转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 94 / 164 下载 TSV

上一页 94 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004669 Chr01 NC_080387.1:64796096-64796110promoter 内 983-997 bp - 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 64792241-64793092(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTATTGGTAGGTTTG
SmilChr01G000080 Chr01 NC_080387.1:1460315-1460329promoter 内 888-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1457111-1457216(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAAAGGTAGGTGTA
SmilChr06G001430 Chr06 NC_080392.1:15133896-15133910promoter 内 871-885 bp - 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 15128916-15130780(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGTTGGTAGTTGCA
SmilChr02G004230 Chr02 NC_080388.1:64495447-64495461promoter 内 834-848 bp + 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 64498614-64500758(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCAAAGTAGGTGGA
SmilChr04G001399 Chr04 NC_080390.1:22779050-22779064promoter 内 796-810 bp - 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 22775380-22775859(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAGAGGTAGGTAGC
SmilChr06G000072 Chr06 NC_080392.1:557891-557905promoter 内 745-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 551631-554649(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGCTAGTAGGTGTG
SmilChr07G002932 Chr07 NC_080393.1:29669464-29669478promoter 内 653-667 bp - 3334 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 29672812-29673326(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACCTCCA
SmilChr06G003117 Chr06 NC_080392.1:44015402-44015416promoter 内 613-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44009789-44012028(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTTGGTGGTTGAG
SmilChr08G002450 Chr08 NC_080394.1:23309983-23309997promoter 内 603-617 bp - 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 23306497-23306599(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGTTAGGTGAC
SmilChr02G001149 Chr02 NC_080388.1:20915396-20915410promoter 内 528-542 bp - 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 20918869-20924304(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTAGGTT
SmilChr07G002909 Chr07 NC_080393.1:29500361-29500375promoter 内 385-399 bp - 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 29493997-29496759(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGGTGGTAGGTATC
SmilChr01G006175 Chr01 NC_080387.1:77264809-77264823promoter 内 378-392 bp - 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 77258619-77261200(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATATGGTAGGTATA
SmilChr05G000899 Chr05 NC_080391.1:7115313-7115327promoter 内 339-353 bp + 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 7118975-7119860(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCAAAGTAGGTGGA
SmilChr08G002587 Chr08 NC_080394.1:25189722-25189736promoter 内 257-271 bp + 3730 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 25193466-25198021(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTGAAAGTAGGTGAA
SmilChr04G000027 Chr04 NC_080390.1:271880-271894promoter 内 181-195 bp - 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 275700-279476(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTTCTGC
SmilChr07G002931 Chr07 NC_080393.1:29669464-29669478promoter 内 175-189 bp - 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 29664468-29665652(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGAGGTTAGGTGAA
SmilChr07G004346 Chr07 NC_080393.1:56000708-56000722promoter 内 158-172 bp + 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 56004551-56008125(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTTTGGTAGTTGTG
SmilChr07G004151 Chr07 NC_080393.1:53348309-53348323promoter 内 132-146 bp + 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 53352178-53354454(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCAAAGTAGGTGGA
SmilChr02G004278 Chr02 NC_080388.1:64972367-64972381promoter 内 105-119 bp - 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 64976263-64976652(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATACCTACCTCTTC
SmilChr02G004228 Chr02 NC_080388.1:64493714-64493728promoter 内 88-102 bp + 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 64489743-64489815(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTTGAT
SmilChr06G003174 Chr06 NC_080392.1:44692511-44692525promoter 内 60-74 bp + 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44673883-44688584(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACAACTACCAATTC
SmilChr04G001862 Chr04 NC_080390.1:30349391-30349405promoter 内 28-42 bp + 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 30342269-30345432(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTTTGA
SmilChr04G003468 Chr04 NC_080390.1:51162773-51162787promoter 内 18-32 bp - 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 51166756-51167854(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAACCTACCAATCA
SmilChr04G004181 Chr04 NC_080390.1:56381413-56381427promoter 内 7-21 bp + 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 56385407-56394503(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGATTGGTAGGTTGC
SmilChr08G001956 Chr08 NC_080394.1:17220726-17220740promoter 内 3902-3916 bp + 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 17217883-17220641(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCCAC
SmilChr01G002845 Chr01 NC_080387.1:47020680-47020694promoter 内 3376-3390 bp + 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 47019019-47020069(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCAGC
SmilChr03G003747 Chr03 NC_080389.1:56532024-56532038promoter 内 3086-3100 bp - 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 56532939-56536077(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCCAC
SmilChr04G000651 Chr04 NC_080390.1:7357209-7357223promoter 内 827-841 bp + 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 7360383-7361896(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGGGAGTAGGTGTA
SmilChr08G001957 Chr08 NC_080394.1:17220726-17220740promoter 内 275-289 bp + 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 17224452-17231730(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGGGAGTAGGTGTA
SmilChr04G002636 Chr04 NC_080390.1:41759280-41759294promoter 内 3954-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 41759327-41761402(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTACTTC
SmilChr06G002989 Chr06 NC_080392.1:42707463-42707477promoter 内 3898-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 42707566-42709698(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCAGC
SmilChr05G000921 Chr05 NC_080391.1:7313266-7313280promoter 内 3891-3905 bp - 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 7313376-7316007(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCCAC
SmilChr05G000922 Chr05 NC_080391.1:7320945-7320959promoter 内 3891-3905 bp - 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 7321055-7323686(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCCAC
SmilChr07G002667 Chr07 NC_080393.1:25940413-25940427promoter 内 3769-3783 bp - 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 25939202-25940195(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTGCGGTAGGTGGC
SmilChr01G003043 Chr01 NC_080387.1:49413491-49413505promoter 内 3766-3780 bp - 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 49409196-49413270(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTGCGGTAGGTGGC
SmilChr05G004371 Chr05 NC_080391.1:57241533-57241547promoter 内 3766-3780 bp - 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 57236968-57241312(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTGCGGTAGGTGGC
SmilChr01G002113 Chr01 NC_080387.1:37166514-37166528promoter 内 3542-3556 bp - 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 37165997-37166069(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTGCGGTAGGTGGC
SmilChr01G001198 Chr01 NC_080387.1:24130093-24130107promoter 内 3537-3551 bp - 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 24128820-24129643(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGGGAGTAGGTGTA
SmilChr01G002112 Chr01 NC_080387.1:37166514-37166528promoter 内 3444-3458 bp - 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 37163586-37165971(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTGCGGTAGGTGGC
SmilChr02G003189 Chr02 NC_080388.1:53049644-53049658promoter 内 3368-3382 bp - 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 53050277-53053110(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCAGC
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SmilChr01G000116 Chr01 NC_080387.1:1984909-1984923promoter 内 2664-2678 bp - 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 1986246-1987674(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCCAC
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SmilChr07G001917 Chr07 NC_080393.1:16578541-16578555promoter 内 2523-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 16580019-16580101(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTTGGTTGGTTGC
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SmilChr03G000762 Chr03 NC_080389.1:8717585-8717599promoter 内 2455-2469 bp + 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 8714701-8716053(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCCAC