转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004246; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021799-RA_Salv SmilChr08G004246 WRKY XP_057780410.1 MP00422 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9791 个结合位点 6535 个候选靶基因 第 8 / 131 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000666 Chr02 NC_080388.1:10231651-10231663promoter 内 3725-3737 bp - 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 5 10231927-10233018(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGCTTTGACTTTT
SmilChr02G002768 Chr02 NC_080388.1:47743582-47743594promoter 内 3252-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 4 47744331-47750293(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAACCCG
SmilChr01G003138 Chr01 NC_080387.1:50166727-50166739promoter 内 3851-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 50165129-50166589(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGAAGTCAACGAG
SmilChr03G001431 Chr03 NC_080389.1:16982378-16982390promoter 内 1067-1079 bp + 2922 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 16973184-16979456(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAGTTGACTTTT
SmilChr01G003686 Chr01 NC_080387.1:55243512-55243524promoter 内 499-511 bp + 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 55238048-55240022(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGCTTTGACTTTT
SmilChr01G004125 Chr01 NC_080387.1:59734580-59734592promoter 内 152-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 59738429-59750632(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTCGTTGACCTTT
SmilChr01G002194 Chr01 NC_080387.1:38105867-38105879promoter 内 3862-3874 bp + 127 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 38103707-38105740(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAGGTTGACTTTG
SmilChr02G004067 Chr02 NC_080388.1:62957202-62957214promoter 内 3838-3850 bp - 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 62950342-62957051(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAACTTG
SmilChr01G000480 Chr01 NC_080387.1:9876427-9876439promoter 内 3522-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 9876906-9879740(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAACCCG
SmilChr03G001259 Chr03 NC_080389.1:14531497-14531509promoter 内 3368-3380 bp - 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 14532130-14536847(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTCGTTGACTTCT
SmilChr02G004861 Chr02 NC_080388.1:70744636-70744648promoter 内 3333-3345 bp - 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 70745304-70746864(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGCTTTGACTTTT
SmilChr02G004932 Chr02 NC_080388.1:71315941-71315953promoter 内 3256-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 71313833-71315208(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGCTTTGACTTTT
SmilChr02G003209 Chr02 NC_080388.1:53259679-53259691promoter 内 3112-3124 bp + 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 53260568-53261383(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAGCC
SmilChr02G003962 Chr02 NC_080388.1:61783010-61783022promoter 内 2922-2934 bp - 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 61784089-61785619(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTCGTTGACCTTT
SmilChr02G004082 Chr02 NC_080388.1:63100482-63100494promoter 内 2764-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 63097722-63099257(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGCTTTGACTTTT
SmilChr02G001646 Chr02 NC_080388.1:30542636-30542648promoter 内 2757-2769 bp - 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 30531452-30541404(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAGGTCAACGAG
SmilChr02G000298 Chr02 NC_080388.1:3765002-3765014promoter 内 2718-2730 bp + 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 3762820-3763731(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAGTTGACTTTT
SmilChr01G002719 Chr01 NC_080387.1:45467595-45467607promoter 内 2457-2469 bp + 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 45469139-45471381(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAGCC
SmilChr02G002020 Chr02 NC_080388.1:36431311-36431323promoter 内 2193-2205 bp - 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 36426847-36429515(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAGCC
SmilChr01G003259 Chr01 NC_080387.1:51291744-51291756promoter 内 2179-2191 bp + 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 51293566-51296314(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAGCC
SmilChr02G004190 Chr02 NC_080388.1:64225662-64225674promoter 内 2108-2120 bp + 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 64220433-64223781(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAGTTGACTTTT
SmilChr03G000818 Chr03 NC_080389.1:9376346-9376358promoter 内 2009-2021 bp + 1980 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 9378338-9380847(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAGCC
SmilChr01G002311 Chr01 NC_080387.1:40086318-40086330promoter 内 1962-1974 bp + 2027 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 40088357-40090827(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAGCC
SmilChr02G003542 Chr02 NC_080388.1:56583696-56583708promoter 内 1958-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 56585739-56586593(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGCTTTGACTTTT
SmilChr02G000297 Chr02 NC_080388.1:3765002-3765014promoter 内 1675-1687 bp + 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 3759534-3762688(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAGTTGACTTTT
SmilChr01G003258 Chr01 NC_080387.1:51291744-51291756promoter 内 1262-1274 bp + 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 51287959-51289017(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGCTTTGACTTTT
SmilChr02G000343 Chr02 NC_080388.1:4467456-4467468promoter 内 1250-1262 bp - 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 4470207-4470950(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAGTTGACTTTT
SmilChr02G003601 Chr02 NC_080388.1:57249627-57249639promoter 内 1221-1233 bp - 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 57243195-57246859(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAGCC
SmilChr01G004335 Chr01 NC_080387.1:62280577-62280589promoter 内 1022-1034 bp + 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 61471244-62277610(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAGTTGACTTTT
SmilChr01G002195 Chr01 NC_080387.1:38105867-38105879promoter 内 861-873 bp + 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 38109007-38109480(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAACCTT
SmilChr03G001387 Chr03 NC_080389.1:16417603-16417615promoter 内 494-506 bp - 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 16421110-16424014(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTCGTTGACCTTC
SmilChr02G004954 Chr02 NC_080388.1:71493850-71493862promoter 内 3899-3911 bp + 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 71491638-71493760(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAGGTTGACTTTG
SmilChr03G001367 Chr03 NC_080389.1:16019762-16019774promoter 内 3701-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 16020062-16023039(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACTGTTGACTTTT
SmilChr02G005044 Chr02 NC_080388.1:72151836-72151848promoter 内 3669-3681 bp + 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 72152168-72164421(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAGGTCAACGAG
SmilChr01G003550 Chr01 NC_080387.1:54106496-54106508promoter 内 3635-3647 bp + 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 54104430-54106142(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTCGTTGACCTTC
SmilChr01G005133 Chr01 NC_080387.1:69133769-69133781promoter 内 3623-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 69131839-69133403(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGGGTTGACTTTG
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SmilChr02G004535 Chr02 NC_080388.1:67906604-67906616promoter 内 986-998 bp + 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 67909619-67911240(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAAGCC