转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004943-RA_Salv SmilChr07G002937 MIKC_MADS XP_057777490.1 MP00096 CCAAAAATGGAA

可能结合的靶基因

9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 86 / 161 下载 TSV

上一页 86 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002543 Chr02 NC_080388.1:44286136-44286147promoter 内 1818-1829 bp - 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44288319-44293962(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCCTTTTTGG
SmilChr01G005139 Chr01 NC_080387.1:69190724-69190735promoter 内 1690-1701 bp + 2300 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 69171462-69188424(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTAGG
SmilChr05G004073 Chr05 NC_080391.1:54634677-54634688promoter 内 1679-1690 bp - 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 54625242-54632366(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCTAAAATGGTA
SmilChr03G001679 Chr03 NC_080389.1:22032165-22032176promoter 内 1653-1664 bp + 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 22034513-22036165(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGCA
SmilChr04G001329 Chr04 NC_080390.1:21466507-21466518promoter 内 1649-1660 bp - 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 21460731-21464166(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGGTC
SmilChr05G002691 Chr05 NC_080391.1:30626007-30626018promoter 内 1548-1559 bp + 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30628460-30628532(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGGTC
SmilChr02G000487 Chr02 NC_080388.1:6642335-6642346promoter 内 1408-1419 bp + 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 6636649-6639753(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTAGG
SmilChr03G003336 Chr03 NC_080389.1:51629734-51629745promoter 内 1392-1403 bp - 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51624445-51627136(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGGTC
SmilChr01G001097 Chr01 NC_080387.1:22467294-22467305promoter 内 1386-1397 bp + 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 22464592-22464690(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTAGG
SmilChr03G002256 Chr03 NC_080389.1:35505490-35505501promoter 内 1384-1395 bp - 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 35498895-35502884(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGCA
SmilChr01G004208 Chr01 NC_080387.1:60521728-60521739promoter 内 1361-1372 bp - 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 60524368-60527197(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 GACCATTTTTGG
SmilChr06G003071 Chr06 NC_080392.1:43604884-43604895promoter 内 1361-1372 bp - 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 43598660-43602255(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCTAAAATGGTA
SmilChr01G002007 Chr01 NC_080387.1:35631291-35631302promoter 内 1359-1370 bp - 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 35626537-35628660(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGCA
SmilChr01G002010 Chr01 NC_080387.1:35662952-35662963promoter 内 1359-1370 bp - 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 35658198-35660321(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGCA
SmilChr03G004413 Chr03 NC_080389.1:62302377-62302388promoter 内 1357-1368 bp - 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62305021-62305953(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCCTTTTTGG
SmilChr01G002063 Chr01 NC_080387.1:36458662-36458673promoter 内 1338-1349 bp + 2652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 36461325-36463456(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGCA
SmilChr01G001099 Chr01 NC_080387.1:22499391-22499402promoter 内 1337-1348 bp + 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 22496616-22496738(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTAGG
SmilChr04G002938 Chr04 NC_080390.1:45608658-45608669promoter 内 1309-1320 bp + 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45602644-45605977(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTAGG
SmilChr03G002113 Chr03 NC_080389.1:32890171-32890182promoter 内 1210-1221 bp + 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 32887286-32887391(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCCTTTTTGG
SmilChr08G000562 Chr08 NC_080394.1:4086558-4086569promoter 内 1194-1205 bp + 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 4083680-4083762(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTAGG
SmilChr01G004596 Chr01 NC_080387.1:63938154-63938165promoter 内 1174-1185 bp + 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 63940981-63944699(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGGTC
SmilChr03G002729 Chr03 NC_080389.1:43355601-43355612promoter 内 1168-1179 bp + 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 43351839-43352779(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCCTTTTTGG
SmilChr07G001196 Chr07 NC_080393.1:9087074-9087085promoter 内 1149-1160 bp - 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 9089926-9091345(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 GACCATTTTTGG
SmilChr01G002012 Chr01 NC_080387.1:35662952-35662963promoter 内 1142-1153 bp - 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 35665811-35667040(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCCTTTTTGG
SmilChr01G002009 Chr01 NC_080387.1:35631291-35631302promoter 内 1140-1151 bp - 2850 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 35634152-35635381(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCCTTTTTGG
SmilChr05G000093 Chr05 NC_080391.1:533848-533859promoter 内 1057-1068 bp + 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 536792-539179(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAATGGTC
SmilChr01G004190 Chr01 NC_080387.1:60361993-60362004promoter 内 1012-1023 bp - 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 60364982-60367666(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 GACCATTTTTGG
SmilChr04G003711 Chr04 NC_080390.1:53417039-53417050promoter 内 1004-1015 bp - 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53420036-53421268(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 GACCATTTTTGG
SmilChr02G004588 Chr02 NC_080388.1:68360719-68360730promoter 内 940-951 bp - 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 68356906-68357669(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCTAAAATGGTA
SmilChr03G003340 Chr03 NC_080389.1:51697951-51697962promoter 内 858-869 bp + 3132 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51690180-51694819(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTAGG
SmilChr07G004230 Chr07 NC_080393.1:54578466-54578477promoter 内 736-747 bp - 3254 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 54581731-54582974(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTAGG
SmilChr01G001864 Chr01 NC_080387.1:33584364-33584375promoter 内 706-717 bp - 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 33587659-33589279(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 GACCATTTTTGG
SmilChr03G000488 Chr03 NC_080389.1:5216946-5216957promoter 内 706-717 bp - 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 5220241-5222556(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCCTTTTTGG
SmilChr01G005074 Chr01 NC_080387.1:68619150-68619161promoter 内 685-696 bp - 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 68622466-68624722(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCCTTTTTGG
SmilChr07G001072 Chr07 NC_080393.1:7887294-7887305promoter 内 605-616 bp - 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 7878623-7883909(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCTAAAATGGTA
SmilChr04G004108 Chr04 NC_080390.1:56035084-56035095promoter 内 577-588 bp + 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56029042-56031671(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TGCCCTTTTTGG
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