转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 81 / 162 下载 TSV

上一页 81 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr04G000234 Chr04 NC_080390.1:2081807-2081825promoter 内 2068-2086 bp + 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2074561-2079892(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATTAAGGTGTTAGTCAACG
SmilChr01G002112 Chr01 NC_080387.1:37167910-37167928promoter 内 2044-2062 bp - 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 37163586-37165971(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTACCGCTTTGCT
SmilChr01G003410 Chr01 NC_080387.1:52759765-52759783promoter 内 2004-2022 bp - 1979 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52755441-52757786(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTGATTTGCATC
SmilChr04G000538 Chr04 NC_080390.1:5991352-5991370promoter 内 1992-2010 bp - 1991 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5988411-5989361(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTTTAATTACCT
SmilChr05G000450 Chr05 NC_080391.1:3420261-3420279promoter 内 1988-2006 bp - 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 3413634-3418266(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTATTAAAAGTTG
SmilChr03G001340 Chr03 NC_080389.1:15648762-15648780promoter 内 1946-1964 bp - 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 15644639-15646725(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTTTTTTTGTTT
SmilChr03G000505 Chr03 NC_080389.1:5450696-5450714promoter 内 1944-1962 bp + 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5447638-5448657(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTCAATGCTAAAGTCAACT
SmilChr06G000229 Chr06 NC_080392.1:1546424-1546442promoter 内 1943-1961 bp - 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 1540443-1544384(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTCAACTTTAAT
SmilChr07G000152 Chr07 NC_080393.1:904591-904609promoter 内 1926-1944 bp + 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 899627-902534(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAAAAGATGGTGGTCAACG
SmilChr08G003901 Chr08 NC_080394.1:46309305-46309323promoter 内 1894-1912 bp + 2089 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 46304857-46307216(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AACTGATGTCAAGTCAACG
SmilChr04G001811 Chr04 NC_080390.1:29605071-29605089promoter 内 1892-1910 bp + 2091 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29607180-29610502(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTTGCTTTAATT
SmilChr08G003084 Chr08 NC_080394.1:31066018-31066036promoter 内 1892-1910 bp - 2091 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 31062520-31063927(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTCTTGGTGGAG
SmilChr05G002172 Chr05 NC_080391.1:23097062-23097080promoter 内 1890-1908 bp + 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23099173-23099594(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTACCGCTTTGCT
SmilChr08G003387 Chr08 NC_080394.1:35608672-35608690promoter 内 1861-1879 bp + 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35610812-35614781(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCACCAACTCCTC
SmilChr04G000769 Chr04 NC_080390.1:9427740-9427758promoter 内 1784-1802 bp + 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9429957-9431777(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTACATTCAGT
SmilChr07G004733 Chr07 NC_080393.1:60199150-60199168promoter 内 1778-1796 bp + 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 60195476-60196945(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AACCTAAAGTAAGTCAACT
SmilChr03G002422 Chr03 NC_080389.1:38473493-38473511promoter 内 1773-1791 bp - 2210 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 38475721-38477405(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TATTAATGGAGAGTCAACG
SmilChr06G003153 Chr06 NC_080392.1:44539774-44539792promoter 内 1765-1783 bp - 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 44533848-44537556(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTAGCCTAAAATA
SmilChr01G005022 Chr01 NC_080387.1:68203181-68203199promoter 内 1761-1779 bp + 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 68197204-68200959(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGGTCACAAACAGTCAACA
SmilChr01G006106 Chr01 NC_080387.1:76605111-76605129promoter 内 1761-1779 bp + 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 76607351-76608246(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTCTCAAACTTC
SmilChr05G000370 Chr05 NC_080391.1:2749911-2749929promoter 内 1748-1766 bp - 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2752164-2754684(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTCATATTCAAGTCAACG
SmilChr08G001794 Chr08 NC_080394.1:15121454-15121472promoter 内 1659-1677 bp - 2324 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 15116852-15119130(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTAGTACATCATA
SmilChr03G000506 Chr03 NC_080389.1:5450696-5450714promoter 内 1652-1670 bp + 2331 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5453045-5453746(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTTAGCATTGAA
SmilChr04G000177 Chr04 NC_080390.1:1583903-1583921promoter 内 1639-1657 bp + 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 1586265-1587756(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTGTTGTTTCTGC
SmilChr01G003678 Chr01 NC_080387.1:55192215-55192233promoter 内 1614-1632 bp + 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 55194602-55196007(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTTTTTTTGTTT
SmilChr03G004664 Chr03 NC_080389.1:64115182-64115200promoter 内 1558-1576 bp + 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 64108932-64112757(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGAAGTATCCGGTCAACG
SmilChr01G001282 Chr01 NC_080387.1:25604882-25604900promoter 内 1543-1561 bp + 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 25600152-25602442(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CAGAAAGAAATAGTCAACT
SmilChr01G000369 Chr01 NC_080387.1:7622806-7622824promoter 内 1522-1540 bp + 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7620268-7620345(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGCCCTGCAGAGTCAACC
SmilChr05G001099 Chr05 NC_080391.1:9150267-9150285promoter 内 1483-1501 bp - 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9152785-9157046(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTTTAAGTTTTGGTCAACG
SmilChr02G002199 Chr02 NC_080388.1:39224047-39224065promoter 内 1460-1478 bp + 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39226588-39227571(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTATAGGAAAAGA
SmilChr08G001785 Chr08 NC_080394.1:15045435-15045453promoter 内 1448-1466 bp - 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 15042270-15042900(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTTTTTTGTATT
SmilChr02G004221 Chr02 NC_080388.1:64421806-64421824promoter 内 1426-1444 bp + 2557 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 64424381-64430938(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTGATAACTGTCA
SmilChr04G002027 Chr04 NC_080390.1:32956971-32956989promoter 内 1369-1387 bp + 2614 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 32959603-32963568(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTACCGCTTTGCT
SmilChr03G002482 Chr03 NC_080389.1:39405844-39405862promoter 内 1356-1374 bp - 2627 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39408489-39409055(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CAACACAAAGTAGTCAACG
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