转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 8 / 162 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003542 Chr02 NC_080388.1:56584952-56584961promoter 内 3214-3223 bp + 778 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 56585739-56586593(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr08G000462 Chr08 NC_080394.1:3310466-3310475promoter 内 1604-1613 bp - 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 3306051-3308078(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr08G000304 Chr08 NC_080394.1:2153717-2153726promoter 内 1145-1154 bp - 2847 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 2128083-2150870(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr07G000684 Chr07 NC_080393.1:4660971-4660980promoter 内 204-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 4655165-4657183(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr06G000735 Chr06 NC_080392.1:6779686-6779695promoter 内 3862-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 6779825-6782999(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr01G006174 Chr01 NC_080387.1:77248533-77248542promoter 内 3785-3794 bp - 207 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 77248749-77252889(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr05G000811 Chr05 NC_080391.1:6334902-6334911promoter 内 3680-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 6334518-6334590(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr07G001315 Chr07 NC_080393.1:10118668-10118677promoter 内 3673-3682 bp + 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 10116263-10118349(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr03G000587 Chr03 NC_080389.1:6533231-6533240promoter 内 3526-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 6527470-6532765(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr05G000094 Chr05 NC_080391.1:541845-541854promoter 内 3468-3477 bp - 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 542378-548997(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr01G004487 Chr01 NC_080387.1:63005922-63005931promoter 内 3438-3447 bp - 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 63006485-63009676(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr04G002847 Chr04 NC_080390.1:44582858-44582867promoter 内 3372-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 44581122-44582238(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr01G005417 Chr01 NC_080387.1:71381733-71381742promoter 内 3234-3243 bp - 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 71382500-71388769(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr01G005287 Chr01 NC_080387.1:70220299-70220308promoter 内 3213-3222 bp + 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 70221087-70222094(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr01G002683 Chr01 NC_080387.1:45044265-45044274promoter 内 2911-2920 bp + 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 45041871-45043184(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr01G002676 Chr01 NC_080387.1:44970716-44970725promoter 内 2666-2675 bp + 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 44962530-44969390(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr06G000654 Chr06 NC_080392.1:5761984-5761993promoter 内 2514-2523 bp - 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 5759192-5760506(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr07G004667 Chr07 NC_080393.1:59578395-59578404promoter 内 2122-2131 bp + 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 59580274-59586853(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr02G001553 Chr02 NC_080388.1:28836187-28836196promoter 内 2042-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 28829532-28834237(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr06G003257 Chr06 NC_080392.1:45239151-45239160promoter 内 1971-1980 bp - 2021 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 45228062-45237130(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr05G000253 Chr05 NC_080391.1:1933209-1933218promoter 内 1725-1734 bp + 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 1935485-1945953(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr01G005288 Chr01 NC_080387.1:70220299-70220308promoter 内 1601-1610 bp + 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 70222699-70224075(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr03G003934 Chr03 NC_080389.1:58397192-58397201promoter 内 1585-1594 bp - 2407 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 58399608-58400327(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr03G003933 Chr03 NC_080389.1:58397192-58397201promoter 内 1346-1355 bp - 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 58393342-58394546(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr04G001733 Chr04 NC_080390.1:28560542-28560551promoter 内 1302-1311 bp + 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 28563241-28566927(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr02G003718 Chr02 NC_080388.1:58800749-58800758promoter 内 1299-1308 bp + 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 58803451-58803524(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr02G005446 Chr02 NC_080388.1:74824250-74824259promoter 内 1057-1066 bp - 2935 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 74827194-74828545(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr07G003383 Chr07 NC_080393.1:36645405-36645414promoter 内 1005-1014 bp - 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 36641208-36642418(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr01G001727 Chr01 NC_080387.1:31814084-31814093promoter 内 974-983 bp - 3018 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 31817111-31822515(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr04G003308 Chr04 NC_080390.1:49815434-49815443promoter 内 877-886 bp + 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 49818558-49827362(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr05G001175 Chr05 NC_080391.1:9851077-9851086promoter 内 755-764 bp + 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 9842817-9847840(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr02G003990 Chr02 NC_080388.1:62196676-62196685promoter 内 700-709 bp - 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 62191665-62193384(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACCA
SmilChr01G001803 Chr01 NC_080387.1:32955576-32955585promoter 内 608-617 bp - 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 32958969-32964067(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr02G004000 Chr02 NC_080388.1:62347583-62347592promoter 内 441-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 62339553-62344032(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr05G003541 Chr05 NC_080391.1:47278712-47278721promoter 内 440-449 bp - 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 47282273-47293491(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
SmilChr02G005487 Chr02 NC_080388.1:75065862-75065871promoter 内 430-439 bp + 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 75058151-75062300(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAA
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