靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr01G004114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00012717-RA_Salv |
SmilChr01G004114 |
WRKY | XP_057781125.1 |
MP00284 |
AAAAGTCAACG |
9774 个结合位点 6552 个候选靶基因 第 94 / 132 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G000009 |
Chr02 | NC_080388.1:69778-69788promoter 内 3360-3370 bp |
+ | 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 3 | 70419-73585(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TATAGTCAACA |
SmilChr01G004899 |
Chr01 | NC_080387.1:67065710-67065720promoter 内 3252-3262 bp |
+ | 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 3 | 67057716-67064971(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TGTTGACTTAA |
SmilChr02G004055 |
Chr02 | NC_080388.1:62867592-62867602promoter 内 3060-3070 bp |
+ | 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 3 | 62868533-62877844(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
ACAAGTCAAAC |
SmilChr01G004527 |
Chr01 | NC_080387.1:63463133-63463143promoter 内 2768-2778 bp |
+ | 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 3 | 63464366-63467673(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TTAAGTCAACA |
SmilChr03G000808 |
Chr03 | NC_080389.1:9235872-9235882promoter 内 2705-2715 bp |
- | 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 3 | 9237168-9238748(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
CGTTGACATGG |
SmilChr01G003872 |
Chr01 | NC_080387.1:56966430-56966440promoter 内 1160-1170 bp |
- | 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 3 | 56969271-56973593(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TGTTGACTTAA |
SmilChr03G000914 |
Chr03 | NC_080389.1:10458456-10458466promoter 内 978-988 bp |
+ | 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 3 | 10461479-10467262(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TTAAGTCAACA |
SmilChr01G002008 |
Chr01 | NC_080387.1:35636715-35636725promoter 内 232-242 bp |
+ | 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 3 | 35628980-35632956(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TGTTGACTTAA |
SmilChr01G002011 |
Chr01 | NC_080387.1:35668375-35668385promoter 内 229-239 bp |
+ | 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 3 | 35660641-35664613(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TGTTGACTTAA |
SmilChr02G004586 |
Chr02 | NC_080388.1:68355967-68355977promoter 内 220-230 bp |
- | 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 3 | 68346493-68352196(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TTAAGTCAACA |
SmilChr03G000639 |
Chr03 | NC_080389.1:7036036-7036046promoter 内 3924-3934 bp |
+ | 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 7032952-7035969(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TTTTGACTTTC |
SmilChr02G004969 |
Chr02 | NC_080388.1:71593909-71593919promoter 内 3902-3912 bp |
+ | 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 71591669-71593820(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
GTTTGACTTGT |
SmilChr02G000434 |
Chr02 | NC_080388.1:5649298-5649308promoter 内 3883-3893 bp |
- | 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 5649416-5652266(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TGTTGACTTAA |
SmilChr02G003920 |
Chr02 | NC_080388.1:61280513-61280523promoter 内 3875-3885 bp |
- | 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 61280639-61283858(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TGTTGACTTAA |
SmilChr01G005373 |
Chr01 | NC_080387.1:70956662-70956672promoter 内 3874-3884 bp |
+ | 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 70956789-70962209(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TTAAGTCAACA |
SmilChr01G001104 |
Chr01 | NC_080387.1:22613653-22613663promoter 内 3870-3880 bp |
- | 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 22613784-22615277(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
CGTTGACATGG |
SmilChr02G005472 |
Chr02 | NC_080388.1:74981610-74981620promoter 内 3868-3878 bp |
+ | 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 74981743-74983403(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TTAAGTCAACA |
SmilChr03G000901 |
Chr03 | NC_080389.1:10320332-10320342promoter 内 3846-3856 bp |
+ | 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 10320487-10323925(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TTAAGTCAACA |
SmilChr03G000878 |
Chr03 | NC_080389.1:9972737-9972747promoter 内 3824-3834 bp |
+ | 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 9972914-9973365(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TTAAGTCAACA |
SmilChr01G005415 |
Chr01 | NC_080387.1:71371641-71371651promoter 内 3821-3831 bp |
+ | 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 71369824-71371471(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TGTTGACTTAA |
SmilChr01G000639 |
Chr01 | NC_080387.1:14368377-14368387promoter 内 3798-3808 bp |
- | 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 14368580-14375203(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TGTTGACTTAA |
SmilChr01G001058 |
Chr01 | NC_080387.1:21905427-21905437promoter 内 3780-3790 bp |
- | 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 21905648-21907081(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
CGTTGACATGG |
SmilChr03G000486 |
Chr03 | NC_080389.1:5188074-5188084promoter 内 3677-3687 bp |
- | 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 5180191-5187760(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TTAAGTCAACA |
SmilChr02G004779 |
Chr02 | NC_080388.1:69964643-69964653promoter 内 3655-3665 bp |
+ | 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 69960743-69964307(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TGTTGACTTAA |
SmilChr01G002726 |
Chr01 | NC_080387.1:45620620-45620630promoter 内 3643-3653 bp |
+ | 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 45620978-45622168(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TTAAGTCAACA |
SmilChr02G001645 |
Chr02 | NC_080388.1:30524460-30524470promoter 内 3617-3627 bp |
+ | 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 30524844-30526432(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TTAAGTCAACA |
SmilChr01G005012 |
Chr01 | NC_080387.1:68141525-68141535promoter 内 3598-3608 bp |
- | 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 68139956-68141132(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TTAAGTCAACA |
SmilChr02G003088 |
Chr02 | NC_080388.1:51761886-51761896promoter 内 3597-3607 bp |
+ | 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 51760407-51761492(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TGTTGACTTAA |
SmilChr02G003919 |
Chr02 | NC_080388.1:61280440-61280450promoter 内 3567-3577 bp |
- | 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 61277665-61280016(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TTAAGTCAACA |
SmilChr01G002897 |
Chr01 | NC_080387.1:47662373-47662383promoter 内 3543-3553 bp |
+ | 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 47662831-47664594(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TTAAGTCAACA |
SmilChr02G003554 |
Chr02 | NC_080388.1:56723023-56723033promoter 内 3514-3524 bp |
+ | 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 56717584-56722546(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TGTTGACTTAA |
SmilChr01G006112 |
Chr01 | NC_080387.1:76657204-76657214promoter 内 3511-3521 bp |
+ | 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 76657694-76660224(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TTAAGTCAAAG |
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Chr01 | NC_080387.1:11112436-11112446promoter 内 3506-3516 bp |
+ | 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 11112931-11117794(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
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Chr02 | NC_080388.1:59157725-59157735promoter 内 3505-3515 bp |
- | 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 59156578-59157239(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
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SmilChr02G003752 |
Chr02 | NC_080388.1:59157725-59157735promoter 内 3497-3507 bp |
- | 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 59158229-59162643(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TGTTGACTTAA |
SmilChr03G000340 |
Chr03 | NC_080389.1:3867796-3867806promoter 内 3475-3485 bp |
- | 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 3859136-3867280(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
AGAAGTCAATG |
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Chr01 | NC_080387.1:76997508-76997518promoter 内 3386-3396 bp |
- | 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 76973223-76996903(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
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- | 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 8993465-8995763(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
TGTTGACTTAA |
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Chr02 | NC_080388.1:38951538-38951548promoter 内 3352-3362 bp |
+ | 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 38948107-38950899(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
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- | 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 43327344-43329010(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
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- | 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 34264487-34266626(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
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SmilChr02G005584 |
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- | 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 75651935-75659614(-) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
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SmilChr02G003964 |
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+ | 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 61791360-61794885(-) |
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MP00284 |
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SmilChr01G002166 |
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+ | 778 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 37730171-37731070(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
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SmilChr02G005037 |
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- | 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 72064240-72066161(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
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SmilChr02G001754 |
Chr02 | NC_080388.1:32291095-32291105promoter 内 3073-3083 bp |
- | 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 32292023-32295229(+) |
SMil_00012717-RA_Salv |
MP00284 |
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SmilChr02G002183 |
Chr02 | NC_080388.1:39034147-39034157promoter 内 3048-3058 bp |
- | 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 39035100-39037243(+) |
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- | 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 73686855-73688340(+) |
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+ | 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 70947367-70952470(+) |
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+ | 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.8/ 100 | 2 | 55403087-55405519(-) |
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