转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 89 / 161 下载 TSV

上一页 89 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003538 Chr01 NC_080387.1:53998120-53998134promoter 内 2791-2805 bp + 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53996803-53996924(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGCATGCCGACAGCC
SmilChr01G003616 Chr01 NC_080387.1:54692152-54692166promoter 内 2775-2789 bp - 1212 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54685594-54690940(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTGTCGGCTAAAA
SmilChr01G003123 Chr01 NC_080387.1:50044946-50044960promoter 内 2766-2780 bp + 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 50046181-50047176(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAGTGTCGGCTGGTT
SmilChr01G003050 Chr01 NC_080387.1:49466761-49466775promoter 内 2762-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 49460707-49465536(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATTTTGCCGACGTTG
SmilChr02G002990 Chr02 NC_080388.1:50567424-50567438promoter 内 2753-2767 bp + 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 50568672-50577417(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTGTCGGCTAAAA
SmilChr07G002582 Chr07 NC_080393.1:24705683-24705697promoter 内 2692-2706 bp - 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 24700173-24704388(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AATTGTCGGCTGGAT
SmilChr02G000750 Chr02 NC_080388.1:12195018-12195032promoter 内 2656-2670 bp - 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 12192296-12193687(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGATGTCGGCCGGCC
SmilChr05G000099 Chr05 NC_080391.1:611989-612003promoter 内 2590-2604 bp - 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 607207-610592(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTATGTCGGCAATAC
SmilChr07G003905 Chr07 NC_080393.1:49238702-49238716promoter 内 2557-2571 bp - 1430 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 49240146-49243706(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGATAGCCGACAACT
SmilChr01G002047 Chr01 NC_080387.1:36246273-36246287promoter 内 2551-2565 bp + 1436 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 36242712-36244837(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGTTAGCCGACACGG
SmilChr01G002028 Chr01 NC_080387.1:35843950-35843964promoter 内 2512-2526 bp - 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 35845439-35847576(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGTTAGCCGACACGG
SmilChr01G005124 Chr01 NC_080387.1:69052333-69052347promoter 内 2489-2503 bp + 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 69053845-69055068(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCGTGTCGGCATAAC
SmilChr01G002584 Chr01 NC_080387.1:43972463-43972477promoter 内 2463-2477 bp - 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 43970859-43970939(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGATGTCGGCCGGCC
SmilChr06G002036 Chr06 NC_080392.1:26615931-26615945promoter 内 2426-2440 bp - 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 26617506-26618147(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AATCGGCCGACAGCA
SmilChr06G000935 Chr06 NC_080392.1:8938436-8938450promoter 内 2399-2413 bp + 1588 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 8940038-8940409(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGCCGTCGGCACGGC
SmilChr02G000990 Chr02 NC_080388.1:17421023-17421037promoter 内 2386-2400 bp - 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 17418789-17419422(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TAATGTCGGCAATCA
SmilChr07G003008 Chr07 NC_080393.1:30935714-30935728promoter 内 2345-2359 bp - 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 30937370-30945104(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TATGTGCCGACAACC
SmilChr02G001947 Chr02 NC_080388.1:35090328-35090342promoter 内 2341-2355 bp - 1646 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 35086837-35088682(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACCTGTCGGCTGCCA
SmilChr06G003043 Chr06 NC_080392.1:43281250-43281264promoter 内 2318-2332 bp + 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 43276520-43279581(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTGGCCGACAGCC
SmilChr06G002441 Chr06 NC_080392.1:35154318-35154332promoter 内 2279-2293 bp + 1708 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 35156040-35159900(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTTGTCGGCCAATA
SmilChr05G000086 Chr05 NC_080391.1:471632-471646promoter 内 2269-2283 bp - 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 473364-476083(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTATTGCCGACATAA
SmilChr03G002893 Chr03 NC_080389.1:45630545-45630559promoter 内 2140-2154 bp + 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 45626127-45628698(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGCTGCCGACGTGA
SmilChr08G000321 Chr08 NC_080394.1:2242752-2242766promoter 内 2032-2046 bp + 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2238664-2240797(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GACTTGCCGACATAT
SmilChr05G001482 Chr05 NC_080391.1:13590673-13590687promoter 内 2025-2039 bp - 1962 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 13592649-13593918(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTGTCACCGACAATT
SmilChr08G001342 Chr08 NC_080394.1:10716986-10717000promoter 内 1982-1996 bp + 2005 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 10712980-10714981(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCTGCCGACTGCC
SmilChr01G004625 Chr01 NC_080387.1:64295926-64295940promoter 内 1961-1975 bp - 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 64297966-64298831(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTATTGCCGACATTC
SmilChr01G005831 Chr01 NC_080387.1:74318428-74318442promoter 内 1937-1951 bp - 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 74320492-74322068(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGGTGGCCGACAGAA
SmilChr06G002035 Chr06 NC_080392.1:26615931-26615945promoter 内 1930-1944 bp - 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 26611775-26613874(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGCTGTCGGCCGATT
SmilChr02G005588 Chr02 NC_080388.1:75671557-75671571promoter 内 1927-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 75673631-75675457(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGCTGTCGGCATTTG
SmilChr02G005180 Chr02 NC_080388.1:73094849-73094863promoter 内 1879-1893 bp + 2108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 73088503-73092741(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTGGTGCCGACGGAG
SmilChr06G002207 Chr06 NC_080392.1:30660767-30660781promoter 内 1835-1849 bp - 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 30657473-30658615(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTCGTCGGCATGGT
SmilChr01G001136 Chr01 NC_080387.1:23159567-23159581promoter 内 1828-1842 bp - 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 23153104-23157408(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCATGTCGGCAGTAA
SmilChr03G003955 Chr03 NC_080389.1:58601158-58601172promoter 内 1818-1832 bp + 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 58598636-58598989(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAACTGCCGACATAA
SmilChr08G003430 Chr08 NC_080394.1:36586514-36586528promoter 内 1811-1825 bp + 2176 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 36588704-36589399(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TAATGTCGGCGCAAC
SmilChr03G001118 Chr03 NC_080389.1:12891820-12891834promoter 内 1808-1822 bp + 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 12887736-12889641(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGGTGCCGACGCGG
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