转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 90 / 162 下载 TSV

上一页 90 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000422 Chr08 NC_080394.1:3015470-3015484promoter 内 1565-1579 bp - 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3011809-3013048(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTGGCTTTCCGAG
SmilChr02G002693 Chr02 NC_080388.1:46656235-46656249promoter 内 1507-1521 bp + 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 46653022-46653755(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TACTAAAAGCCATAT
SmilChr01G003022 Chr01 NC_080387.1:49270651-49270665promoter 内 1497-1511 bp - 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 49273155-49275950(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACTTAAAAGCCATCT
SmilChr08G000432 Chr08 NC_080394.1:3098333-3098347promoter 内 1460-1474 bp - 2527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3100874-3102069(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTCGGAAAGCCAATT
SmilChr02G000530 Chr02 NC_080388.1:7295910-7295924promoter 内 1459-1473 bp + 2528 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 7298452-7302000(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGTTGGCTTTTTGAA
SmilChr07G003529 Chr07 NC_080393.1:40576870-40576884promoter 内 1454-1468 bp - 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 40571596-40574337(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCCGGCTTTTGGTA
SmilChr05G001641 Chr05 NC_080391.1:15369441-15369455promoter 内 1417-1431 bp + 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15372025-15373269(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGATGGCTTTTCCCC
SmilChr08G000104 Chr08 NC_080394.1:635377-635391promoter 内 1417-1431 bp - 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 637961-640411(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TACCAAAAGCCGGGA
SmilChr04G003129 Chr04 NC_080390.1:47903390-47903404promoter 内 1408-1422 bp - 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 47897872-47900811(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATCGTCTTTTCGTC
SmilChr02G000550 Chr02 NC_080388.1:7681818-7681832promoter 内 1407-1421 bp - 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 7684412-7685293(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGTGAGGAGCCAAAA
SmilChr02G003752 Chr02 NC_080388.1:59155628-59155642promoter 内 1400-1414 bp + 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 59158229-59162643(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCCGGCTTTTGGTA
SmilChr03G002895 Chr03 NC_080389.1:45680048-45680062promoter 内 1391-1405 bp - 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 45672567-45677452(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCCGGCTTTTGGTA
SmilChr01G004441 Chr01 NC_080387.1:62520341-62520355promoter 内 1371-1385 bp - 2616 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 62504638-62517725(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GAATGGCTTTTGCCA
SmilChr02G002852 Chr02 NC_080388.1:48684378-48684392promoter 内 1347-1361 bp + 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 48687032-48691166(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGTGGCTTTTTGAC
SmilChr04G001437 Chr04 NC_080390.1:23457151-23457165promoter 内 1333-1347 bp - 2654 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 23450394-23454497(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGTGGCTTTTTGAC
SmilChr08G002996 Chr08 NC_080394.1:30062795-30062809promoter 内 1333-1347 bp - 2654 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 30065463-30068254(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TACCAAAAGCCGGGA
SmilChr07G001495 Chr07 NC_080393.1:11844007-11844021promoter 内 1314-1328 bp + 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 11846694-11855951(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGTTGGCTTCTCGCC
SmilChr05G003512 Chr05 NC_080391.1:46901020-46901034promoter 内 1301-1315 bp + 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 46903720-46907655(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTCTTAGAT
SmilChr06G003239 Chr06 NC_080392.1:45105215-45105229promoter 内 1301-1315 bp + 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 45089431-45102529(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GACGAAAAGACGATT
SmilChr07G004596 Chr07 NC_080393.1:58750863-58750877promoter 内 1289-1303 bp - 2698 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 58753575-58756091(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATCAACGGCCAAAT
SmilChr01G003577 Chr01 NC_080387.1:54364223-54364237promoter 内 1251-1265 bp - 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54360728-54361487(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCCGGCTTTTGGTA
SmilChr02G000421 Chr02 NC_080388.1:5402305-5402319promoter 内 1248-1262 bp - 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 5395162-5399566(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGTTGGCTTTTAGAT
SmilChr03G004669 Chr03 NC_080389.1:64154037-64154051promoter 内 1248-1262 bp + 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 64156790-64163442(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCCGGCTTTTGGTA
SmilChr07G002144 Chr07 NC_080393.1:19607028-19607042promoter 内 1242-1256 bp - 2745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 19601605-19604283(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCCGGCTTTTGGTA
SmilChr07G002277 Chr07 NC_080393.1:21009225-21009239promoter 内 1215-1229 bp - 2772 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 21012011-21016553(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGCGAGAAGCCAACC
SmilChr07G000461 Chr07 NC_080393.1:3254729-3254743promoter 内 1214-1228 bp - 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3257516-3260803(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TACCAAAAGCCGGGA
SmilChr05G003145 Chr05 NC_080391.1:40118348-40118362promoter 内 1190-1204 bp - 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 40111421-40115551(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCCCTAGAAG
SmilChr08G000911 Chr08 NC_080394.1:6725698-6725712promoter 内 1147-1161 bp + 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 6728552-6730956(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCCGGCTTTTGGTA
SmilChr07G004072 Chr07 NC_080393.1:52096794-52096808promoter 内 1144-1158 bp - 2843 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 52092384-52093951(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCCGGCTTTTGGTA
SmilChr02G005179 Chr02 NC_080388.1:73090409-73090423promoter 内 1135-1149 bp + 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 73085208-73087557(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCTTAAAAGCCATGC
SmilChr07G001233 Chr07 NC_080393.1:9444661-9444675promoter 内 1135-1149 bp - 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 9447527-9452451(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGCGAGAAGCCAAAG
SmilChr07G002118 Chr07 NC_080393.1:19297694-19297708promoter 内 1119-1133 bp - 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 19288000-19294826(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCTTTTTCGT
SmilChr07G001007 Chr07 NC_080393.1:7327715-7327729promoter 内 1070-1084 bp + 2917 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 7330646-7332974(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTATGGCTTTTAGAA
SmilChr04G002345 Chr04 NC_080390.1:37839305-37839319promoter 内 1069-1083 bp + 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 37842237-37843321(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCTTGGCTTTTCTGC
SmilChr05G001103 Chr05 NC_080391.1:9175260-9175274promoter 内 1050-1064 bp - 2937 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 9170156-9172323(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GAATGGCTTTTGCCA
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