转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 94 / 135 下载 TSV

上一页 94 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002008 Chr03 NC_080389.1:29988095-29988109promoter 内 1256-1270 bp + 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 29990840-30001619(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTATATATTATCCTA
SmilChr01G003456 Chr01 NC_080387.1:53132172-53132186promoter 内 1218-1232 bp - 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53124584-53129403(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAGCCCTTATCCAA
SmilChr03G000908 Chr03 NC_080389.1:10402983-10402997promoter 内 1106-1120 bp + 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10405878-10409933(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAGGTCTTATCCTT
SmilChr01G002463 Chr01 NC_080387.1:42321236-42321250promoter 内 1097-1111 bp - 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 42324140-42326493(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGGGAATA
SmilChr01G001212 Chr01 NC_080387.1:24343579-24343593promoter 内 1069-1083 bp - 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 24346511-24350237(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAATGAA
SmilChr01G004519 Chr01 NC_080387.1:63309987-63310001promoter 内 1027-1041 bp + 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 63312961-63315870(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCAAGATTATCCTC
SmilChr01G005456 Chr01 NC_080387.1:71595455-71595469promoter 内 1015-1029 bp + 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 71598441-71600735(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTCTCTTATCCTT
SmilChr02G002439 Chr02 NC_080388.1:42593526-42593540promoter 内 1012-1026 bp - 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 42596515-42599981(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTGATAAGGTTCTA
SmilChr02G004232 Chr02 NC_080388.1:64503958-64503972promoter 内 919-933 bp - 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 64507040-64508217(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGGGAATT
SmilChr01G005068 Chr01 NC_080387.1:68581714-68581728promoter 内 874-888 bp - 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 68574525-68578601(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATAGCCTTATCAGC
SmilChr03G000892 Chr03 NC_080389.1:10201283-10201297promoter 内 676-690 bp + 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10181406-10197972(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATGCTGCA
SmilChr01G005891 Chr01 NC_080387.1:74849143-74849157promoter 内 652-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 74852492-74855151(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAACGACCCA
SmilChr01G004944 Chr01 NC_080387.1:67551539-67551553promoter 内 628-642 bp + 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 67546952-67548180(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATTTGT
SmilChr02G000283 Chr02 NC_080388.1:3630017-3630031promoter 内 617-631 bp + 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3621862-3626647(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGAATTA
SmilChr02G003390 Chr02 NC_080388.1:55020367-55020381promoter 内 588-602 bp + 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 55023780-55031918(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAACACATTATCCTT
SmilChr02G004529 Chr02 NC_080388.1:67880813-67880827promoter 内 262-276 bp + 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 67874239-67877088(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAATGTTCGG
SmilChr02G005477 Chr02 NC_080388.1:74998548-74998562promoter 内 248-262 bp - 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 75002301-75004018(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGACCATC
SmilChr01G005544 Chr01 NC_080387.1:72245753-72245767promoter 内 174-188 bp + 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 72249580-72252845(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACGAGCTTATCCAT
SmilChr01G003358 Chr01 NC_080387.1:52316789-52316803promoter 内 135-149 bp + 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 52320655-52323658(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AACAATCATATCCTC
SmilChr03G000200 Chr03 NC_080389.1:2274059-2274073promoter 内 92-106 bp - 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2277968-2282418(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAAGATACGT
SmilChr03G000339 Chr03 NC_080389.1:3860720-3860734promoter 内 86-100 bp + 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3846142-3856819(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCTGATAAGGTTATG
SmilChr01G001460 Chr01 NC_080387.1:28366365-28366379promoter 内 45-59 bp + 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28360104-28362423(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGATAAGGTGGAT
SmilChr03G000505 Chr03 NC_080389.1:5452603-5452617promoter 内 41-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 5447638-5448657(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGCTTTCTTATCCCA
SmilChr02G002626 Chr02 NC_080388.1:45598530-45598544promoter 内 31-45 bp + 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 45602500-45611229(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATAGCCATATCCTC
SmilChr01G000523 Chr01 NC_080387.1:10686252-10686266promoter 内 3627-3641 bp - 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 10686626-10688072(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGCGTGTC
SmilChr01G005102 Chr01 NC_080387.1:68816105-68816119promoter 内 3751-3765 bp - 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 68816355-68818798(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAGATAAGGAATTT
SmilChr02G003997 Chr02 NC_080388.1:62291130-62291144promoter 内 3725-3739 bp - 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 62291406-62296166(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAGGATTTTT
SmilChr02G005529 Chr02 NC_080388.1:75356754-75356768promoter 内 3424-3438 bp - 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 75354839-75356191(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACCATTATTATCCTT
SmilChr01G003658 Chr01 NC_080387.1:55013592-55013606promoter 内 3208-3222 bp - 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 55014385-55017848(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGTGATA
SmilChr03G002183 Chr03 NC_080389.1:33935363-33935377promoter 内 3164-3178 bp + 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 33936200-33938043(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr02G001707 Chr02 NC_080388.1:31394844-31394858promoter 内 3014-3028 bp + 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 31389619-31393871(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATGAGCTG
SmilChr02G002050 Chr02 NC_080388.1:36916932-36916946promoter 内 2606-2620 bp + 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 36918327-36927870(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr02G001353 Chr02 NC_080388.1:25296000-25296014promoter 内 2433-2447 bp - 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 25292448-25294446(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr01G000583 Chr01 NC_080387.1:12596092-12596106promoter 内 2241-2255 bp - 1746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 12597852-12601439(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAGATAAGGAATGA
SmilChr02G000881 Chr02 NC_080388.1:15178220-15178234promoter 内 2187-2201 bp + 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 15173289-15176420(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATAAGGACTTT
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SmilChr03G001796 Chr03 NC_080389.1:24569121-24569135promoter 内 267-281 bp + 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 24572855-24575792(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
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SmilChr03G000555 Chr03 NC_080389.1:6010017-6010031promoter 内 3986-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 6006474-6010016(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGAGCTAA
SmilChr01G005963 Chr01 NC_080387.1:75357389-75357403promoter 内 3956-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75357434-75360410(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGACCATA