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转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family，查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中，并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因，不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif；应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引，可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card，点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
SmilChr04G003117 XP_057809539.1
C2H2 1
MP00592
 8519 9901 查靶基因
SmilChr04G003114 XP_057809538.1
C2H2 1
MP00592
 8519 9901 查靶基因
SmilChr01G005298 XP_057788621.1
ARR-B 1
MP00010
 8344 9778 查靶基因
SmilChr03G003924 XP_057798851.1
NAC 1
MP00059
 8333 9940 查靶基因
SmilChr01G005344 XP_057788686.1
MYB 1
MP00296
 8304 9873 查靶基因
SmilChr08G004408 XP_057780613.1
MYB 1
MP00114
 8151 9897 查靶基因
SmilChr04G001094 XP_057804404.1
WRKY 1
MP00408
 8149 9902 查靶基因
SmilChr07G003597 XP_057773587.1
Nin-like 1
MP00449
 8096 9453 查靶基因
SmilChr02G005433 XP_057792682.1
WRKY 1
MP00209
 8083 9910 查靶基因
SmilChr04G004136 XP_057806072.1
MYB 1
MP00627
 8075 9835 查靶基因
SmilChr01G003955 XP_057779712.1
WRKY 1
MP00450
 8044 9901 查靶基因
SmilChr03G003685 XP_057798538.1
ERF 1
MP00558
 8044 9762 查靶基因
SmilChr07G002937 XP_057777490.1
MIKC_MADS 1
MP00096
 8019 9914 查靶基因
SmilChr02G003833 XP_057794421.1
MYB 1
MP00476
 7981 9904 查靶基因
SmilChr07G002803 XP_057777238.1
NAC 1
MP00221
 7965 9903 查靶基因
SmilChr05G002364 XP_057809766.1
WRKY 1
MP00069
 7882 9917 查靶基因
SmilChr08G003267 XP_057779249.1
MYB 1
MP00406
 7839 9917 查靶基因
SmilChr02G005012 XP_057792191.1
TALE 1
MP00670
 7758 9906 查靶基因
SmilChr07G001978 XP_057776996.1
SBP 1
MP00555
 7648 9805 查靶基因
SmilChr05G000741 XP_057764423.1
ARF 1
MP00021
 7629 9812 查靶基因
SmilChr01G004579 XP_057787263.1
MYB 1
MP00132
 7583 9926 查靶基因
SmilChr05G000593 XP_057764223.1
MIKC_MADS 1
MP00609
 7575 9941 查靶基因
SmilChr03G004518 XP_057799834.1
ERF 1
MP00529
 7559 9247 查靶基因
SmilChr06G001829 XP_057766988.1
MYB 1
MP00510
 7526 9799 查靶基因
SmilChr05G000830 XP_057764550.1
NAC 1
MP00058
 7440 9855 查靶基因
SmilChr08G002543 XP_057778423.1
bZIP 1
MP00303
 7416 9868 查靶基因
SmilChr01G002743 XP_057765725.1
MYB_related 1
MP00565
 7412 9785 查靶基因
SmilChr04G002704 XP_057807081.1
ERF 1
MP00026
 7408 9854 查靶基因
SmilChr05G001395 XP_057765344.1
WRKY 1
MP00071
 7408 9764 查靶基因
SmilChr04G002953 XP_057809314.1
ARF 1
MP00033
 7406 9827 查靶基因
SmilChr01G004199 XP_057782208.1
bHLH 1
MP00074
 7396 9969 查靶基因
SmilChr05G004009 XP_057810662.1
MYB 1
MP00216
 7342 9832 查靶基因
SmilChr03G001606 XP_057802772.1
WRKY 1
MP00539
 7338 9848 查靶基因
SmilChr02G004600 XP_057791481.1
ARF 1
MP00574
 7302 9846 查靶基因
SmilChr03G004179 XP_057799230.1
WRKY 1
MP00464
 7299 9864 查靶基因
SmilChr04G003805 XP_057805691.1
MIKC_MADS 1
MP00315
 7291 9567 查靶基因
SmilChr03G003761 XP_057798625.1
WRKY 1
MP00525
 7235 9838 查靶基因
SmilChr01G001885 XP_057806790.1
WRKY 1
MP00171
 7182 9833 查靶基因
SmilChr05G004392 XP_057811204.1
WRKY 1
MP00506
 7173 9818 查靶基因
SmilChr04G002757 XP_057807158.1
MIKC_MADS 1
MP00272
 7172 9889 查靶基因
SmilChr01G003404 XP_057773670.1
bZIP 1
MP00184
 7147 9840 查靶基因
SmilChr03G002335 XP_057801256.1
bZIP 1
MP00647
 7133 9953 查靶基因
SmilChr07G002075 XP_057773918.1
C2H2 1
MP00485
 7130 8059 查靶基因
SmilChr04G000162 XP_057807467.1
MYB 1
MP00134
 7078 8676 查靶基因
SmilChr04G000040 XP_057808382.1
ERF 1
MP00312
 7006 8490 查靶基因
SmilChr08G001896 XP_057783815.1
MYB 1
MP00564
 6984 9893 查靶基因
SmilChr02G005217 XP_057792502.1
G2-like 1
MP00022
 6959 9720 查靶基因
SmilChr05G000260 XP_057763683.1
bZIP 1
MP00040
 6920 9919 查靶基因
SmilChr01G002885 XP_057767601.1
ERF 1
MP00151
 6907 9976 查靶基因
SmilChr05G001518 XP_057765511.1
WRKY 1
MP00455
 6900 9792 查靶基因
SmilChr03G002503 XP_057801356.1
MYB 1
MP00482
 6899 8940 查靶基因
SmilChr03G001252 XP_057802461.1
bZIP 1
MP00291
 6894 9321 查靶基因
SmilChr06G001365 XP_057768799.1
SBP 1
MP00307
 6893 9755 查靶基因
SmilChr03G003439 XP_057798243.1
bHLH 1
MP00195
 6878 9832 查靶基因
SmilChr06G001111 XP_057768512.1
MYB 1
MP00388
 6870 9774 查靶基因
SmilChr02G000949 XP_057795176.1
bZIP 1
MP00318
 6849 9413 查靶基因
SmilChr01G000025 XP_057790305.1
SBP 1
MP00633
 6833 8026 查靶基因
SmilChr01G004313 XP_057783598.1
bHLH 1
MP00308
 6805 9826 查靶基因
SmilChr02G005502 XP_057792768.1
bHLH 1
MP00082
 6784 9435 查靶基因
SmilChr03G004274 XP_057799397.1
MIKC_MADS 1
MP00080
 6766 9850 查靶基因
SmilChr02G003688 XP_057794248.1
MYB 1
MP00028
 6764 9024 查靶基因
SmilChr04G003367 XP_057804957.1
MYB 1
MP00191
 6736 9690 查靶基因
SmilChr04G000157 XP_057807462.1
bHLH 1
MP00081
 6729 9942 查靶基因
SmilChr07G002147 XP_057774045.1
MYB 1
MP00500
 6697 9681 查靶基因
SmilChr05G002277 XP_057809665.1
ERF 1
MP00452
 6671 7783 查靶基因
SmilChr07G004480 XP_057776222.1
WRKY 1
MP00531
 6663 9784 查靶基因
SmilChr02G004447 XP_057797242.1
HD-ZIP 1
MP00200
 6661 9930 查靶基因
SmilChr04G000070 XP_057807324.1
bHLH 1
MP00034
 6653 9929 查靶基因
SmilChr01G002039 XP_057808459.1
bHLH 1
MP00660
 6653 9929 查靶基因
SmilChr01G005851 XP_057789306.1
MYB 1
MP00055
 6638 9685 查靶基因
SmilChr02G005238 XP_057792594.1
SBP 1
MP00634
 6619 7771 查靶基因
SmilChr06G002048 XP_057770293.1
bHLH 1
MP00035
 6618 9903 查靶基因
SmilChr07G000836 XP_057772437.1
MYB_related 1
MP00568
 6611 9696 查靶基因
SmilChr04G003119 XP_057809542.1
bZIP 1
MP00039
 6610 9936 查靶基因
SmilChr01G004114 XP_057781125.1
WRKY 1
MP00284
 6552 9774 查靶基因
SmilChr08G004246 XP_057780410.1
WRKY 1
MP00422
 6535 9791 查靶基因
SmilChr05G001980 XP_057766076.1
ARF 1
MP00153
 6534 9706 查靶基因
SmilChr04G000094 XP_057807365.1
YABBY 1
MP00620
 6504 9844 查靶基因
SmilChr02G002534 XP_057797741.1
TCP 1
MP00169
 6498 7295 查靶基因
SmilChr05G001269 XP_057765199.1
G2-like 1
MP00252
 6478 9780 查靶基因
SmilChr07G003441 XP_057773618.1
NAC 1
MP00108
 6458 9810 查靶基因
SmilChr02G001791 XP_057795933.1
TCP 1
MP00062
 6454 7249 查靶基因
SmilChr05G003285 XP_057810127.1
RAV 1
MP00024
 6450 9853 查靶基因
SmilChr05G000619 XP_057764205.1
WRKY 1
MP00167
 6439 9756 查靶基因
SmilChr04G003745 XP_057809144.1
C2H2 1
MP00416
 6433 9716 查靶基因
SmilChr02G004607 XP_057791470.1
C2H2 1
MP00608
 6398 9817 查靶基因
SmilChr02G003399 XP_057793859.1
ERF 1
MP00240
 6368 9978 查靶基因
SmilChr01G004920 XP_057788125.1
MYB_related 1
MP00607
 6362 9718 查靶基因
SmilChr06G001059 XP_057768449.1
Dof 1
MP00402
 6278 9875 查靶基因
SmilChr01G004552 XP_057786668.1
bZIP 1
MP00409
 6252 8429 查靶基因
SmilChr01G006187 XP_057798078.1
GRAS 1
MP00611
 6232 9807 查靶基因
SmilChr01G001516 XP_057803325.1
bZIP 1
MP00648
 6170 9939 查靶基因
SmilChr04G003955 XP_057805828.1
ERF 1
MP00120
 6144 7514 查靶基因
SmilChr01G004708 XP_057787833.1
WRKY 1
MP00251
 6140 9713 查靶基因
SmilChr05G001961 XP_057766054.1
MIKC_MADS 1
MP00077
 6125 9815 查靶基因
SmilChr08G000478 XP_057781809.1
GATA 1
MP00130
 6015 9821 查靶基因
SmilChr01G000943 XP_057790035.1
MIKC_MADS 1
MP00508
 5979 7481 查靶基因
SmilChr05G004106 XP_057810779.1
WRKY 1
MP00260
 5932 9706 查靶基因
SmilChr04G003973 XP_057805857.1
HD-ZIP 1
MP00013
 5927 9712 查靶基因
SmilChr03G002207 XP_057801109.1
WRKY 1
MP00299
 5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 95 / 167 下载 TSV

上一页 95 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005144 Chr01 NC_080387.1:69252535-69252555promoter 内 640-660 bp + 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 69234499-69249194(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTTCCTTATCATTACTCTT
SmilChr03G002207 Chr03 NC_080389.1:34769262-34769282promoter 内 620-640 bp + 3361 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 34772643-34776230(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGAATATTGGATGAGGATTGT
SmilChr04G004046 Chr04 NC_080390.1:55675741-55675761promoter 内 613-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 55679129-55680176(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAAATGTGGATAATGTTAAT
SmilChr01G003220 Chr01 NC_080387.1:50968034-50968054promoter 内 570-590 bp - 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50971465-50972430(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACAGCTTTATCCACATTCAA
SmilChr07G002775 Chr07 NC_080393.1:27626369-27626389promoter 内 529-549 bp - 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27618695-27622917(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCAGCTCTGGATAAGGAGATT
SmilChr01G004610 Chr01 NC_080387.1:64074118-64074138promoter 内 495-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 64067743-64070632(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCATACATATCCAATAATTT
SmilChr05G000179 Chr05 NC_080391.1:1409788-1409808promoter 内 442-462 bp - 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1413347-1417718(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGATTTTTATCCACATCCGA
SmilChr02G001446 Chr02 NC_080388.1:27135547-27135567promoter 内 426-446 bp - 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27128730-27131992(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAAAGTGGATAAATTTTAA
SmilChr01G002693 Chr01 NC_080387.1:45174963-45174983promoter 内 394-414 bp + 3587 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 45178570-45190535(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCAGCTCTGGATAAGGAGATT
SmilChr07G002155 Chr07 NC_080393.1:19727273-19727293promoter 内 386-406 bp + 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 19721931-19723678(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTTTATTTATCCAATTTTGA
SmilChr03G003543 Chr03 NC_080389.1:54076195-54076215promoter 内 383-403 bp - 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54071383-54072597(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGATAGTGGATAAAAATATG
SmilChr01G003807 Chr01 NC_080387.1:56446296-56446316promoter 内 364-384 bp + 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56449933-56452544(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACTGACTGGATAATCACGAT
SmilChr05G000486 Chr05 NC_080391.1:3803720-3803740promoter 内 360-380 bp + 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3807361-3811638(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAGAAGTAGATAAGGACCCA
SmilChr01G004017 Chr01 NC_080387.1:58556671-58556691promoter 内 326-346 bp - 3655 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 58560346-58570392(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGCTCCTTATCCAAGGCCTG
SmilChr04G003617 Chr04 NC_080390.1:52675010-52675030promoter 内 318-338 bp + 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 52669016-52671347(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGGGTCCTTATCTACTTCTAG
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SmilChr03G004181 Chr03 NC_080389.1:60530749-60530769promoter 内 290-310 bp + 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 60534460-60538815(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAATAAGTGGATAAGTGTGTT
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SmilChr04G003173 Chr04 NC_080390.1:48414071-48414091promoter 内 255-275 bp + 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48408962-48410345(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTATATTTATCCAATAAAAT
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SmilChr05G002206 Chr05 NC_080391.1:23519436-23519456promoter 内 95-115 bp - 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 23523342-23525067(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATCACATTATCTAATTTTTT
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SmilChr04G004155 Chr04 NC_080390.1:56259654-56259674promoter 内 16-36 bp - 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56252704-56255689(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGTGGTGTGGATAAATGTAGT
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SmilChr02G001337 Chr02 NC_080388.1:24863251-24863271promoter 内 3948-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 24861850-24863218(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCATTCTAGATAAGGACAAA
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SmilChr01G002306 Chr01 NC_080387.1:39990618-39990638promoter 内 2602-2622 bp + 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 39992017-39993315(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAGTATTTGGATAAAGATTAT