转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 1 / 128 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001490 Chr05 NC_080391.1:13664927-13664941promoter 内 1003-1017 bp - 2984 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 5 13667925-13674438(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr06G001703 Chr06 NC_080392.1:19578330-19578344promoter 内 933-947 bp + 3054 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 19581398-19583833(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCG
SmilChr06G000063 Chr06 NC_080392.1:519293-519307promoter 内 2672-2686 bp - 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 514592-517978(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCG
SmilChr01G005520 Chr01 NC_080387.1:72012455-72012469promoter 内 1563-1577 bp - 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 72007360-72010031(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCG
SmilChr07G003457 Chr07 NC_080393.1:38627145-38627159promoter 内 898-912 bp + 3089 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 38623097-38624056(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr07G003459 Chr07 NC_080393.1:38632702-38632716promoter 内 898-912 bp + 3089 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 38628654-38629613(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr04G000455 Chr04 NC_080390.1:4819047-4819061promoter 内 707-721 bp - 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 4822341-4824826(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr08G000631 Chr08 NC_080394.1:4715400-4715414promoter 内 5-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 4719396-4722517(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr07G000276 Chr07 NC_080393.1:1790148-1790162promoter 内 3967-3981 bp - 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1790182-1791948(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr02G002568 Chr02 NC_080388.1:44681771-44681785promoter 内 2413-2427 bp - 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 44676486-44680197(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCG
SmilChr07G002810 Chr07 NC_080393.1:28132848-28132862promoter 内 2401-2415 bp - 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28130423-28131262(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCG
SmilChr03G003590 Chr03 NC_080389.1:54554418-54554432promoter 内 2270-2284 bp + 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54556149-54564451(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCG
SmilChr02G005432 Chr02 NC_080388.1:74749207-74749221promoter 内 1618-1632 bp + 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 74742249-74746838(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr03G003401 Chr03 NC_080389.1:52379204-52379218promoter 内 831-845 bp - 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 52382374-52388352(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr07G002292 Chr07 NC_080393.1:21198402-21198416promoter 内 774-788 bp + 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 21195118-21195189(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr07G000076 Chr07 NC_080393.1:361918-361932promoter 内 635-649 bp - 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 354747-358566(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCG
SmilChr07G000262 Chr07 NC_080393.1:1674803-1674817promoter 内 459-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1678345-1678677(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCG
SmilChr03G003171 Chr03 NC_080389.1:49079371-49079385promoter 内 127-141 bp - 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 49083245-49091468(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr03G003385 Chr03 NC_080389.1:52218407-52218421promoter 内 633-647 bp - 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 6 52205301-52215053(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCA
SmilChr02G000988 Chr02 NC_080388.1:17406026-17406040promoter 内 1851-1865 bp + 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 4 17397232-17403890(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr02G000989 Chr02 NC_080388.1:17406026-17406040promoter 内 543-557 bp + 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 4 17409484-17412883(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCA
SmilChr03G002156 Chr03 NC_080389.1:33547626-33547640promoter 内 2466-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 3 33549161-33552044(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCA
SmilChr03G003968 Chr03 NC_080389.1:58722420-58722434promoter 内 1470-1484 bp - 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 3 58724951-58735781(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr03G004682 Chr03 NC_080389.1:64236494-64236508promoter 内 1664-1678 bp - 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 64238831-64239774(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr05G000977 Chr05 NC_080391.1:7897587-7897601promoter 内 1252-1266 bp - 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 7891031-7894852(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCA
SmilChr08G002109 Chr08 NC_080394.1:18947962-18947976promoter 内 3153-3167 bp - 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 1 18942112-18947128(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCA
SmilChr01G001135 Chr01 NC_080387.1:23130942-23130956promoter 内 3098-3112 bp - 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 1 23125739-23130053(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCA
SmilChr01G003116 Chr01 NC_080387.1:49965816-49965830promoter 内 561-575 bp - 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 1 49959887-49962390(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCA
SmilChr05G003705 Chr05 NC_080391.1:50129939-50129953promoter 内 137-151 bp - 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 1 50133803-50135351(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr08G001963 Chr08 NC_080394.1:17288199-17288213promoter 内 1975-1989 bp - 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 9 17286115-17286187(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCGCCACCGCCG
SmilChr01G001993 Chr01 NC_080387.1:35326918-35326932promoter 内 2595-2609 bp + 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 7 35328324-35336128(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCGCCACCGCCG
SmilChr06G001418 Chr06 NC_080392.1:14871669-14871683promoter 内 1493-1507 bp + 2494 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 7 14874177-14877383(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCGCCACCGCCG
SmilChr06G001417 Chr06 NC_080392.1:14871600-14871614promoter 内 865-879 bp + 3122 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 7 14864871-14868478(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGTGG
SmilChr01G001992 Chr01 NC_080387.1:35326918-35326932promoter 内 414-428 bp + 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 7 35321960-35323345(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGTGG
SmilChr01G003490 Chr01 NC_080387.1:53453826-53453840promoter 内 3720-3734 bp + 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 6 53454107-53456184(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCGCCACCGCCG
SmilChr07G002190 Chr07 NC_080393.1:20120568-20120582promoter 内 2757-2771 bp - 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 6 20118416-20119338(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCGCCACCGCCG
SmilChr01G000106 Chr01 NC_080387.1:1845913-1845927promoter 内 3504-3518 bp - 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 5 1846410-1848742(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGTGG
SmilChr06G001002 Chr06 NC_080392.1:9913614-9913628promoter 内 2182-2196 bp + 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 5 9915433-9917252(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCGCCACCGCCG
SmilChr03G001153 Chr03 NC_080389.1:13315621-13315635promoter 内 642-656 bp + 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 5 13308143-13312276(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGTGG
SmilChr03G000233 Chr03 NC_080389.1:2766042-2766056promoter 内 2791-2805 bp - 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 4 2767252-2771555(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGTGG
SmilChr07G001915 Chr07 NC_080393.1:16552497-16552511promoter 内 3975-3989 bp - 12 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 3 16551988-16552485(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCGCCACCGCCG
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SmilChr05G003488 Chr05 NC_080391.1:46373906-46373920promoter 内 2645-2659 bp - 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 3 46375262-46376816(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGTGG
SmilChr08G002013 Chr08 NC_080394.1:17877056-17877070promoter 内 2318-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 3 17878739-17880536(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGTGG
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SmilChr05G001235 Chr05 NC_080391.1:10465763-10465777promoter 内 1673-1687 bp + 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 3 10468091-10474523(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCGCCACCGCCG
SmilChr01G003745 Chr01 NC_080387.1:55792073-55792087promoter 内 1099-1113 bp + 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 3 55786099-55789185(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGTGG
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SmilChr01G003746 Chr01 NC_080387.1:55792073-55792087promoter 内 726-740 bp + 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 3 55786538-55788812(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGTGG