转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 93 / 167 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003511 Chr05 NC_080391.1:46893624-46893644promoter 内 2857-2877 bp + 1124 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46894768-46895232(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGGACTTTGGATAAAGCTCAG
SmilChr06G001792 Chr06 NC_080392.1:20969005-20969025promoter 内 2848-2868 bp - 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 20970158-20971485(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTATTTCTTATCCTTTTCAGT
SmilChr07G001690 Chr07 NC_080393.1:14315977-14315997promoter 内 2840-2860 bp - 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 14317138-14319754(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TACAATTTTATCCAAATTTAT
SmilChr07G003507 Chr07 NC_080393.1:39952831-39952851promoter 内 2825-2845 bp - 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39951211-39951675(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGGACTTTGGATAAAGCTCAG
SmilChr08G002117 Chr08 NC_080394.1:19041235-19041255promoter 内 2825-2845 bp + 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 19042411-19042875(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGGACTTTGGATAAAGCTCAG
SmilChr04G000037 Chr04 NC_080390.1:340715-340735promoter 内 2819-2839 bp - 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 337825-339553(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAGATATGGATAATTTGAAA
SmilChr02G001426 Chr02 NC_080388.1:26937719-26937739promoter 内 2808-2828 bp + 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 26933246-26936546(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTATTCTTATCCAATGTAAA
SmilChr02G000807 Chr02 NC_080388.1:13503794-13503814promoter 内 2785-2805 bp - 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 13498082-13502598(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTTTTGTGGATAAACATGGA
SmilChr02G000808 Chr02 NC_080388.1:13540943-13540963promoter 内 2785-2805 bp - 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 13535231-13539747(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTTTTGTGGATAAACATGGA
SmilChr04G000065 Chr04 NC_080390.1:587951-587971promoter 内 2746-2766 bp - 1235 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 589206-590540(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTTTTCTTATCCATGATTTT
SmilChr07G003554 Chr07 NC_080393.1:41357927-41357947promoter 内 2739-2759 bp - 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41359189-41362787(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAGCCTTATCTTCATCACC
SmilChr01G000495 Chr01 NC_080387.1:10098486-10098506promoter 内 2733-2753 bp + 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 10099754-10101707(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCAGCTCTGGATAAGGAGATT
SmilChr03G003521 Chr03 NC_080389.1:53809906-53809926promoter 内 2697-2717 bp + 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53811210-53814400(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAAAAATGGATAAGATAATT
SmilChr03G002824 Chr03 NC_080389.1:44727589-44727609promoter 内 2645-2665 bp - 1336 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44728945-44734011(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCAACCCTTATCTGCAATGGG
SmilChr01G001171 Chr01 NC_080387.1:23767301-23767321promoter 内 2639-2659 bp + 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 23768663-23770963(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAGAAGTAGATAAGGACCCA
SmilChr01G002589 Chr01 NC_080387.1:44018751-44018771promoter 内 2627-2647 bp - 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44016632-44017397(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAGAAGTAGATAAGGACCCA
SmilChr05G001517 Chr05 NC_080391.1:13902900-13902920promoter 内 2618-2638 bp + 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 13904283-13905369(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTAGTGTGGATAATCTTACG
SmilChr05G003333 Chr05 NC_080391.1:43718567-43718587promoter 内 2614-2634 bp + 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 43719954-43725061(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAGGCACAGATAAGGAGCGG
SmilChr02G000479 Chr02 NC_080388.1:6584108-6584128promoter 内 2610-2630 bp - 1371 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 6579395-6582737(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCCAAAATGGATAACCTTAAA
SmilChr04G002567 Chr04 NC_080390.1:40985800-40985820promoter 内 2591-2611 bp - 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 40980378-40984410(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAATTTGGATAAAACCGAA
SmilChr01G003640 Chr01 NC_080387.1:54902689-54902709promoter 内 2560-2580 bp - 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54897961-54901268(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCGAGAAAGGATAAGGGAATG
SmilChr07G003987 Chr07 NC_080393.1:50911823-50911843promoter 内 2547-2567 bp - 1434 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50913277-50920626(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTTTTTTTATCCAATTTTCC
SmilChr08G001760 Chr08 NC_080394.1:14799429-14799449promoter 内 2538-2558 bp - 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 14796849-14797986(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGAAAAATGGATAAATATGTA
SmilChr01G004015 Chr01 NC_080387.1:58556671-58556691promoter 内 2535-2555 bp - 1446 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 58558137-58558208(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGCTCCTTATCCAAGGCCTG
SmilChr05G002290 Chr05 NC_080391.1:24705708-24705728promoter 内 2534-2554 bp - 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 24707175-24708947(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTTTTTTTATCCATATTATA
SmilChr01G002782 Chr01 NC_080387.1:46280190-46280210promoter 内 2528-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46272630-46278737(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCATTTCTTATCCAAAACCAT
SmilChr06G002179 Chr06 NC_080392.1:30038735-30038755promoter 内 2516-2536 bp - 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 30040220-30041879(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATCGACTTATCCGAATTATT
SmilChr04G004001 Chr04 NC_080390.1:55360285-55360305promoter 内 2492-2512 bp - 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 55361794-55365671(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTCTCCTTATCTTGAACCAA
SmilChr01G004552 Chr01 NC_080387.1:63632651-63632671promoter 内 2438-2458 bp + 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 63627041-63631108(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTTTTTTATCCAATATTTT
SmilChr05G000170 Chr05 NC_080391.1:1344906-1344926promoter 内 2414-2434 bp + 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1339915-1343339(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACCAAATTATCCAAACTTTT
SmilChr06G001999 Chr06 NC_080392.1:25524983-25525003promoter 内 2391-2411 bp - 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 25526593-25529411(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATCTCCTTATCCAGAGCTGA
SmilChr01G004611 Chr01 NC_080387.1:64074118-64074138promoter 内 2384-2404 bp + 1597 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 64075735-64076470(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATTATTGGATATGTATGGA
SmilChr02G000921 Chr02 NC_080388.1:16000064-16000084promoter 内 2364-2384 bp + 1617 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16001701-16011013(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTGACTGAGGATAAGAGTAAG
SmilChr04G000038 Chr04 NC_080390.1:359879-359899promoter 内 2358-2378 bp + 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 361522-363400(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATATATTGGATAAAACTGTT
SmilChr07G003809 Chr07 NC_080393.1:46946813-46946833promoter 内 2346-2366 bp - 1635 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46934050-46945178(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGAATGTGGATAAAGCTGTG
SmilChr07G003418 Chr07 NC_080393.1:37328072-37328092promoter 内 2324-2344 bp - 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 37317288-37326415(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTTGTATGGATAAAAATGTA
SmilChr02G004430 Chr02 NC_080388.1:66653941-66653961promoter 内 2303-2323 bp + 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 66646396-66652263(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATATTTATCCATTTATTA
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SmilChr01G000261 Chr01 NC_080387.1:5055062-5055082promoter 内 2203-2223 bp + 1778 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 5056860-5057612(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGATATGTGGATAAAAATAAA
SmilChr02G000576 Chr02 NC_080388.1:8278623-8278643promoter 内 2187-2207 bp + 1794 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8280437-8283269(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACATATTGGATAAACCTACT
SmilChr07G004569 Chr07 NC_080393.1:58489620-58489640promoter 内 2171-2191 bp + 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 58484152-58487810(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGTCTCTTATCCAAATCCCT
SmilChr07G004416 Chr07 NC_080393.1:56762886-56762906promoter 内 2104-2124 bp - 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56757941-56761009(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAAATAGGATAAAAGGAGT
SmilChr03G000771 Chr03 NC_080389.1:8807226-8807246promoter 内 2076-2096 bp - 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8809151-8810054(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATCTTTTTATCCAATTCGAG
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SmilChr04G001358 Chr04 NC_080390.1:22055696-22055716promoter 内 2069-2089 bp + 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 22057628-22062615(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAGAAGTAGATAAGGACCCA
SmilChr01G006030 Chr01 NC_080387.1:75847665-75847685promoter 内 2041-2061 bp - 1940 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 75845074-75845725(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATAGTTATGGATAATTATCAT
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SmilChr05G000923 Chr05 NC_080391.1:7334567-7334587promoter 内 1950-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 7336618-7339663(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTTTTTTATCCAATTACTT
SmilChr02G003206 Chr02 NC_080388.1:53200426-53200446promoter 内 1921-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53202506-53205087(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGAGAAAGGATAAGAGCATG