转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001269; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019281-RA_Salv SmilChr05G001269 G2-like XP_057765199.1 MP00252 AAAAGAATATTCC

可能结合的靶基因

9780 个结合位点 6478 个候选靶基因 第 8 / 130 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003335 Chr01 NC_080387.1:52092942-52092954promoter 内 1849-1861 bp + 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 6 52095094-52101508(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAAAGAATATTCG
SmilChr02G002211 Chr02 NC_080388.1:39355860-39355872promoter 内 1039-1051 bp + 2950 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 6 39358822-39361296(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTCG
SmilChr01G004317 Chr01 NC_080387.1:61355062-61355074promoter 内 670-682 bp + 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 6 61350831-61351743(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCGATT
SmilChr02G001807 Chr02 NC_080388.1:32909263-32909275promoter 内 3098-3110 bp - 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 5 32905498-32908372(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTCG
SmilChr01G002239 Chr01 NC_080387.1:38940378-38940390promoter 内 1950-1962 bp + 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 5 38935535-38938339(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCGATT
SmilChr02G005413 Chr02 NC_080388.1:74610852-74610864promoter 内 1737-1749 bp + 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 5 74606590-74608600(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCGATT
SmilChr01G004756 Chr01 NC_080387.1:65758602-65758614promoter 内 3620-3632 bp - 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 65758983-65762736(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTCTC
SmilChr01G004721 Chr01 NC_080387.1:65405150-65405162promoter 内 3599-3611 bp + 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 65405552-65406580(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAGAGAATATTCT
SmilChr02G004643 Chr02 NC_080388.1:68872242-68872254promoter 内 2956-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 68869654-68871209(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTCG
SmilChr01G004720 Chr01 NC_080387.1:65405150-65405162promoter 内 2891-2903 bp + 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 65399256-65404052(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTCTC
SmilChr01G004067 Chr01 NC_080387.1:59097618-59097630promoter 内 2436-2448 bp + 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 59095174-59096065(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCGATT
SmilChr01G005474 Chr01 NC_080387.1:71733470-71733482promoter 内 1460-1472 bp - 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 71722317-71730941(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTCG
SmilChr02G005464 Chr02 NC_080388.1:74938467-74938479promoter 内 1448-1460 bp - 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 74941020-74944148(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCGATT
SmilChr01G004850 Chr01 NC_080387.1:66651090-66651102promoter 内 1034-1046 bp + 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 66645360-66648135(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCGATT
SmilChr01G002443 Chr01 NC_080387.1:42006141-42006153promoter 内 74-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 42010068-42015034(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCGATT
SmilChr01G002755 Chr01 NC_080387.1:45860682-45860694promoter 内 3599-3611 bp + 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 45861084-45862112(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAGAGAATATTCT
SmilChr01G004877 Chr01 NC_080387.1:66870756-66870768promoter 内 3264-3276 bp + 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 66871493-66876814(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTCG
SmilChr02G000243 Chr02 NC_080388.1:3133789-3133801promoter 内 2664-2676 bp - 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 3135126-3138047(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCGATT
SmilChr01G002754 Chr01 NC_080387.1:45860682-45860694promoter 内 2363-2375 bp + 1626 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 45857557-45859056(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTCTC
SmilChr02G002432 Chr02 NC_080388.1:42333297-42333309promoter 内 2274-2286 bp - 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 42335024-42336319(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCGATT
SmilChr01G005339 Chr01 NC_080387.1:70621841-70621853promoter 内 1933-1945 bp + 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 70623909-70625403(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGTATATTCC
SmilChr01G003237 Chr01 NC_080387.1:51127525-51127537promoter 内 1842-1854 bp + 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 51118984-51125378(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCTGCT
SmilChr02G004838 Chr02 NC_080388.1:70499226-70499238promoter 内 1803-1815 bp - 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 70495683-70497040(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTCG
SmilChr02G005326 Chr02 NC_080388.1:74123562-74123574promoter 内 1726-1738 bp + 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 74118531-74121299(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCCTCG
SmilChr02G005327 Chr02 NC_080388.1:74123562-74123574promoter 内 752-764 bp + 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 74126811-74128986(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAGGAATATTCG
SmilChr01G004867 Chr01 NC_080387.1:66793896-66793908promoter 内 3793-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 66790523-66793700(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCTGTC
SmilChr01G006066 Chr01 NC_080387.1:76071315-76071327promoter 内 3780-3792 bp - 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 76071536-76075726(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTCTC
SmilChr02G002511 Chr02 NC_080388.1:43571330-43571342promoter 内 3604-3616 bp + 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 43567218-43570945(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTCTC
SmilChr01G000913 Chr01 NC_080387.1:19345270-19345282promoter 内 3311-3323 bp + 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 19345960-19346615(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAAGCATATTCC
SmilChr02G005481 Chr02 NC_080388.1:75025970-75025982promoter 内 3075-3087 bp + 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 75023016-75025056(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCGATT
SmilChr02G003370 Chr02 NC_080388.1:54825871-54825883promoter 内 2966-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 54826906-54827685(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTCG
SmilChr02G003070 Chr02 NC_080388.1:51558150-51558162promoter 内 2728-2740 bp - 1261 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 51559423-51561003(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCTTTA
SmilChr02G000079 Chr02 NC_080388.1:1037376-1037388promoter 内 2707-2719 bp - 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 1032482-1036094(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTCG
SmilChr02G004290 Chr02 NC_080388.1:65226190-65226202promoter 内 2561-2573 bp + 1428 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 65223581-65224762(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATACTTTT
SmilChr02G004909 Chr02 NC_080388.1:71106305-71106317promoter 内 2543-2555 bp + 1446 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 71099978-71104859(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTCCT
SmilChr02G001034 Chr02 NC_080388.1:18381010-18381022promoter 内 2487-2499 bp - 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 18382524-18385099(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCGATT
SmilChr02G002699 Chr02 NC_080388.1:46774112-46774124promoter 内 2409-2421 bp - 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 46775704-46776824(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCGATT
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SmilChr02G002142 Chr02 NC_080388.1:38540771-38540783promoter 内 1432-1444 bp - 2557 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 38543340-38546017(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCTTTA
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SmilChr02G000071 Chr02 NC_080388.1:903667-903679promoter 内 200-212 bp - 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 897628-899878(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTCG
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SmilChr02G001438 Chr02 NC_080388.1:27065980-27065992promoter 内 2814-2826 bp - 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 27055530-27064805(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAAGCATATTCC
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