转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002704; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005062-RA_Salv SmilChr04G002704 ERF XP_057807081.1 MP00026 CACCGACCAT

可能结合的靶基因

9854 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 93 / 149 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002498 Chr05 NC_080391.1:27696862-27696871promoter 内 3633-3642 bp + 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 27697230-27699006(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCAT
SmilChr02G003855 Chr02 NC_080388.1:60314868-60314877promoter 内 3600-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 60305438-60314476(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATT
SmilChr05G000339 Chr05 NC_080391.1:2532801-2532810promoter 内 3547-3556 bp + 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2531032-2532356(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr01G000848 Chr01 NC_080387.1:18322923-18322932promoter 内 3542-3551 bp + 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 18321602-18322473(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr01G002913 Chr01 NC_080387.1:47864822-47864831promoter 内 3487-3496 bp + 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47859232-47864317(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr05G001276 Chr05 NC_080391.1:10913792-10913801promoter 内 3455-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10910348-10913255(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr05G002525 Chr05 NC_080391.1:28101541-28101550promoter 内 3429-3438 bp - 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 28098986-28100978(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCAT
SmilChr05G002820 Chr05 NC_080391.1:33325811-33325820promoter 内 3406-3415 bp + 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 33326406-33327029(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCAT
SmilChr01G002266 Chr01 NC_080387.1:39447296-39447305promoter 内 3315-3324 bp + 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 39447982-39450838(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCAT
SmilChr04G001712 Chr04 NC_080390.1:28281741-28281750promoter 内 3289-3298 bp - 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 28282453-28284826(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr04G002919 Chr04 NC_080390.1:45418032-45418041promoter 内 3247-3256 bp - 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 45418786-45420645(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr01G003227 Chr01 NC_080387.1:51042041-51042050promoter 内 3207-3216 bp + 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51039238-51041256(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr02G002236 Chr02 NC_080388.1:39696130-39696139promoter 内 3051-3060 bp - 941 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 39697080-39698597(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGTA
SmilChr03G000596 Chr03 NC_080389.1:6617105-6617114promoter 内 2987-2996 bp + 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 6613066-6616100(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr03G001917 Chr03 NC_080389.1:26868890-26868899promoter 内 2983-2992 bp + 1009 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26862241-26867881(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGTA
SmilChr05G002705 Chr05 NC_080391.1:31106774-31106783promoter 内 2975-2984 bp - 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 31099329-31105757(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCAT
SmilChr03G000676 Chr03 NC_080389.1:7549017-7549026promoter 内 2943-2952 bp - 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 7550075-7552020(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr04G003864 Chr04 NC_080390.1:54566002-54566011promoter 内 2903-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54562327-54564913(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr01G004574 Chr01 NC_080387.1:63792414-63792423promoter 内 2814-2823 bp - 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 63789701-63791236(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCAT
SmilChr04G002068 Chr04 NC_080390.1:33432108-33432117promoter 内 2792-2801 bp - 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 33433317-33435846(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr04G000835 Chr04 NC_080390.1:10487608-10487617promoter 内 2789-2798 bp + 1203 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10488820-10491275(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATT
SmilChr05G002537 Chr05 NC_080391.1:28317864-28317873promoter 内 2750-2759 bp - 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 28319115-28319843(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr02G004728 Chr02 NC_080388.1:69523238-69523247promoter 内 2735-2744 bp - 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 69518217-69521981(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCAT
SmilChr01G000755 Chr01 NC_080387.1:16622042-16622051promoter 内 2652-2661 bp + 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 16623391-16625864(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATT
SmilChr03G004341 Chr03 NC_080389.1:61716560-61716569promoter 内 2575-2584 bp + 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 61717986-61721047(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATT
SmilChr01G000799 Chr01 NC_080387.1:17282504-17282513promoter 内 2495-2504 bp - 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17278698-17281007(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATT
SmilChr02G003659 Chr02 NC_080388.1:57963470-57963479promoter 内 2431-2440 bp + 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 57965040-57967019(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCAT
SmilChr04G004012 Chr04 NC_080390.1:55419706-55419715promoter 内 2321-2330 bp - 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 55421386-55423157(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGTA
SmilChr05G000114 Chr05 NC_080391.1:801535-801544promoter 内 2274-2283 bp + 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 803262-807079(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATT
SmilChr06G000634 Chr06 NC_080392.1:5599262-5599271promoter 内 2260-2269 bp - 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5601003-5601076(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr04G000140 Chr04 NC_080390.1:1194211-1194220promoter 内 2235-2244 bp - 1757 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1195977-1204618(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr05G002003 Chr05 NC_080391.1:20740584-20740593promoter 内 2225-2234 bp - 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 20735874-20738817(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCAT
SmilChr02G004418 Chr02 NC_080388.1:66514949-66514958promoter 内 2185-2194 bp - 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 66516765-66519571(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGTA
SmilChr02G004723 Chr02 NC_080388.1:69483405-69483414promoter 内 2129-2138 bp - 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 69476382-69481542(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCAT
SmilChr05G001877 Chr05 NC_080391.1:19029844-19029853promoter 内 2061-2070 bp - 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 19026267-19027913(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCAT
SmilChr06G000061 Chr06 NC_080392.1:499351-499360promoter 内 2027-2036 bp + 1965 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 501325-505747(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATT
SmilChr05G002792 Chr05 NC_080391.1:32649216-32649225promoter 内 1983-1992 bp + 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 32646212-32647207(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
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SmilChr02G005260 Chr02 NC_080388.1:73684656-73684665promoter 内 1802-1811 bp - 2190 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 73686855-73688340(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr01G003268 Chr01 NC_080387.1:51360818-51360827promoter 内 1746-1755 bp + 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51363073-51369146(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATT
SmilChr01G001207 Chr01 NC_080387.1:24288065-24288074promoter 内 1665-1674 bp - 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24290401-24291253(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGTA
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SmilChr04G001628 Chr04 NC_080390.1:27035577-27035586promoter 内 1658-1667 bp - 2334 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 27037920-27040165(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr03G004376 Chr03 NC_080389.1:61967692-61967701promoter 内 1638-1647 bp + 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 61963951-61965338(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr05G002115 Chr05 NC_080391.1:22200629-22200638promoter 内 1378-1387 bp + 2614 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 22203252-22205949(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATT
SmilChr04G000496 Chr04 NC_080390.1:5420593-5420602promoter 内 1344-1353 bp + 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5408334-5417945(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGTA
SmilChr03G002688 Chr03 NC_080389.1:42750616-42750625promoter 内 1259-1268 bp - 2733 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 42753358-42757429(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr01G001239 Chr01 NC_080387.1:24812966-24812975promoter 内 1212-1221 bp - 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24797033-24810186(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATT
SmilChr05G000298 Chr05 NC_080391.1:2282949-2282958promoter 内 950-959 bp - 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2279826-2279907(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATT
SmilChr04G000771 Chr04 NC_080390.1:9486620-9486629promoter 内 900-909 bp - 3092 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9478174-9483528(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATT