靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00004943-RA_Salv |
SmilChr07G002937 |
MIKC_MADS | XP_057777490.1 |
MP00096 |
CCAAAAATGGAA |
9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 86 / 161 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G002543 |
Chr02 | NC_080388.1:44286136-44286147promoter 内 1818-1829 bp |
- | 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 44288319-44293962(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCCTTTTTGG |
SmilChr01G005139 |
Chr01 | NC_080387.1:69190724-69190735promoter 内 1690-1701 bp |
+ | 2300 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 69171462-69188424(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTAGG |
SmilChr05G004073 |
Chr05 | NC_080391.1:54634677-54634688promoter 内 1679-1690 bp |
- | 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 54625242-54632366(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCTAAAATGGTA |
SmilChr03G001679 |
Chr03 | NC_080389.1:22032165-22032176promoter 内 1653-1664 bp |
+ | 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 22034513-22036165(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGCA |
SmilChr04G001329 |
Chr04 | NC_080390.1:21466507-21466518promoter 内 1649-1660 bp |
- | 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 21460731-21464166(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAATGGTC |
SmilChr05G002691 |
Chr05 | NC_080391.1:30626007-30626018promoter 内 1548-1559 bp |
+ | 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 30628460-30628532(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAATGGTC |
SmilChr02G000487 |
Chr02 | NC_080388.1:6642335-6642346promoter 内 1408-1419 bp |
+ | 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 6636649-6639753(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTAGG |
SmilChr03G003336 |
Chr03 | NC_080389.1:51629734-51629745promoter 内 1392-1403 bp |
- | 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 51624445-51627136(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAATGGTC |
SmilChr01G001097 |
Chr01 | NC_080387.1:22467294-22467305promoter 内 1386-1397 bp |
+ | 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 22464592-22464690(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTAGG |
SmilChr03G002256 |
Chr03 | NC_080389.1:35505490-35505501promoter 内 1384-1395 bp |
- | 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 35498895-35502884(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGCA |
SmilChr01G004208 |
Chr01 | NC_080387.1:60521728-60521739promoter 内 1361-1372 bp |
- | 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 60524368-60527197(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
GACCATTTTTGG |
SmilChr06G003071 |
Chr06 | NC_080392.1:43604884-43604895promoter 内 1361-1372 bp |
- | 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 43598660-43602255(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCTAAAATGGTA |
SmilChr01G002007 |
Chr01 | NC_080387.1:35631291-35631302promoter 内 1359-1370 bp |
- | 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 35626537-35628660(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGCA |
SmilChr01G002010 |
Chr01 | NC_080387.1:35662952-35662963promoter 内 1359-1370 bp |
- | 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 35658198-35660321(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGCA |
SmilChr03G004413 |
Chr03 | NC_080389.1:62302377-62302388promoter 内 1357-1368 bp |
- | 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 62305021-62305953(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCCTTTTTGG |
SmilChr01G002063 |
Chr01 | NC_080387.1:36458662-36458673promoter 内 1338-1349 bp |
+ | 2652 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 36461325-36463456(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAGGGCA |
SmilChr01G001099 |
Chr01 | NC_080387.1:22499391-22499402promoter 内 1337-1348 bp |
+ | 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 22496616-22496738(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTAGG |
SmilChr04G002938 |
Chr04 | NC_080390.1:45608658-45608669promoter 内 1309-1320 bp |
+ | 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 45602644-45605977(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTAGG |
SmilChr03G002113 |
Chr03 | NC_080389.1:32890171-32890182promoter 内 1210-1221 bp |
+ | 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 32887286-32887391(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCCTTTTTGG |
SmilChr08G000562 |
Chr08 | NC_080394.1:4086558-4086569promoter 内 1194-1205 bp |
+ | 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 4083680-4083762(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTAGG |
SmilChr01G004596 |
Chr01 | NC_080387.1:63938154-63938165promoter 内 1174-1185 bp |
+ | 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 63940981-63944699(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAATGGTC |
SmilChr03G002729 |
Chr03 | NC_080389.1:43355601-43355612promoter 内 1168-1179 bp |
+ | 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 43351839-43352779(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCCTTTTTGG |
SmilChr07G001196 |
Chr07 | NC_080393.1:9087074-9087085promoter 内 1149-1160 bp |
- | 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 9089926-9091345(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
GACCATTTTTGG |
SmilChr01G002012 |
Chr01 | NC_080387.1:35662952-35662963promoter 内 1142-1153 bp |
- | 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 35665811-35667040(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCCTTTTTGG |
SmilChr01G002009 |
Chr01 | NC_080387.1:35631291-35631302promoter 内 1140-1151 bp |
- | 2850 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 35634152-35635381(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCCTTTTTGG |
SmilChr05G000093 |
Chr05 | NC_080391.1:533848-533859promoter 内 1057-1068 bp |
+ | 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 536792-539179(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAATGGTC |
SmilChr01G004190 |
Chr01 | NC_080387.1:60361993-60362004promoter 内 1012-1023 bp |
- | 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 60364982-60367666(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
GACCATTTTTGG |
SmilChr04G003711 |
Chr04 | NC_080390.1:53417039-53417050promoter 内 1004-1015 bp |
- | 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 53420036-53421268(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
GACCATTTTTGG |
SmilChr02G004588 |
Chr02 | NC_080388.1:68360719-68360730promoter 内 940-951 bp |
- | 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 68356906-68357669(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCTAAAATGGTA |
SmilChr03G003340 |
Chr03 | NC_080389.1:51697951-51697962promoter 内 858-869 bp |
+ | 3132 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 51690180-51694819(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTAGG |
SmilChr07G004230 |
Chr07 | NC_080393.1:54578466-54578477promoter 内 736-747 bp |
- | 3254 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 54581731-54582974(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTAGG |
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Chr01 | NC_080387.1:33584364-33584375promoter 内 706-717 bp |
- | 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 33587659-33589279(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
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Chr03 | NC_080389.1:5216946-5216957promoter 内 706-717 bp |
- | 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 5220241-5222556(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
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Chr01 | NC_080387.1:68619150-68619161promoter 内 685-696 bp |
- | 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 68622466-68624722(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TGCCCTTTTTGG |
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- | 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 7878623-7883909(-) |
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CCTAAAATGGTA |
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+ | 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 56029042-56031671(-) |
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TGCCCTTTTTGG |
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+ | 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 20859819-20861246(-) |
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GACCATTTTTGG |
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- | 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 34153942-34154646(+) |
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+ | 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 53804462-53809122(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
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GACCATTTTTGG |
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- | 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 46601773-46605012(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
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- | 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 39811475-39812900(-) |
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MP00096 |
CCAAAAAGGGCA |
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- | 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.6/ 100 | 1 | 62305962-62309285(+) |
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SmilChr04G002046 |
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- | 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.5/ 100 | 4 | 33190550-33197467(-) |
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