转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 79 / 144 下载 TSV

上一页 79 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001071 Chr06 NC_080392.1:10613184-10613198promoter 内 3618-3632 bp + 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 10613567-10615297(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCTACCCTTTTTGG
SmilChr05G000743 Chr05 NC_080391.1:5715015-5715029promoter 内 3495-3509 bp + 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 5713592-5714523(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTAAAAAAGGAAAGC
SmilChr02G003204 Chr02 NC_080388.1:53183406-53183420promoter 内 3123-3137 bp - 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 53180172-53182542(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATTGTCCATTTTTGG
SmilChr02G003205 Chr02 NC_080388.1:53183406-53183420promoter 内 2970-2984 bp - 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 53184437-53187017(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGACAAT
SmilChr01G000481 Chr01 NC_080387.1:9890213-9890227promoter 内 2923-2937 bp + 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 9891291-9892341(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATTTTCCTTTTAAGG
SmilChr02G001393 Chr02 NC_080388.1:26465661-26465675promoter 内 2845-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 26466817-26470187(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCTAAAAAGGACAGA
SmilChr03G004319 Chr03 NC_080389.1:61563647-61563661promoter 内 2634-2648 bp - 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 61544876-61562294(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GTTTGCCTTTTTAGG
SmilChr06G001439 Chr06 NC_080392.1:15184903-15184917promoter 内 2528-2542 bp - 1459 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 15181605-15183444(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATTTTCCTTTTAAGG
SmilChr05G002747 Chr05 NC_080391.1:31682702-31682716promoter 内 2499-2513 bp - 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 31684204-31686293(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTAAAAAAGGAAAGC
SmilChr04G003883 Chr04 NC_080390.1:54664809-54664823promoter 内 2415-2429 bp - 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54666395-54668033(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTCAAAGGGGAAAGT
SmilChr05G000697 Chr05 NC_080391.1:5265958-5265972promoter 内 1809-1823 bp - 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 5263707-5263780(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTTTGGT
SmilChr02G000902 Chr02 NC_080388.1:15485887-15485901promoter 内 1715-1729 bp + 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 15482008-15483615(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAGGGCTAGA
SmilChr01G000938 Chr01 NC_080387.1:19862141-19862155promoter 内 1198-1212 bp + 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 19852879-19859352(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTAAAAAAGGAAAGC
SmilChr04G002899 Chr04 NC_080390.1:45266565-45266579promoter 内 437-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 45270129-45271193(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTAGCCTTTTTTGG
SmilChr01G003900 Chr01 NC_080387.1:57290785-57290799promoter 内 2554-2568 bp - 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 57286627-57289352(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACATTCCTTTTTAGG
SmilChr01G000224 Chr01 NC_080387.1:3980754-3980768promoter 内 3862-3876 bp + 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 3980893-3981438(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CGTTTCCTTTTTGAG
SmilChr01G000300 Chr01 NC_080387.1:5905454-5905468promoter 内 3228-3242 bp + 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 5900921-5904695(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTCAAAAAGGAAACG
SmilChr02G000285 Chr02 NC_080388.1:3647741-3647755promoter 内 2819-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 3641492-3646573(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTCAAAAAGGAAATA
SmilChr04G000400 Chr04 NC_080390.1:4140316-4140330promoter 内 1629-1643 bp - 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 4136911-4137958(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GGCTTCCCTTTTTGG
SmilChr05G000532 Chr05 NC_080391.1:4076140-4076154promoter 内 1376-1390 bp - 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 4072232-4073529(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CGTTTCCTTTTTGAG
SmilChr04G002572 Chr04 NC_080390.1:41038664-41038678promoter 内 824-838 bp + 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 41034997-41035501(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAGGGAAGCC
SmilChr05G001323 Chr05 NC_080391.1:11359885-11359899promoter 内 807-821 bp + 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 11354476-11356705(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTCAAAAAGGAAACG
SmilChr05G000349 Chr05 NC_080391.1:2623640-2623654promoter 内 306-320 bp + 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 2618851-2619959(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAATAG
SmilChr01G004610 Chr01 NC_080387.1:64070884-64070898promoter 内 3735-3749 bp + 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64067743-64070632(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTCAAAAAGGAAACG
SmilChr02G004677 Chr02 NC_080388.1:69115185-69115199promoter 内 3713-3727 bp + 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 69112116-69114911(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTCAAAAAGGAAATA
SmilChr04G000563 Chr04 NC_080390.1:6285925-6285939promoter 内 3659-3673 bp + 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 6278320-6285597(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTCAAAAAGGAAATA
SmilChr03G003184 Chr03 NC_080389.1:49294918-49294932promoter 内 3658-3672 bp + 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 49291943-49294589(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTCAAAAAGGAAATA
SmilChr01G004762 Chr01 NC_080387.1:65799129-65799143promoter 内 3628-3642 bp - 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 65797080-65798770(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTAGCCGTTTTTGG
SmilChr02G004269 Chr02 NC_080388.1:64907086-64907100promoter 内 3393-3407 bp + 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64905743-64906492(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAATAG
SmilChr05G002552 Chr05 NC_080391.1:28609481-28609495promoter 内 3248-3262 bp - 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 28610234-28612736(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTAAAAAAGGAAAAT
SmilChr02G004271 Chr02 NC_080388.1:64907086-64907100promoter 内 3145-3159 bp + 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64907942-64908500(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTATTCCTTTTTGGG
SmilChr02G004344 Chr02 NC_080388.1:65731787-65731801promoter 内 3071-3085 bp - 916 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 65730087-65730871(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CGTTTCCTTTTTGAG
SmilChr02G004678 Chr02 NC_080388.1:69115185-69115199promoter 内 2852-2866 bp + 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 69116334-69125127(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TATTTCCTTTTTGAG
SmilChr02G001938 Chr02 NC_080388.1:34830759-34830773promoter 内 2800-2814 bp - 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 34831960-34835432(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTAAAAAAGGAAAAT
SmilChr04G001661 Chr04 NC_080390.1:27586935-27586949promoter 内 2529-2543 bp - 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 27588407-27589223(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAAGAAAGC
SmilChr02G000886 Chr02 NC_080388.1:15265255-15265269promoter 内 2464-2478 bp + 1523 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 15266792-15267130(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCCTTCCTTTTCTGG
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