转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 92 / 131 下载 TSV

上一页 92 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004406 Chr02 NC_080388.1:66388357-66388366promoter 内 3303-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 66385204-66387668(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr02G001168 Chr02 NC_080388.1:21445861-21445870promoter 内 3282-3291 bp + 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 21441617-21445151(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGAT
SmilChr02G004404 Chr02 NC_080388.1:66376561-66376570promoter 内 3195-3204 bp - 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 66373233-66375764(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr02G000900 Chr02 NC_080388.1:15463617-15463626promoter 内 3174-3183 bp + 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 15464444-15466622(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACCC
SmilChr02G000469 Chr02 NC_080388.1:6344365-6344374promoter 内 3164-3173 bp - 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 6341401-6343537(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr02G000569 Chr02 NC_080388.1:8038022-8038031promoter 内 3077-3086 bp + 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 8038946-8040914(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr02G000570 Chr02 NC_080388.1:8048661-8048670promoter 内 3077-3086 bp + 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 8049585-8051478(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr03G000086 Chr03 NC_080389.1:991623-991632promoter 内 3040-3049 bp + 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 989522-990671(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GGGTGTCGGC
SmilChr02G002986 Chr02 NC_080388.1:50475811-50475820promoter 内 2956-2965 bp + 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 50476856-50479922(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr01G004355 Chr01 NC_080387.1:61728339-61728348promoter 内 2861-2870 bp - 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 61729479-61746900(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGAT
SmilChr01G001196 Chr01 NC_080387.1:24115395-24115404promoter 内 2778-2787 bp + 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24116618-24118251(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr01G001197 Chr01 NC_080387.1:24125935-24125944promoter 内 2777-2786 bp + 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24127159-24128791(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr02G003678 Chr02 NC_080388.1:58158150-58158159promoter 内 2764-2773 bp - 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 58147251-58156922(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr01G005619 Chr01 NC_080387.1:72682543-72682552promoter 内 2629-2638 bp + 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 72683915-72688856(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACCC
SmilChr02G003135 Chr02 NC_080388.1:52370500-52370509promoter 内 2603-2612 bp + 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 52368541-52369111(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGAT
SmilChr02G005063 Chr02 NC_080388.1:72321906-72321915promoter 内 2584-2593 bp - 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 72318466-72320498(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr02G001357 Chr02 NC_080388.1:25351783-25351792promoter 内 2581-2590 bp + 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 25353203-25354734(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr02G004617 Chr02 NC_080388.1:68685934-68685943promoter 内 2557-2566 bp - 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 68679256-68684499(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr02G003955 Chr02 NC_080388.1:61711336-61711345promoter 内 2525-2534 bp - 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 61704822-61709869(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr02G003859 Chr02 NC_080388.1:60395560-60395569promoter 内 2497-2506 bp - 1495 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 60390848-60394065(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr02G000919 Chr02 NC_080388.1:15906956-15906965promoter 内 2489-2498 bp - 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 15903958-15905453(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACCC
SmilChr03G000726 Chr03 NC_080389.1:8191625-8191634promoter 内 2421-2430 bp - 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 8193205-8194763(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGAT
SmilChr01G004353 Chr01 NC_080387.1:61728339-61728348promoter 内 2313-2322 bp - 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 61726229-61726660(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr01G003717 Chr01 NC_080387.1:55497758-55497767promoter 内 2262-2271 bp + 1730 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 55499497-55502956(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACCC
SmilChr01G000254 Chr01 NC_080387.1:4818166-4818175promoter 内 2217-2226 bp - 1775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 4819950-4827593(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGAT
SmilChr02G004573 Chr02 NC_080388.1:68232675-68232684promoter 内 2153-2162 bp - 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 68234523-68238842(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGAT
SmilChr01G004829 Chr01 NC_080387.1:66437743-66437752promoter 内 2118-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 66434750-66435869(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGAT
SmilChr02G000335 Chr02 NC_080388.1:4233617-4233626promoter 内 2026-2035 bp - 1966 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 4235592-4237346(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GGGTGTCGGC
SmilChr01G001618 Chr01 NC_080387.1:30284935-30284944promoter 内 1965-1974 bp + 2027 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30286971-30294955(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr02G004407 Chr02 NC_080388.1:66388357-66388366promoter 内 1945-1954 bp - 2047 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 66390413-66392292(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGAT
SmilChr02G003338 Chr02 NC_080388.1:54610837-54610846promoter 内 1942-1951 bp - 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 54605565-54608787(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACCC
SmilChr02G004247 Chr02 NC_080388.1:64656934-64656943promoter 内 1868-1877 bp - 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 64659067-64663174(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGAT
SmilChr01G001420 Chr01 NC_080387.1:27800719-27800728promoter 内 1837-1846 bp + 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 27802883-27806003(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr02G001004 Chr02 NC_080388.1:17727262-17727271promoter 内 1791-1800 bp + 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 17729472-17730424(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
SmilChr02G002208 Chr02 NC_080388.1:39336443-39336452promoter 内 1758-1767 bp - 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 39338686-39341238(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGAT
SmilChr01G003360 Chr01 NC_080387.1:52347536-52347545promoter 内 1727-1736 bp - 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 52337701-52345271(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATCGACAAAA
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