转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012717-RA_Salv SmilChr01G004114 WRKY XP_057781125.1 MP00284 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6552 个候选靶基因 第 94 / 132 下载 TSV

上一页 94 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000009 Chr02 NC_080388.1:69778-69788promoter 内 3360-3370 bp + 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 70419-73585(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TATAGTCAACA
SmilChr01G004899 Chr01 NC_080387.1:67065710-67065720promoter 内 3252-3262 bp + 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 67057716-67064971(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr02G004055 Chr02 NC_080388.1:62867592-62867602promoter 内 3060-3070 bp + 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 62868533-62877844(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ACAAGTCAAAC
SmilChr01G004527 Chr01 NC_080387.1:63463133-63463143promoter 内 2768-2778 bp + 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 63464366-63467673(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr03G000808 Chr03 NC_080389.1:9235872-9235882promoter 内 2705-2715 bp - 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 9237168-9238748(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACATGG
SmilChr01G003872 Chr01 NC_080387.1:56966430-56966440promoter 内 1160-1170 bp - 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 56969271-56973593(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr03G000914 Chr03 NC_080389.1:10458456-10458466promoter 内 978-988 bp + 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 10461479-10467262(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr01G002008 Chr01 NC_080387.1:35636715-35636725promoter 内 232-242 bp + 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 35628980-35632956(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr01G002011 Chr01 NC_080387.1:35668375-35668385promoter 内 229-239 bp + 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 35660641-35664613(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr02G004586 Chr02 NC_080388.1:68355967-68355977promoter 内 220-230 bp - 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 68346493-68352196(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr03G000639 Chr03 NC_080389.1:7036036-7036046promoter 内 3924-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 7032952-7035969(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTTTGACTTTC
SmilChr02G004969 Chr02 NC_080388.1:71593909-71593919promoter 内 3902-3912 bp + 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 71591669-71593820(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTGT
SmilChr02G000434 Chr02 NC_080388.1:5649298-5649308promoter 内 3883-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 5649416-5652266(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr02G003920 Chr02 NC_080388.1:61280513-61280523promoter 内 3875-3885 bp - 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 61280639-61283858(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr01G005373 Chr01 NC_080387.1:70956662-70956672promoter 内 3874-3884 bp + 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 70956789-70962209(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr01G001104 Chr01 NC_080387.1:22613653-22613663promoter 内 3870-3880 bp - 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 22613784-22615277(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACATGG
SmilChr02G005472 Chr02 NC_080388.1:74981610-74981620promoter 内 3868-3878 bp + 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 74981743-74983403(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr03G000901 Chr03 NC_080389.1:10320332-10320342promoter 内 3846-3856 bp + 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 10320487-10323925(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr03G000878 Chr03 NC_080389.1:9972737-9972747promoter 内 3824-3834 bp + 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 9972914-9973365(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr01G005415 Chr01 NC_080387.1:71371641-71371651promoter 内 3821-3831 bp + 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 71369824-71371471(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr01G000639 Chr01 NC_080387.1:14368377-14368387promoter 内 3798-3808 bp - 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 14368580-14375203(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr01G001058 Chr01 NC_080387.1:21905427-21905437promoter 内 3780-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 21905648-21907081(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACATGG
SmilChr03G000486 Chr03 NC_080389.1:5188074-5188084promoter 内 3677-3687 bp - 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 5180191-5187760(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr02G004779 Chr02 NC_080388.1:69964643-69964653promoter 内 3655-3665 bp + 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 69960743-69964307(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr01G002726 Chr01 NC_080387.1:45620620-45620630promoter 内 3643-3653 bp + 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 45620978-45622168(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr02G001645 Chr02 NC_080388.1:30524460-30524470promoter 内 3617-3627 bp + 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 30524844-30526432(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr01G005012 Chr01 NC_080387.1:68141525-68141535promoter 内 3598-3608 bp - 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 68139956-68141132(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr02G003088 Chr02 NC_080388.1:51761886-51761896promoter 内 3597-3607 bp + 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 51760407-51761492(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr02G003919 Chr02 NC_080388.1:61280440-61280450promoter 内 3567-3577 bp - 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 61277665-61280016(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr01G002897 Chr01 NC_080387.1:47662373-47662383promoter 内 3543-3553 bp + 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 47662831-47664594(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr02G003554 Chr02 NC_080388.1:56723023-56723033promoter 内 3514-3524 bp + 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 56717584-56722546(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr01G006112 Chr01 NC_080387.1:76657204-76657214promoter 内 3511-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 76657694-76660224(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAAAG
SmilChr01G000540 Chr01 NC_080387.1:11112436-11112446promoter 内 3506-3516 bp + 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 11112931-11117794(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr02G003750 Chr02 NC_080388.1:59157725-59157735promoter 内 3505-3515 bp - 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 59156578-59157239(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACA
SmilChr02G003752 Chr02 NC_080388.1:59157725-59157735promoter 内 3497-3507 bp - 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 59158229-59162643(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAA
SmilChr03G000340 Chr03 NC_080389.1:3867796-3867806promoter 内 3475-3485 bp - 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 3859136-3867280(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AGAAGTCAATG
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