转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 8 / 147 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003085 Chr03 NC_080389.1:47911318-47911332promoter 内 868-882 bp - 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 47898724-47908199(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACACTAGTTAGGTAA
SmilChr02G001954 Chr02 NC_080388.1:35257098-35257112promoter 内 838-852 bp + 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 35252986-35253949(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTGCCTAACTACAAT
SmilChr04G000257 Chr04 NC_080390.1:2345962-2345976promoter 内 633-647 bp + 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 2341092-2342608(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAACCTTTTC
SmilChr03G001668 Chr03 NC_080389.1:21691382-21691396promoter 内 575-589 bp - 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 21684929-21687970(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACGGAAGTTAGGCGT
SmilChr03G004364 Chr03 NC_080389.1:61856765-61856779promoter 内 432-446 bp + 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 61860334-61865240(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAATGAGTTAGGCAA
SmilChr04G001205 Chr04 NC_080390.1:18635056-18635070promoter 内 359-373 bp - 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 18638698-18649252(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAGCCTAACTACTCC
SmilChr01G002483 Chr01 NC_080387.1:42562944-42562958promoter 内 3385-3399 bp + 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 42558945-42562342(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAACTATTAT
SmilChr02G005496 Chr02 NC_080388.1:75121234-75121248promoter 内 3240-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 75121995-75125320(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAAAAAGTTAGGTAT
SmilChr02G001867 Chr02 NC_080388.1:33931007-33931021promoter 内 1906-1920 bp - 2081 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 33927216-33928926(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCACTAGTTAGGCAA
SmilChr03G004556 Chr03 NC_080389.1:63540722-63540736promoter 内 1625-1639 bp + 2362 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 63527341-63538360(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAACTAGCAT
SmilChr03G004558 Chr03 NC_080389.1:63540722-63540736promoter 内 1572-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 63543151-63546017(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATGCTAGTTAGGTAG
SmilChr03G000098 Chr03 NC_080389.1:1098600-1098614promoter 内 1147-1161 bp - 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 1084505-1095760(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGATTAGTTAGGCAA
SmilChr02G000651 Chr02 NC_080388.1:9846063-9846077promoter 内 425-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 9842430-9842501(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCAAGAGTTAGGTAC
SmilChr02G000650 Chr02 NC_080388.1:9846063-9846077promoter 内 157-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 9840881-9842233(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCAAGAGTTAGGTAC
SmilChr03G003526 Chr03 NC_080389.1:53856385-53856399promoter 内 3610-3624 bp - 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 53853257-53856008(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCTGGAGTTAGGTAG
SmilChr03G004308 Chr03 NC_080389.1:61426565-61426579promoter 内 3343-3357 bp + 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 61427223-61428110(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGAGGAGTTAGGTGG
SmilChr01G002381 Chr01 NC_080387.1:41013905-41013919promoter 内 3230-3244 bp - 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 41006914-41013148(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGAGGAGTTAGGCTG
SmilChr02G000804 Chr02 NC_080388.1:13421139-13421153promoter 内 2977-2991 bp + 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 13412868-13420129(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACTTTTTA
SmilChr02G003078 Chr02 NC_080388.1:51711840-51711854promoter 内 2953-2967 bp + 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 51712888-51716962(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AATAAAGTTAGGCCC
SmilChr02G004901 Chr02 NC_080388.1:71017136-71017150promoter 内 2703-2717 bp - 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 71018434-71021100(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATGCCTAACTATCAC
SmilChr02G004103 Chr02 NC_080388.1:63343605-63343619promoter 内 2672-2686 bp + 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 63340346-63342290(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAACTTTAGG
SmilChr02G000836 Chr02 NC_080388.1:14198838-14198852promoter 内 2579-2593 bp - 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 14194506-14197430(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGACAAGTTAGGCCA
SmilChr03G004736 Chr03 NC_080389.1:64497825-64497839promoter 内 981-995 bp - 3006 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 64490771-64494819(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTGATAGTTAGGCGG
SmilChr02G002621 Chr02 NC_080388.1:45517205-45517219promoter 内 832-846 bp + 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 45520374-45524679(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAAGAAGTTAGGTGC
SmilChr02G004102 Chr02 NC_080388.1:63343605-63343619promoter 内 675-689 bp + 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 63337866-63340293(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAACTTTAGG
SmilChr03G001637 Chr03 NC_080389.1:21110818-21110832promoter 内 552-566 bp + 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 21114267-21117392(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTGTAAGTTAGGCAC
SmilChr02G002833 Chr02 NC_080388.1:48471477-48471491promoter 内 396-410 bp - 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 48475082-48484788(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTGCCTAACTAATCT
SmilChr01G005009 Chr01 NC_080387.1:68118184-68118198promoter 内 3906-3920 bp + 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 68118279-68120350(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAAGAGTTAGGCCC
SmilChr01G002717 Chr01 NC_080387.1:45436123-45436137promoter 内 3618-3632 bp + 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 45432075-45435754(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCACCTAACTATGGC
SmilChr01G000371 Chr01 NC_080387.1:7667159-7667173promoter 内 3580-3594 bp - 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 7664912-7666752(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AACATAGTTAGGCAT
SmilChr01G005247 Chr01 NC_080387.1:69981799-69981813promoter 内 3296-3310 bp - 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 69982504-69983413(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCGCCTAACTTCTTG
SmilChr01G005008 Chr01 NC_080387.1:68118184-68118198promoter 内 3058-3072 bp + 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 68114845-68117255(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGGCCTAACTCTTTT
SmilChr01G000372 Chr01 NC_080387.1:7680648-7680662promoter 内 2863-2877 bp - 1124 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 7674973-7679524(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AACATAGTTAGGCAT
SmilChr02G001392 Chr02 NC_080388.1:26447882-26447896promoter 内 2734-2748 bp - 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 26442907-26446629(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGTATAGTTAGGCAT
SmilChr03G003458 Chr03 NC_080389.1:52961663-52961677promoter 内 2566-2580 bp + 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 52963098-52968142(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGTGAAGTTAGGTGG
SmilChr01G000566 Chr01 NC_080387.1:11709831-11709845promoter 内 2287-2301 bp - 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 11706217-11708131(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCAAAGGTTAGGTCG
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