转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G003267; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018221-RA_Salv SmilChr08G003267 MYB XP_057779249.1 MP00406 AAAAAATTAGGTAAA

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7839 个候选靶基因 第 102 / 157 下载 TSV

上一页 102 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004128 Chr01 NC_080387.1:59808229-59808243promoter 内 286-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 59803567-59804528(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAGACCTAATTCTTT
SmilChr03G000484 Chr03 NC_080389.1:5170922-5170936promoter 内 277-291 bp - 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5163205-5167212(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CGAAAATTAGGTTCT
SmilChr05G003174 Chr05 NC_080391.1:40591256-40591270promoter 内 135-149 bp + 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 40595122-40597529(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CATGTGTTAGGTAAG
SmilChr01G004562 Chr01 NC_080387.1:63701399-63701413promoter 内 3512-3526 bp + 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 63701888-63703925(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATCGAGTTAGGTAAA
SmilChr04G003237 Chr04 NC_080390.1:49172811-49172825promoter 内 3938-3952 bp - 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 49171621-49172762(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GATGTATTAGGTATA
SmilChr05G001221 Chr05 NC_080391.1:10249086-10249100promoter 内 3914-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 10249173-10254623(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAGACCTAATTAAAT
SmilChr02G004674 Chr02 NC_080388.1:69099995-69100009promoter 内 3805-3819 bp - 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 69099466-69099813(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATGAATTTAGGTACG
SmilChr03G000002 Chr03 NC_080389.1:41509-41523promoter 内 3678-3692 bp + 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 41832-1226093(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAGTAATTAGGTTGA
SmilChr02G004333 Chr02 NC_080388.1:65595850-65595864promoter 内 3568-3582 bp - 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 65593541-65595431(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCAGTATTAGGTAAG
SmilChr01G002250 Chr01 NC_080387.1:39125357-39125371promoter 内 3483-3497 bp + 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 39124182-39124853(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTCACCTAATAAACT
SmilChr04G003773 Chr04 NC_080390.1:53929175-53929189promoter 内 3261-3275 bp + 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 53926163-53928449(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAAACCTAATTTCTG
SmilChr01G001094 Chr01 NC_080387.1:22387346-22387360promoter 内 3177-3191 bp + 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 22386464-22386536(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAGACCTAATATGCC
SmilChr05G000011 Chr05 NC_080391.1:53830-53844promoter 内 2951-2965 bp - 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 48990-52794(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAATTATTAGGTCTT
SmilChr01G000700 Chr01 NC_080387.1:15693319-15693333promoter 内 2838-2852 bp - 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 15690510-15692170(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GGTAGATTAGGTAGA
SmilChr01G002296 Chr01 NC_080387.1:39784622-39784636promoter 内 2597-2611 bp + 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 39786026-39787044(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GGTAGATTAGGTAGA
SmilChr02G004432 Chr02 NC_080388.1:66688842-66688856promoter 内 2449-2463 bp - 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 66678498-66687304(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATAATATTAGGTTTA
SmilChr02G004176 Chr02 NC_080388.1:64046389-64046403promoter 内 2381-2395 bp - 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 64042824-64044783(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ACCAAATTAGGTTAA
SmilChr04G000577 Chr04 NC_080390.1:6425096-6425110promoter 内 2266-2280 bp - 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 6426831-6429688(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGGACCTAATAATGA
SmilChr02G005571 Chr02 NC_080388.1:75595773-75595787promoter 内 1952-1966 bp + 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 75597822-75602866(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGAAAATTAGGCATC
SmilChr02G004953 Chr02 NC_080388.1:71492965-71492979promoter 内 1784-1798 bp + 2203 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 71488154-71490762(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTTACCTACTATTTT
SmilChr05G002250 Chr05 NC_080391.1:24175901-24175915promoter 内 1740-1754 bp - 2247 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 24171213-24173654(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GAATTATTAGGTGCC
SmilChr04G003238 Chr04 NC_080390.1:49172811-49172825promoter 内 1438-1452 bp - 2549 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 49175374-49176543(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAATACATC
SmilChr03G003669 Chr03 NC_080389.1:55532642-55532656promoter 内 1397-1411 bp - 2590 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 55524822-55530052(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AGTTTATTAGGTGAA
SmilChr03G004554 Chr03 NC_080389.1:63513645-63513659promoter 内 1285-1299 bp + 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 63516361-63526829(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CATTATTTAGGTAAA
SmilChr05G003994 Chr05 NC_080391.1:53782937-53782951promoter 内 1126-1140 bp - 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 53785812-53787681(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GATGCCTAATTTTCA
SmilChr03G003752 Chr03 NC_080389.1:56600984-56600998promoter 内 980-994 bp + 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 56595578-56597977(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCTGCCTAATTTAAG
SmilChr03G000005 Chr03 NC_080389.1:86178-86192promoter 内 623-637 bp + 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 78540-82814(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCAACCTAATTACTA
SmilChr03G001252 Chr03 NC_080389.1:14440865-14440879promoter 内 276-290 bp - 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 14444590-14449243(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATGGCCTAATTTTTC
SmilChr05G004369 Chr05 NC_080391.1:57211612-57211626promoter 内 166-180 bp - 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 57206195-57207791(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AGAAAATTAGGCGAG
SmilChr03G003743 Chr03 NC_080389.1:56474706-56474720promoter 内 3922-3936 bp - 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56474785-56481308(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAGACCTAATAATTA
SmilChr01G000493 Chr01 NC_080387.1:10047200-10047214promoter 内 3919-3933 bp - 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 10046263-10047132(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGAAAATTAGGCCAA
SmilChr03G001439 Chr03 NC_080389.1:17099491-17099505promoter 内 3902-3916 bp - 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 17098015-17099406(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CGGATATTAGGTCTC
SmilChr05G003943 Chr05 NC_080391.1:53198417-53198431promoter 内 3813-3827 bp + 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 53198605-53200335(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CTAAATTTAGGTAAT
SmilChr03G000993 Chr03 NC_080389.1:11305950-11305964promoter 内 3765-3779 bp + 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 11302850-11305728(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AACACCTAATATTAC
SmilChr02G004657 Chr02 NC_080388.1:68984850-68984864promoter 内 3759-3773 bp - 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 68983438-68984622(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAATAATTAGGTTAT
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