转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 9 / 153 下载 TSV

上一页 9 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003567 Chr04 NC_080390.1:52047461-52047470promoter 内 2043-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 52049419-52053391(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr02G005521 Chr02 NC_080388.1:75308073-75308082promoter 内 2025-2034 bp + 1967 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 75302402-75306106(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr04G003788 Chr04 NC_080390.1:54045793-54045802promoter 内 2018-2027 bp + 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 54031212-54043819(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr02G002582 Chr02 NC_080388.1:44877495-44877504promoter 内 1979-1988 bp + 2013 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 44879517-44888253(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr04G000244 Chr04 NC_080390.1:2202194-2202203promoter 内 1926-1935 bp - 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 2204269-2204866(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr04G004080 Chr04 NC_080390.1:55859665-55859674promoter 内 1868-1877 bp + 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 55855346-55857541(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr01G002534 Chr01 NC_080387.1:43362689-43362698promoter 内 1856-1865 bp + 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 43343102-43360553(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr04G003095 Chr04 NC_080390.1:47565956-47565965promoter 内 1838-1847 bp - 2154 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 47568119-47568918(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr02G002921 Chr02 NC_080388.1:49584159-49584168promoter 内 1821-1830 bp - 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 49586339-49591276(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr03G003298 Chr03 NC_080389.1:51095792-51095801promoter 内 1763-1772 bp + 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 51098030-51098693(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr02G005518 Chr02 NC_080388.1:75293215-75293224promoter 内 1758-1767 bp + 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 75289006-75290981(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr03G004492 Chr03 NC_080389.1:63037066-63037075promoter 内 1748-1757 bp - 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 63034100-63034822(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr01G002559 Chr01 NC_080387.1:43729112-43729121promoter 内 1686-1695 bp + 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 43731427-43738108(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr02G002020 Chr02 NC_080388.1:36431825-36431834promoter 内 1682-1691 bp + 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 36426847-36429515(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr02G004725 Chr02 NC_080388.1:69502897-69502906promoter 内 1620-1629 bp - 2372 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 69497302-69500525(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr01G000797 Chr01 NC_080387.1:17239428-17239437promoter 内 1596-1605 bp - 2396 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 17235549-17237032(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr02G003822 Chr02 NC_080388.1:59834961-59834970promoter 内 1587-1596 bp - 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 59837375-59843116(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr05G000441 Chr05 NC_080391.1:3339490-3339499promoter 内 1575-1584 bp - 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 3335967-3337073(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr01G002025 Chr01 NC_080387.1:35804586-35804595promoter 内 1574-1583 bp - 2418 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 35798954-35802168(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr04G003365 Chr04 NC_080390.1:50232825-50232834promoter 内 1538-1547 bp + 2454 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 50235288-50242602(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr04G003740 Chr04 NC_080390.1:53718088-53718097promoter 内 1534-1543 bp + 2458 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 53712512-53715630(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr02G003728 Chr02 NC_080388.1:58916790-58916799promoter 内 1529-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 58906516-58914327(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr04G002357 Chr04 NC_080390.1:38055535-38055544promoter 内 1473-1482 bp + 2519 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 38058063-38062819(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr01G004391 Chr01 NC_080387.1:62084855-62084864promoter 内 1465-1474 bp - 2527 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 62087391-62090905(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr03G000448 Chr03 NC_080389.1:4794151-4794160promoter 内 1452-1461 bp + 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 4796700-4797674(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr02G002062 Chr02 NC_080388.1:37163067-37163076promoter 内 1394-1403 bp + 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 37149450-37160469(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr02G003821 Chr02 NC_080388.1:59834961-59834970promoter 内 1393-1402 bp - 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 59823695-59832362(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr04G003312 Chr04 NC_080390.1:49845708-49845717promoter 内 1374-1383 bp - 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 49842026-49843090(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr02G001457 Chr02 NC_080388.1:27265170-27265179promoter 内 1364-1373 bp + 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 27267807-27269888(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr04G003430 Chr04 NC_080390.1:50882270-50882279promoter 内 1348-1357 bp - 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 50877702-50879626(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr03G001099 Chr03 NC_080389.1:12668132-12668141promoter 内 1342-1351 bp - 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 12664727-12665482(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr03G001570 Chr03 NC_080389.1:19830850-19830859promoter 内 1302-1311 bp - 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 19833549-19836442(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr02G002995 Chr02 NC_080388.1:50638410-50638419promoter 内 1265-1274 bp + 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 50641146-50644974(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr05G001376 Chr05 NC_080391.1:12274486-12274495promoter 内 1255-1264 bp - 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 12277232-12280200(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAA
SmilChr01G003399 Chr01 NC_080387.1:52702972-52702981promoter 内 1251-1260 bp - 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 52698126-52700231(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
SmilChr05G001926 Chr05 NC_080391.1:19526125-19526134promoter 内 1245-1254 bp + 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 19528881-19537029(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGAAA
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