转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 104 / 167 下载 TSV

上一页 104 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003821 Chr01 NC_080387.1:56550846-56550855promoter 内 3880-3889 bp + 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 56550967-56554598(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ATAGATACGT
SmilChr02G002795 Chr02 NC_080388.1:48036980-48036989promoter 内 3748-3757 bp + 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 48037233-48039898(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ATAGATACGT
SmilChr05G002011 Chr05 NC_080391.1:20820307-20820316promoter 内 3743-3752 bp - 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 20814832-20820058(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ATAGATACGT
SmilChr07G000205 Chr07 NC_080393.1:1293905-1293914promoter 内 3584-3593 bp - 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 1290993-1293497(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ATAGATACGT
SmilChr01G000945 Chr01 NC_080387.1:20044488-20044497promoter 内 3346-3355 bp - 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 20045143-20050294(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr04G000084 Chr04 NC_080390.1:739990-739999promoter 内 3182-3191 bp + 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 735192-739180(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr01G001772 Chr01 NC_080387.1:32636540-32636549promoter 内 2996-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 32630790-32635544(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr05G002624 Chr05 NC_080391.1:29584575-29584584promoter 内 2929-2938 bp - 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 29585647-29590303(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr03G000954 Chr03 NC_080389.1:10797570-10797579promoter 内 2866-2875 bp - 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 10795517-10796444(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGA
SmilChr08G002132 Chr08 NC_080394.1:19223370-19223379promoter 内 2866-2875 bp + 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 19224505-19228228(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ATAGATACGT
SmilChr01G001363 Chr01 NC_080387.1:26989470-26989479promoter 内 2825-2834 bp - 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 26990646-26992428(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr03G004447 Chr03 NC_080389.1:62608262-62608271promoter 内 2552-2561 bp - 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 62609711-62615303(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr04G001032 Chr04 NC_080390.1:14669472-14669481promoter 内 2205-2214 bp + 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 14664660-14667685(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAG
SmilChr07G001773 Chr07 NC_080393.1:15025406-15025415promoter 内 2051-2060 bp - 1941 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 15027356-15032190(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr03G004412 Chr03 NC_080389.1:62292189-62292198promoter 内 1701-1710 bp + 2291 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 62294489-62298913(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ATAGATACGT
SmilChr03G000903 Chr03 NC_080389.1:10327300-10327309promoter 内 1067-1076 bp + 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 10330234-10331421(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ATAGATACGT
SmilChr06G002041 Chr06 NC_080392.1:26692757-26692766promoter 内 1043-1052 bp - 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 26695715-26697224(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAG
SmilChr08G001886 Chr08 NC_080394.1:16378748-16378757promoter 内 921-930 bp + 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 16374242-16375677(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr08G004753 Chr08 NC_080394.1:56878235-56878244promoter 内 901-910 bp - 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 56881335-56882296(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAG
SmilChr01G001431 Chr01 NC_080387.1:27965674-27965683promoter 内 835-844 bp + 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 27959576-27962517(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr01G002670 Chr01 NC_080387.1:44911309-44911318promoter 内 777-786 bp - 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 44914533-44918072(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAG
SmilChr04G001189 Chr04 NC_080390.1:18221269-18221278promoter 内 759-768 bp - 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 18215054-18218036(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGA
SmilChr01G000472 Chr01 NC_080387.1:9646803-9646812promoter 内 758-767 bp - 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 9640587-9643569(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGA
SmilChr05G003208 Chr05 NC_080391.1:41138504-41138513promoter 内 758-767 bp - 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 41132288-41135270(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGA
SmilChr07G003562 Chr07 NC_080393.1:41570199-41570208promoter 内 757-766 bp - 3235 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 41563982-41566964(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGA
SmilChr07G003995 Chr07 NC_080393.1:51008027-51008036promoter 内 741-750 bp + 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 51002214-51004776(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr02G003936 Chr02 NC_080388.1:61439268-61439277promoter 内 726-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 61434867-61436002(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ATAGATACGT
SmilChr01G004991 Chr01 NC_080387.1:67936500-67936509promoter 内 666-675 bp - 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 67939835-67943482(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr01G005638 Chr01 NC_080387.1:72817119-72817128promoter 内 3985-3994 bp - 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72811430-72817112(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGA
SmilChr07G000049 Chr07 NC_080393.1:207610-207619promoter 内 3982-3991 bp + 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 205674-207600(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr04G000887 Chr04 NC_080390.1:11357037-11357046promoter 内 3973-3982 bp - 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11357065-11366190(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr04G003796 Chr04 NC_080390.1:54139587-54139596promoter 内 3940-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54139648-54144161(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ATAGATACGT
SmilChr07G002179 Chr07 NC_080393.1:19967699-19967708promoter 内 3936-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 19957849-19967643(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr08G000495 Chr08 NC_080394.1:3589256-3589265promoter 内 3899-3908 bp - 93 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 3589358-3589976(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr02G001517 Chr02 NC_080388.1:28278940-28278949promoter 内 3850-3859 bp - 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28277010-28278798(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGA
SmilChr03G004524 Chr03 NC_080389.1:63292259-63292268promoter 内 3825-3834 bp + 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 63289198-63292092(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
SmilChr03G002647 Chr03 NC_080389.1:42114132-42114141promoter 内 3781-3790 bp + 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42114352-42115532(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGA
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SmilChr02G003227 Chr02 NC_080388.1:53533812-53533821promoter 内 3629-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 53534184-53541115(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ATAGATACGT
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SmilChr04G000471 Chr04 NC_080390.1:5021837-5021846promoter 内 3531-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5022307-5024556(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAT
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