415814-74415824promoter 内 3747-3757 bp - 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 74411756-74415570(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G002738 Chr02 NC_080388.1:47315248-47315258promoter 内 3694-3704 bp - 297 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 47313509-47314951(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAAAC
SmilChr02G002938 Chr02 NC_080388.1:49890113-49890123promoter 内 3671-3681 bp - 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 49884668-49889793(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr03G000790 Chr03 NC_080389.1:9006329-9006339promoter 内 3657-3667 bp - 334 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 9006673-9007268(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr03G000722 Chr03 NC_080389.1:8075581-8075591promoter 内 3651-3661 bp + 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 8075931-8076936(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAAAC
SmilChr03G000591 Chr03 NC_080389.1:6574096-6574106promoter 内 3638-3648 bp - 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 6572757-6573743(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAAAC
SmilChr01G001633 Chr01 NC_080387.1:30391070-30391080promoter 内 3579-3589 bp - 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30391492-30392433(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTTA
SmilChr01G003623 Chr01 NC_080387.1:54782800-54782810promoter 内 3523-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 54783278-54790583(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr02G003083 Chr02 NC_080388.1:51745550-51745560promoter 内 3463-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51743062-51745022(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTTA
SmilChr01G000899 Chr01 NC_080387.1:19059571-19059581promoter 内 3414-3424 bp + 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19060158-19062455(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AGTGGTCAACG
SmilChr02G000469 Chr02 NC_080388.1:6344187-6344197promoter 内 3341-3351 bp + 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 6341401-6343537(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr01G000335 Chr01 NC_080387.1:6829706-6829716promoter 内 3333-3343 bp - 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 6830374-6831466(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr02G001742 Chr02 NC_080388.1:32019068-32019078promoter 内 3263-3273 bp - 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 32017537-32018340(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAAAC
SmilChr01G000059 Chr01 NC_080387.1:947576-947586promoter 内 3224-3234 bp + 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 945299-946809(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr01G002852 Chr01 NC_080387.1:47111019-47111029promoter 内 3166-3176 bp + 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 47111854-47114130(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAAAC
SmilChr01G005313 Chr01 NC_080387.1:70388213-70388223promoter 内 2869-2879 bp - 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 70389345-70389935(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr02G000931 Chr02 NC_080388.1:16233816-16233826promoter 内 2846-2856 bp - 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 16234971-16238879(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr02G001927 Chr02 NC_080388.1:34681957-34681967promoter 内 2791-2801 bp + 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34683167-34686374(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAAAC
SmilChr01G001460 Chr01 NC_080387.1:28363642-28363652promoter 内 2772-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 28360104-28362423(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTTA
SmilChr02G001430 Chr02 NC_080388.1:27007912-27007922promoter 内 2711-2721 bp - 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 27005555-27006632(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAAAGTCAAAA
SmilChr02G001738 Chr02 NC_080388.1:31947106-31947116promoter 内 2662-2672 bp - 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 31948445-31952967(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTTA
SmilChr03G001354 Chr03 NC_080389.1:15904758-15904768promoter 内 2598-2608 bp - 1393 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 15901754-15903365(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAAAC
SmilChr02G000833 Chr02 NC_080388.1:14100686-14100696promoter 内 2572-2582 bp + 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 14102115-14103030(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAAAC
SmilChr01G005426 Chr01 NC_080387.1:71447583-71447593promoter 内 2523-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 71443087-71446115(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTTA
SmilChr01G006172 Chr01 NC_080387.1:77238475-77238485promoter 内 2503-2513 bp + 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 77239973-77247195(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAAAGTCAAAC
SmilChr01G002745 Chr01 NC_080387.1:45778772-45778782promoter 内 2447-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45769517-45777228(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
SmilChr01G005202 Chr01 NC_080387.1:69696115-69696125promoter 内 2414-2424 bp + 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 69693884-69694538(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTG
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