转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 79 / 141 下载 TSV

上一页 79 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G004558 Chr07 NC_080393.1:58302249-58302263promoter 内 1073-1087 bp - 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 58305177-58312302(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCACAACCGACACTC
SmilChr01G002492 Chr01 NC_080387.1:42660636-42660650promoter 内 1066-1080 bp + 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 42663571-42665645(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCCGTCGGTGATCG
SmilChr06G003089 Chr06 NC_080392.1:43738968-43738982promoter 内 953-967 bp + 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 43742016-43747651(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCCGTCGGTGATCG
SmilChr08G003092 Chr08 NC_080394.1:31126319-31126333promoter 内 815-829 bp + 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 31129505-31132258(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGGCGGTGGAAT
SmilChr02G001585 Chr02 NC_080388.1:29600138-29600152promoter 内 443-457 bp - 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 29603696-29605036(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGGCACCGACGAAT
SmilChr03G003438 Chr03 NC_080389.1:52734736-52734750promoter 内 3946-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 52734791-52736443(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATTGTCGGTCGTAG
SmilChr02G002493 Chr02 NC_080388.1:43371060-43371074promoter 内 3866-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 43367254-43370939(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCATTACCGACACCA
SmilChr08G001065 Chr08 NC_080394.1:8223490-8223504promoter 内 3827-3841 bp + 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 8217138-8223330(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATACACCGACAAAT
SmilChr05G002490 Chr05 NC_080391.1:27563486-27563500promoter 内 3681-3695 bp + 306 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 27562330-27563180(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCCACCGACTGCA
SmilChr07G003834 Chr07 NC_080393.1:47446715-47446729promoter 内 3643-3657 bp + 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 47447073-47450889(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCCAGTCGGTGGCGC
SmilChr03G003501 Chr03 NC_080389.1:53636405-53636419promoter 内 3635-3649 bp + 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 53636771-53643349(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTTGACGGTGGAGT
SmilChr02G000254 Chr02 NC_080388.1:3270350-3270364promoter 内 3473-3487 bp + 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3267611-3269836(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCCCACCGACTCAG
SmilChr07G001612 Chr07 NC_080393.1:13527222-13527236promoter 内 3456-3470 bp - 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 13527767-13534259(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTCACCGACGATT
SmilChr04G002455 Chr04 NC_080390.1:39309805-39309819promoter 内 3449-3463 bp - 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 39307868-39309267(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTAGTCGGTGGTGG
SmilChr08G002786 Chr08 NC_080394.1:27552384-27552398promoter 内 3416-3430 bp - 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 27547235-27551813(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGTCGGCGGTGGAGG
SmilChr04G002064 Chr04 NC_080390.1:33371465-33371479promoter 内 3180-3194 bp + 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 33368725-33370658(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGCCGCCA
SmilChr01G003180 Chr01 NC_080387.1:50582646-50582660promoter 内 3149-3163 bp - 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 50583498-50586790(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATATCACCGACGGAG
SmilChr05G003991 Chr05 NC_080391.1:53747674-53747688promoter 内 3106-3120 bp - 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 53745515-53746793(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGTGTCGGTTGTGA
SmilChr08G004775 Chr08 NC_080394.1:57066279-57066293promoter 内 3081-3095 bp - 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 57067199-57069431(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACTCTGCCGACAAGG
SmilChr01G002835 Chr01 NC_080387.1:46951099-46951113promoter 内 3042-3056 bp + 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 46950050-46950154(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGCCAATA
SmilChr02G005590 Chr02 NC_080388.1:75689357-75689371promoter 内 3024-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 75687281-75688394(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCAACACCGACGGAA
SmilChr01G002195 Chr01 NC_080387.1:38107949-38107963promoter 内 2943-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 38109007-38109480(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGCAACCGACAAAC
SmilChr04G002921 Chr04 NC_080390.1:45473650-45473664promoter 内 2909-2923 bp + 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 45467096-45472572(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGCCGCCA
SmilChr01G002834 Chr01 NC_080387.1:46951099-46951113promoter 内 2833-2847 bp + 1154 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 46949846-46949945(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGCCAATA
SmilChr04G003599 Chr04 NC_080390.1:52426919-52426933promoter 内 2828-2842 bp + 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 52428092-52430533(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGTCGGCGGTGGAGG
SmilChr07G000694 Chr07 NC_080393.1:4755789-4755803promoter 内 2771-2785 bp + 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 4757019-4766167(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAAAGTCGGTGGAGT
SmilChr01G000447 Chr01 NC_080387.1:9146456-9146470promoter 内 2693-2707 bp - 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 9140781-9145162(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTTGTCGGCGTGGC
SmilChr02G005592 Chr02 NC_080388.1:75689357-75689371promoter 内 2621-2635 bp + 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 75687908-75687991(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCAACACCGACGGAA
SmilChr02G005336 Chr02 NC_080388.1:74216968-74216982promoter 内 2589-2603 bp + 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 74204023-74215570(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACCTCACCGACGAGA
SmilChr06G000290 Chr06 NC_080392.1:2000221-2000235promoter 内 2589-2603 bp - 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 2001633-2006170(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TATACACCGACACCC
SmilChr03G000805 Chr03 NC_080389.1:9217468-9217482promoter 内 2533-2547 bp - 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 9213395-9216014(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTTCGTCGGTGAAAG
SmilChr02G003472 Chr02 NC_080388.1:56033816-56033830promoter 内 2452-2466 bp - 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56029282-56032281(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TATTGGCGGTGGAGA
SmilChr01G003767 Chr01 NC_080387.1:56036637-56036651promoter 内 2408-2422 bp + 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56038230-56041649(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCCGTCGGTGTTGG
SmilChr04G002099 Chr04 NC_080390.1:33862971-33862985promoter 内 2308-2322 bp + 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 33849332-33861292(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGCCGCCA
SmilChr04G000140 Chr04 NC_080390.1:1194210-1194224promoter 内 2234-2248 bp + 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 1195977-1204618(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAATGTCGGTGCCAC
SmilChr06G002778 Chr06 NC_080392.1:40464864-40464878promoter 内 2230-2244 bp + 1757 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 40466635-40469559(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGTCGGCGGTGGAGG
SmilChr01G003003 Chr01 NC_080387.1:49026051-49026065promoter 内 2208-2222 bp - 1779 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 49021629-49024272(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGCGTCGGTGTCTG
SmilChr08G001422 Chr08 NC_080394.1:11369707-11369721promoter 内 2156-2170 bp - 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 11371552-11375094(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAATCACCGACGAAG
SmilChr02G005591 Chr02 NC_080388.1:75689357-75689371promoter 内 2153-2167 bp + 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 75687379-75687523(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCAACACCGACGGAA
SmilChr06G001743 Chr06 NC_080392.1:20151642-20151656promoter 内 2141-2155 bp + 1846 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 20153502-20164577(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGCGGCGGTGGAGA
SmilChr02G000262 Chr02 NC_080388.1:3413579-3413593promoter 内 2084-2098 bp + 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3409681-3411676(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTTCACCGACTCTG
SmilChr06G003034 Chr06 NC_080392.1:43147405-43147419promoter 内 2084-2098 bp - 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 43149322-43154707(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTTCACCGACGTTT
SmilChr08G002007 Chr08 NC_080394.1:17847553-17847567promoter 内 2063-2077 bp - 1924 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 17849491-17849949(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACACTACCGACATCA
SmilChr05G000675 Chr05 NC_080391.1:5157391-5157405promoter 内 1985-1999 bp + 2002 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 5153653-5155389(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTTCACCGACTCTG
SmilChr08G000586 Chr08 NC_080394.1:4366032-4366046promoter 内 1956-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 4359356-4364001(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATGTGTCGGTAGTAT
SmilChr03G001000 Chr03 NC_080389.1:11324496-11324510promoter 内 1798-1812 bp + 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 11321347-11322307(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTACACCGACGCAA
SmilChr07G001695 Chr07 NC_080393.1:14375677-14375691promoter 内 1795-1809 bp - 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 14369516-14373485(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TACCGTCGGTGATCG
SmilChr07G003600 Chr07 NC_080393.1:42077008-42077022promoter 内 1789-1803 bp + 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 42073016-42074810(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CACTCACCGACGATA
SmilChr01G002194 Chr01 NC_080387.1:38107949-38107963promoter 内 1778-1792 bp - 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 38103707-38105740(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTTTGTCGGTTGCGT
SmilChr04G000940 Chr04 NC_080390.1:12378611-12378625promoter 内 1766-1780 bp - 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 12380846-12382794(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAATCACCGACGCTA