转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008313-RA_Salv SmilChr04G003119 bZIP XP_057809542.1 MP00039 TGACGTGGCA

可能结合的靶基因

9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 84 / 133 下载 TSV

上一页 84 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000075 Chr04 NC_080390.1:691814-691823promoter 内 1065-1074 bp - 2927 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 694750-696481(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACCCACGTCG
SmilChr04G000608 Chr04 NC_080390.1:6894930-6894939promoter 内 929-938 bp + 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 6881880-6891867(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACCCACGTCG
SmilChr04G000892 Chr04 NC_080390.1:11468568-11468577promoter 内 804-813 bp + 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 11462368-11465380(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 ACCCACGTCG
SmilChr03G003045 Chr03 NC_080389.1:47341565-47341574promoter 内 1485-1494 bp - 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 47344081-47345076(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCGG
SmilChr03G001536 Chr03 NC_080389.1:19265777-19265786promoter 内 3890-3899 bp - 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 19261872-19265675(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCGCGTGGCA
SmilChr01G003633 Chr01 NC_080387.1:54854725-54854734promoter 内 3663-3672 bp + 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54855063-54856789(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCGCGTGGCA
SmilChr02G004027 Chr02 NC_080388.1:62546788-62546797promoter 内 3625-3634 bp + 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62542073-62546421(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCGG
SmilChr01G004125 Chr01 NC_080387.1:59736617-59736626promoter 内 2189-2198 bp - 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 59738429-59750632(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCGG
SmilChr01G003634 Chr01 NC_080387.1:54854725-54854734promoter 内 1896-1905 bp + 2096 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54856830-54858072(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCGCGTGGCA
SmilChr01G005802 Chr01 NC_080387.1:74098398-74098407promoter 内 1780-1789 bp - 2212 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 74093685-74096186(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCGCGTGGCA
SmilChr01G005804 Chr01 NC_080387.1:74098398-74098407promoter 内 1670-1679 bp - 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 74100729-74103443(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCGG
SmilChr02G002815 Chr02 NC_080388.1:48223091-48223100promoter 内 2968-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 4 48217897-48222067(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGGG
SmilChr02G003256 Chr02 NC_080388.1:53873574-53873583promoter 内 1778-1787 bp + 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 4 53862311-53871360(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTAC
SmilChr04G000338 Chr04 NC_080390.1:3116378-3116387promoter 内 1196-1205 bp - 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 3119183-3123775(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCA
SmilChr03G001835 Chr03 NC_080389.1:25181099-25181108promoter 内 3832-3841 bp - 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 25179806-25180939(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCC
SmilChr02G002736 Chr02 NC_080388.1:47299287-47299296promoter 内 3577-3586 bp - 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 47299711-47301460(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCA
SmilChr01G002227 Chr01 NC_080387.1:38741456-38741465promoter 内 3297-3306 bp + 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 38742160-38743032(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCC
SmilChr02G002142 Chr02 NC_080388.1:38542124-38542133promoter 内 2785-2794 bp + 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 38543340-38546017(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCC
SmilChr02G004005 Chr02 NC_080388.1:62378388-62378397promoter 内 2638-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 62379751-62380769(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGGG
SmilChr03G001794 Chr03 NC_080389.1:24505993-24506002promoter 内 2544-2553 bp - 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 24507450-24508299(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTAC
SmilChr01G001725 Chr01 NC_080387.1:31780324-31780333promoter 内 2374-2383 bp - 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 31781951-31786771(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTAC
SmilChr02G000732 Chr02 NC_080388.1:11894992-11895001promoter 内 2156-2165 bp + 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 11896837-11898215(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCC
SmilChr02G004353 Chr02 NC_080388.1:65802812-65802821promoter 内 2064-2073 bp - 1928 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 65796321-65800884(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCC
SmilChr01G001854 Chr01 NC_080387.1:33476540-33476549promoter 内 1932-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 33471818-33474480(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTAC
SmilChr02G001885 Chr02 NC_080388.1:34167109-34167118promoter 内 1710-1719 bp + 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 34169400-34171363(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCC
SmilChr03G001529 Chr03 NC_080389.1:19080783-19080792promoter 内 1655-1664 bp + 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 19077686-19078446(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCA
SmilChr04G001588 Chr04 NC_080390.1:26397296-26397305promoter 内 1627-1636 bp + 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 26389526-26394931(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTAC
SmilChr02G001498 Chr02 NC_080388.1:27939365-27939374promoter 内 1140-1149 bp + 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 27933258-27936513(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTAC
SmilChr01G001866 Chr01 NC_080387.1:33640522-33640531promoter 内 1095-1104 bp - 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 33643428-33644575(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTAC
SmilChr02G004897 Chr02 NC_080388.1:70989386-70989395promoter 内 669-678 bp - 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 70984733-70986063(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGGG
SmilChr02G003322 Chr02 NC_080388.1:54484039-54484048promoter 内 147-156 bp + 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 54473930-54480194(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTAC
SmilChr04G001611 Chr04 NC_080390.1:26801031-26801040promoter 内 3954-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26799365-26800993(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTAC
SmilChr03G002530 Chr03 NC_080389.1:40367661-40367670promoter 内 3870-3879 bp + 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40367090-40367539(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCA
SmilChr03G003805 Chr03 NC_080389.1:57124163-57124172promoter 内 3858-3867 bp - 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 57123220-57124029(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCC
SmilChr03G001504 Chr03 NC_080389.1:18397604-18397613promoter 内 3711-3720 bp + 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 18397894-18404947(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCC
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SmilChr03G003804 Chr03 NC_080389.1:57124163-57124172promoter 内 3281-3290 bp - 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 57120685-57123452(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTACGTGGCC
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SmilChr02G003484 Chr02 NC_080388.1:56107495-56107504promoter 内 1678-1687 bp - 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 56105110-56105181(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGGG