转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 80 / 143 下载 TSV

上一页 80 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004787 Chr02 NC_080388.1:70027874-70027893promoter 内 3611-3630 bp + 371 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70026246-70027503(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAAGAAAAGACAAAATTATC
SmilChr07G002475 Chr07 NC_080393.1:23297505-23297524promoter 内 3577-3596 bp + 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23297929-23301959(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATCCTTTTGTCTTTTAATT
SmilChr05G004275 Chr05 NC_080391.1:56556208-56556227promoter 内 3549-3568 bp + 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56551739-56555775(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATGAGAAGACAAAAAAAAG
SmilChr07G004500 Chr07 NC_080393.1:57666609-57666628promoter 内 3533-3552 bp - 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57667077-57668684(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATGAAGAAGACAAAATCTAT
SmilChr06G002032 Chr06 NC_080392.1:26472567-26472586promoter 内 3530-3549 bp - 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26465969-26472115(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGCTTTTTTGTCTTCTAATC
SmilChr05G000711 Chr05 NC_080391.1:5374612-5374631promoter 内 3490-3509 bp - 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5375123-5377597(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAGTCGACAAAAAAGAA
SmilChr07G001071 Chr07 NC_080393.1:7874739-7874758promoter 内 3475-3494 bp + 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7875265-7877523(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCAATTTTTGTTGTGTTCCG
SmilChr07G002188 Chr07 NC_080393.1:20095091-20095110promoter 内 3412-3431 bp - 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20095680-20098851(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAGAAAAGACAAAATGAAA
SmilChr04G004055 Chr04 NC_080390.1:55714020-55714039promoter 内 3403-3422 bp - 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55707735-55713441(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGGTTTTTTGTCCCTTTTTG
SmilChr02G004217 Chr02 NC_080388.1:64400704-64400723promoter 内 3397-3416 bp - 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64397570-64400119(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAAATTCTTGTCGTTATGTC
SmilChr01G000813 Chr01 NC_080387.1:17537940-17537959promoter 内 3383-3402 bp + 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 17538558-17561262(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTTATTTTTGTCTTATTTTC
SmilChr01G004566 Chr01 NC_080387.1:63732695-63732714promoter 内 3374-3393 bp - 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63727451-63732087(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATAATTTTTGTCTGTTATTG
SmilChr05G000286 Chr05 NC_080391.1:2206240-2206259promoter 内 3360-3379 bp - 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2206881-2213310(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GGGATGAAGACAAAAGATCA
SmilChr04G003803 Chr04 NC_080390.1:54193618-54193637promoter 内 3303-3322 bp + 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54194316-54196224(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACTTCTTTTGTCGTCTATGT
SmilChr08G004060 Chr08 NC_080394.1:49221157-49221176promoter 内 3298-3317 bp + 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49207513-49220473(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAGTAGCCGACAAAGATTAC
SmilChr03G003117 Chr03 NC_080389.1:48300077-48300096promoter 内 3296-3315 bp + 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48298550-48299391(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAAAGAACAAAAAGAAA
SmilChr06G000513 Chr06 NC_080392.1:4262776-4262795promoter 内 3268-3287 bp - 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4245165-4262062(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTTATTTTTGTCTTATTTTC
SmilChr03G001261 Chr03 NC_080389.1:14556679-14556698promoter 内 3235-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14545865-14555932(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAATGACAAAAAGCCA
SmilChr07G001239 Chr07 NC_080393.1:9495991-9496010promoter 内 3210-3229 bp + 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9494399-9495219(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGTTAGACGACAAATAACAA
SmilChr01G002549 Chr01 NC_080387.1:43592792-43592811promoter 内 3202-3221 bp + 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 43593591-43603703(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTTTTTTGTCATTTAGAT
SmilChr01G005579 Chr01 NC_080387.1:72516195-72516214promoter 内 3164-3183 bp + 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 72517032-72519273(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACATATTTTGTCATTTTGAG
SmilChr04G000966 Chr04 NC_080390.1:12960376-12960395promoter 内 3128-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12961249-12964204(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGATAGAGACAAAATAAAA
SmilChr08G002253 Chr08 NC_080394.1:20772621-20772640promoter 内 3108-3127 bp - 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20773514-20776189(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAGTTGAAGACAAAATAGAA
SmilChr08G002861 Chr08 NC_080394.1:28449527-28449546promoter 内 3068-3087 bp - 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28448052-28448613(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTGTTTTTTGTTGTTTTTTC
SmilChr05G000683 Chr05 NC_080391.1:5195122-5195141promoter 内 3049-3068 bp + 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5191815-5194189(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATAACAAGACAAAATAATG
SmilChr01G004567 Chr01 NC_080387.1:63732695-63732714promoter 内 3045-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63733651-63736157(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAATAACAGACAAAAATTAT
SmilChr05G001287 Chr05 NC_080391.1:11008557-11008576promoter 内 2943-2962 bp - 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 11009615-11011307(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAATTACGACAAAAAGTAA
SmilChr05G003104 Chr05 NC_080391.1:39484708-39484727promoter 内 2933-2952 bp + 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39482617-39483659(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAAAAAATGACAAAAATATC
SmilChr01G005586 Chr01 NC_080387.1:72550335-72550354promoter 内 2924-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 72551412-72553133(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACATATTTTGTCATTTTGAG
SmilChr08G002862 Chr08 NC_080394.1:28449527-28449546promoter 内 2906-2925 bp - 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28448345-28448451(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTGTTTTTTGTTGTTTTTTC
SmilChr08G004598 Chr08 NC_080394.1:55586754-55586773promoter 内 2868-2887 bp + 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55582963-55585640(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AACAAAAAAACAAAAAACAT
SmilChr01G000352 Chr01 NC_080387.1:7327582-7327601promoter 内 2859-2878 bp + 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7325434-7326459(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CGATATAAGACAAAAATCAA
SmilChr03G002516 Chr03 NC_080389.1:40032522-40032541promoter 内 2798-2817 bp + 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40029942-40031338(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTAAAAAAGACAAAATATAA
SmilChr06G000792 Chr06 NC_080392.1:7455840-7455859promoter 内 2748-2767 bp - 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7457093-7462208(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTCATAAAGACAAAAGAAAA
SmilChr07G001116 Chr07 NC_080393.1:8279994-8280013promoter 内 2644-2663 bp - 1338 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8271425-8278656(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTATTTTGTCCTGTTTGG
SmilChr02G004816 Chr02 NC_080388.1:70310251-70310270promoter 内 2616-2635 bp - 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70305970-70308885(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGTGTTTTTGTCTTGTAGCT
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SmilChr02G000605 Chr02 NC_080388.1:8809901-8809920promoter 内 2484-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8811418-8819629(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAGAAGGAGACAAAATTCTT
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SmilChr03G003248 Chr03 NC_080389.1:50371853-50371872promoter 内 2384-2403 bp + 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50373470-50374730(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTAATTTTGTCGTAATTTT
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SmilChr04G000066 Chr04 NC_080390.1:600899-600918promoter 内 2347-2366 bp + 1635 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 595454-599264(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGAAACAAGACAAAATGAAA
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