转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 83 / 142 下载 TSV

上一页 83 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002264 Chr07 NC_080393.1:20853386-20853400promoter 内 3286-3300 bp - 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 20848924-20852685(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCTCTCA
SmilChr02G003531 Chr02 NC_080388.1:56466533-56466547promoter 内 3190-3204 bp - 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 56460525-56465736(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCTAAAT
SmilChr07G004323 Chr07 NC_080393.1:55777255-55777269promoter 内 3177-3191 bp - 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55771957-55776445(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCTCTAT
SmilChr06G001996 Chr06 NC_080392.1:25393689-25393703promoter 内 3171-3185 bp - 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 25391466-25392873(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCCACG
SmilChr01G003683 Chr01 NC_080387.1:55225525-55225539promoter 内 3064-3078 bp + 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55226462-55226658(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCTAAAT
SmilChr01G002403 Chr01 NC_080387.1:41387371-41387385promoter 内 3013-3027 bp + 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 41388359-41392010(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTACCTACCAAAAT
SmilChr01G005522 Chr01 NC_080387.1:72031263-72031277promoter 内 3000-3014 bp - 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 72028792-72030276(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTAAACC
SmilChr08G003671 Chr08 NC_080394.1:40664359-40664373promoter 内 2917-2931 bp + 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40665443-40668681(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTACCTACCAAAAA
SmilChr08G003675 Chr08 NC_080394.1:40881818-40881832promoter 内 2898-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40882921-40886399(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTACCTACCAAAAA
SmilChr05G000135 Chr05 NC_080391.1:1094911-1094925promoter 内 2854-2868 bp - 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1087293-1093778(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTACAGT
SmilChr04G000289 Chr04 NC_080390.1:2689082-2689096promoter 内 2836-2850 bp + 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2690247-2693195(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCTCTAA
SmilChr03G003569 Chr03 NC_080389.1:54342147-54342161promoter 内 2814-2828 bp + 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54340606-54340974(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCGGTGGTAGTTGTT
SmilChr08G000149 Chr08 NC_080394.1:964124-964138promoter 内 2795-2809 bp + 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 965330-967293(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCTTGCA
SmilChr06G003185 Chr06 NC_080392.1:44750902-44750916promoter 内 2747-2761 bp - 1240 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 44752156-44753533(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACGAGGTAGGTAAG
SmilChr02G003725 Chr02 NC_080388.1:58873019-58873033promoter 内 2633-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 58874387-58885251(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCACCTACCCATAC
SmilChr05G001479 Chr05 NC_080391.1:13564236-13564250promoter 内 2486-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 13565751-13571047(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACCCAAAA
SmilChr08G003069 Chr08 NC_080394.1:30881524-30881538promoter 内 2399-2413 bp + 1588 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30876369-30879936(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTCAGGTAGGTGGT
SmilChr02G002197 Chr02 NC_080388.1:39208798-39208812promoter 内 2255-2269 bp + 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 39210544-39212004(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTCCTAC
SmilChr02G002196 Chr02 NC_080388.1:39195190-39195204promoter 内 2253-2267 bp + 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 39196938-39198398(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTCCTAC
SmilChr05G002947 Chr05 NC_080391.1:35515924-35515938promoter 内 2242-2256 bp + 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 35517683-35524879(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACAACCACCACCAG
SmilChr04G004059 Chr04 NC_080390.1:55742599-55742613promoter 内 2132-2146 bp + 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55737166-55740744(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACGATGGTAGGTATA
SmilChr05G003183 Chr05 NC_080391.1:40738940-40738954promoter 内 2087-2101 bp + 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40740854-40741900(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCATTGT
SmilChr01G004821 Chr01 NC_080387.1:66394210-66394224promoter 内 2029-2043 bp + 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 66396182-66396252(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTCCATC
SmilChr08G003380 Chr08 NC_080394.1:35442461-35442475promoter 内 2028-2042 bp + 1959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 35444434-35454844(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTGCCTA
SmilChr01G004979 Chr01 NC_080387.1:67841882-67841896promoter 内 1852-1866 bp - 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 67844031-67848404(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTGTT
SmilChr05G001711 Chr05 NC_080391.1:16359122-16359136promoter 内 1814-1828 bp - 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16355215-16356949(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCAGTTT
SmilChr06G000110 Chr06 NC_080392.1:780096-780110promoter 内 1778-1792 bp + 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 773414-777887(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACTTGGTAGGTGAA
SmilChr04G001714 Chr04 NC_080390.1:28362959-28362973promoter 内 1777-1791 bp + 2210 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28359711-28360749(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATGCAGTAGGTGGA
SmilChr07G004209 Chr07 NC_080393.1:54264554-54264568promoter 内 1738-1752 bp - 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54266817-54298710(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGAGTGGTAGTTAGT
SmilChr03G001101 Chr03 NC_080389.1:12672975-12672989promoter 内 1729-1743 bp + 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12675247-12676599(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCTACTG
SmilChr05G003721 Chr05 NC_080391.1:50330702-50330716promoter 内 1708-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50319174-50328423(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCTATTG
SmilChr01G002954 Chr01 NC_080387.1:48421019-48421033promoter 内 1491-1505 bp + 2496 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 48417424-48418523(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGTTAGGTGGC
SmilChr03G003739 Chr03 NC_080389.1:56451879-56451893promoter 内 1473-1487 bp - 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 56454407-56458435(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTGGTGGTTGTTACA
SmilChr02G003718 Chr02 NC_080388.1:58800748-58800762promoter 内 1298-1312 bp + 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 58803451-58803524(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCATTGT
SmilChr01G001439 Chr01 NC_080387.1:28053172-28053186promoter 内 1264-1278 bp + 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28050333-28050449(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCATAGTTAGGTGGA
SmilChr04G002634 Chr04 NC_080390.1:41748396-41748410promoter 内 1228-1242 bp + 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 41742835-41745637(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGACAGTAGGTGAA
SmilChr08G003281 Chr08 NC_080394.1:33951389-33951403promoter 内 1100-1114 bp - 2887 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33948396-33948502(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACTATGC
SmilChr07G001000 Chr07 NC_080393.1:7269316-7269330promoter 内 1006-1020 bp - 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 7272311-7277037(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTAAGGTAGGTGAA
SmilChr04G000154 Chr04 NC_080390.1:1353554-1353568promoter 内 927-941 bp + 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1349669-1350494(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAAGGGTAGGTAAG
SmilChr06G003255 Chr06 NC_080392.1:45210103-45210117promoter 内 867-881 bp + 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 45213237-45218064(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCTATAC
SmilChr07G002265 Chr07 NC_080393.1:20853386-20853400promoter 内 837-851 bp - 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 20856550-20859782(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAGAGGTAGGTGTT
SmilChr01G004982 Chr01 NC_080387.1:67873130-67873144promoter 内 831-845 bp + 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 67876300-67879157(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACTACCTA
SmilChr02G001426 Chr02 NC_080388.1:26939934-26939948promoter 内 599-613 bp - 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 26933246-26936546(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACAACAACCACCAA
SmilChr05G002387 Chr05 NC_080391.1:26319932-26319946promoter 内 555-569 bp - 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 26315937-26316500(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACCTACCATCCA
SmilChr07G002754 Chr07 NC_080393.1:27280065-27280079promoter 内 532-546 bp + 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 27283534-27284761(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCTCAAG
SmilChr06G001553 Chr06 NC_080392.1:16910849-16910863promoter 内 467-481 bp - 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16914383-16915956(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCGATAGTAGGTGCA
SmilChr04G002800 Chr04 NC_080390.1:43908042-43908056promoter 内 464-478 bp - 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 43911579-43912436(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATTGGGTAGGTGGC
SmilChr02G003106 Chr02 NC_080388.1:51980249-51980263promoter 内 449-463 bp - 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 51983801-52028202(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGGTGGTAGGGGGA
SmilChr08G000628 Chr08 NC_080394.1:4712968-4712982promoter 内 414-428 bp + 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4675584-4709395(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGAGGTAGGTAAT
SmilChr06G002161 Chr06 NC_080392.1:29686595-29686609promoter 内 393-407 bp + 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 29682095-29683001(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTTGTTGTT