转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 86 / 134 下载 TSV

上一页 86 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004316 Chr02 NC_080388.1:65494099-65494113promoter 内 3838-3852 bp + 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 65484708-65493950(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTATT
SmilChr01G004729 Chr01 NC_080387.1:65464434-65464448promoter 内 3738-3752 bp - 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 65461649-65464185(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CGACATAATGATTGG
SmilChr01G003682 Chr01 NC_080387.1:55218843-55218857promoter 内 3235-3249 bp - 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 55219609-55220499(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGTAAAA
SmilChr03G002707 Chr03 NC_080389.1:43044446-43044460promoter 内 2962-2976 bp - 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 43042381-43043421(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTTACAATGATTGG
SmilChr03G000596 Chr03 NC_080389.1:6617466-6617480promoter 内 2621-2635 bp - 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 6613066-6616100(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAATTTGATGATTAT
SmilChr02G001972 Chr02 NC_080388.1:35693186-35693200promoter 内 2369-2383 bp - 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 35694818-35697027(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTGGCCCA
SmilChr02G001877 Chr02 NC_080388.1:34078432-34078446promoter 内 2340-2354 bp + 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 34080093-34082629(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATAAT
SmilChr02G001567 Chr02 NC_080388.1:29070808-29070822promoter 内 2158-2172 bp - 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 29072651-29074053(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTTATT
SmilChr01G004730 Chr01 NC_080387.1:65464434-65464448promoter 内 78-92 bp - 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 65468357-65469247(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTATGTCG
SmilChr01G005500 Chr01 NC_080387.1:71889980-71889994promoter 内 3951-3965 bp + 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 71888810-71889944(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTTATT
SmilChr02G004590 Chr02 NC_080388.1:68400020-68400034promoter 内 3874-3888 bp + 113 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 68398171-68399907(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTATT
SmilChr01G002604 Chr01 NC_080387.1:44238066-44238080promoter 内 3857-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 44234632-44237936(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAACCGATGATTAT
SmilChr03G000434 Chr03 NC_080389.1:4705463-4705477promoter 内 3583-3597 bp + 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 4705881-4706819(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAAATAATGATAAC
SmilChr01G001841 Chr01 NC_080387.1:33349709-33349723promoter 内 3572-3586 bp + 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 33350138-33352410(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCACGTGATGATTAA
SmilChr02G005407 Chr02 NC_080388.1:74637170-74637184promoter 内 3568-3582 bp - 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 74584570-74636751(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAAAAATGATTAT
SmilChr02G003251 Chr02 NC_080388.1:53809980-53809994promoter 内 3129-3143 bp + 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 53804462-53809122(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCAAATTC
SmilChr02G003630 Chr02 NC_080388.1:57642862-57642876promoter 内 3129-3143 bp - 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 57636422-57642004(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAAAAATGATTAT
SmilChr02G000701 Chr02 NC_080388.1:11197955-11197969promoter 内 3067-3081 bp + 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 11196324-11197035(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTTATT
SmilChr03G003005 Chr03 NC_080389.1:46887413-46887427promoter 内 3060-3074 bp + 927 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 46888354-46891150(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTACATGATGATTAT
SmilChr02G005185 Chr02 NC_080388.1:73166941-73166955promoter 内 3051-3065 bp - 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 73167891-73170879(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTTATT
SmilChr02G004364 Chr02 NC_080388.1:65933586-65933600promoter 内 3005-3019 bp + 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 65934582-65938264(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGTTAATGATGGA
SmilChr02G003910 Chr02 NC_080388.1:61181722-61181736promoter 内 2902-2916 bp + 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 61182821-61185828(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTACAATGATTAA
SmilChr01G006181 Chr01 NC_080387.1:77335476-77335490promoter 内 2834-2848 bp - 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 77336643-77337334(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTTCCATA
SmilChr01G005257 Chr01 NC_080387.1:70071939-70071953promoter 内 2774-2788 bp - 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 70073166-70073965(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTATT
SmilChr01G000157 Chr01 NC_080387.1:2651462-2651476promoter 内 2701-2715 bp + 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 2649631-2650176(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTTCCATA
SmilChr03G002713 Chr03 NC_080389.1:43086484-43086498promoter 内 2691-2705 bp - 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 43087794-43095524(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTTCTTTA
SmilChr02G002534 Chr02 NC_080388.1:44052820-44052834promoter 内 2687-2701 bp + 1300 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 44045881-44051520(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCAAATTC
SmilChr03G002225 Chr03 NC_080389.1:35072735-35072749promoter 内 2564-2578 bp + 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 35068704-35071312(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTATT
SmilChr01G005501 Chr01 NC_080387.1:71889980-71889994promoter 内 2548-2562 bp + 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 71891433-71893414(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAAAAATGATTAT
SmilChr01G005235 Chr01 NC_080387.1:69930370-69930384promoter 内 2481-2495 bp + 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 69928344-69928864(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTTCTTCT
SmilChr02G002647 Chr02 NC_080388.1:45862140-45862154promoter 内 2397-2411 bp + 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 45863744-45866973(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATAAT
SmilChr02G004036 Chr02 NC_080388.1:62657419-62657433promoter 内 2297-2311 bp - 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 62659123-62662197(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTTATT
SmilChr01G002887 Chr01 NC_080387.1:47490866-47490880promoter 内 2223-2237 bp - 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 47482471-47489102(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATAAT
SmilChr01G002080 Chr01 NC_080387.1:36748034-36748048promoter 内 2214-2228 bp - 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 36743335-36746261(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGAAAATGATTAG
SmilChr02G002800 Chr02 NC_080388.1:48095751-48095765promoter 内 2145-2159 bp + 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 48092925-48093909(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTATT
SmilChr03G002226 Chr03 NC_080389.1:35072735-35072749promoter 内 2140-2154 bp + 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 35074596-35075645(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATAAT
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