转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001269; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019281-RA_Salv SmilChr05G001269 G2-like XP_057765199.1 MP00252 AAAAGAATATTCC

可能结合的靶基因

9780 个结合位点 6478 个候选靶基因 第 81 / 130 下载 TSV

上一页 81 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005681 Chr01 NC_080387.1:73082333-73082345promoter 内 247-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 73074860-73078591(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCCACT
SmilChr01G005985 Chr01 NC_080387.1:75488036-75488048promoter 内 221-233 bp + 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 75482810-75484268(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAATATTCTCTA
SmilChr02G003222 Chr02 NC_080388.1:53440555-53440567promoter 内 147-159 bp - 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53444409-53444987(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCCAAG
SmilChr03G001855 Chr03 NC_080389.1:25574213-25574225promoter 内 136-148 bp - 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 25578078-25588940(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGTATATTCTTAT
SmilChr01G002534 Chr01 NC_080387.1:43364432-43364444promoter 内 110-122 bp - 3879 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 43343102-43360553(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAGAGAATATTTG
SmilChr01G001278 Chr01 NC_080387.1:25581703-25581715promoter 内 78-90 bp - 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 25577118-25577792(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GATGGAATATTTT
SmilChr03G001043 Chr03 NC_080389.1:12147403-12147415promoter 内 11-23 bp + 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 12151393-12152825(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GATGGAATATTTT
SmilChr03G002080 Chr03 NC_080389.1:31934061-31934073promoter 内 2-14 bp + 3987 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 31928439-31930074(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAATATTCTCTA
SmilChr02G002579 Chr02 NC_080388.1:44832968-44832980promoter 内 863-875 bp - 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 5 44836106-44838426(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCCAAA
SmilChr02G002622 Chr02 NC_080388.1:45521667-45521679promoter 内 840-852 bp - 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 5 45524828-45527116(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCCAAA
SmilChr03G001668 Chr03 NC_080389.1:21689795-21689807promoter 内 2164-2176 bp - 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 4 21684929-21687970(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CTAGGAATATTTG
SmilChr01G004288 Chr01 NC_080387.1:61092042-61092054promoter 内 2207-2219 bp + 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 61086902-61090260(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCCAAA
SmilChr01G004289 Chr01 NC_080387.1:61092042-61092054promoter 内 1929-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 61094114-61095645(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TTTGGAATATTCA
SmilChr02G001358 Chr02 NC_080388.1:25406443-25406455promoter 内 1015-1027 bp - 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 25400788-25403469(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGAATATTTT
SmilChr01G003691 Chr01 NC_080387.1:55283490-55283502promoter 内 396-408 bp + 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 55276083-55279897(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGGATATTCTTTG
SmilChr01G005311 Chr01 NC_080387.1:70361402-70361414promoter 内 3954-3966 bp - 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 70360251-70361367(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAGAGAATATTAT
SmilChr01G004748 Chr01 NC_080387.1:65647366-65647378promoter 内 3856-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 65644932-65647233(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CTGCGAATATTTC
SmilChr02G002380 Chr02 NC_080388.1:41708235-41708247promoter 内 3856-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 41706311-41708102(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CTGCGAATATTTC
SmilChr02G005193 Chr02 NC_080388.1:73207011-73207023promoter 内 3696-3708 bp + 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 73203421-73206718(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ACAATATTCTTTT
SmilChr02G002979 Chr02 NC_080388.1:50363074-50363086promoter 内 3691-3703 bp + 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 50363384-50364606(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAGCGAATATTAT
SmilChr02G003131 Chr02 NC_080388.1:52340560-52340572promoter 内 3587-3599 bp - 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 52337056-52340158(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TTTAGAATATACG
SmilChr01G002047 Chr01 NC_080387.1:36245287-36245299promoter 内 3539-3551 bp - 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 36242712-36244837(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATATTGT
SmilChr02G005482 Chr02 NC_080388.1:75032485-75032497promoter 内 3200-3212 bp + 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 75029459-75031696(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ACAATATTCTTTT
SmilChr02G002715 Chr02 NC_080388.1:46995373-46995385promoter 内 3059-3071 bp - 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 46990210-46994443(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AACCGAATATTAG
SmilChr03G001148 Chr03 NC_080389.1:13247943-13247955promoter 内 2893-2905 bp + 1096 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 13245752-13246847(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCTAAC
SmilChr01G001577 Chr01 NC_080387.1:29804153-29804165promoter 内 2871-2883 bp - 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 29805283-29805478(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGGATATTCTAGG
SmilChr02G004907 Chr02 NC_080388.1:71064435-71064447promoter 内 2654-2666 bp - 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 71061192-71063100(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TTTGGAATATTCA
SmilChr02G003245 Chr02 NC_080388.1:53712869-53712881promoter 内 2108-2120 bp - 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 53710091-53710988(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GCGGGAATATTTC
SmilChr02G003258 Chr02 NC_080388.1:53881985-53881997promoter 内 1858-1870 bp + 2131 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 53884128-53887403(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AACCGAATATTAG
SmilChr01G005180 Chr01 NC_080387.1:69521334-69521346promoter 内 1798-1810 bp - 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 69523537-69526664(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ACAATATTCTTTT
SmilChr01G001533 Chr01 NC_080387.1:29350911-29350923promoter 内 1660-1672 bp - 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 29345473-29348582(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TTCAGAATATTCA
SmilChr02G004400 Chr02 NC_080388.1:66347046-66347058promoter 内 1327-1339 bp + 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 66341746-66344384(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGGATATTCTATT
SmilChr03G000047 Chr03 NC_080389.1:505228-505240promoter 内 918-930 bp + 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 499352-502157(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GCAATATTCTATT
SmilChr01G004378 Chr01 NC_080387.1:61983312-61983324promoter 内 816-828 bp + 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 61977416-61980139(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ACAATATTCTTTT
SmilChr03G001889 Chr03 NC_080389.1:26349232-26349244promoter 内 643-655 bp - 3346 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 26352590-26353492(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAATATTCTGAT
SmilChr03G002151 Chr03 NC_080389.1:33461382-33461394promoter 内 557-569 bp + 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 33449488-33457950(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCCAAA
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