转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 104 / 151 下载 TSV

上一页 104 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005100 Chr02 NC_080388.1:72545600-72545612promoter 内 1129-1141 bp - 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 72548472-72550760(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CAAAGTAGGTATG
SmilChr01G002963 Chr01 NC_080387.1:48524988-48525000promoter 内 1127-1139 bp + 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 48521423-48522126(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCGGTAGGTTGA
SmilChr03G001054 Chr03 NC_080389.1:12254659-12254671promoter 内 951-963 bp + 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 12246577-12251621(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTAATTAGGTAAT
SmilChr02G002383 Chr02 NC_080388.1:41747792-41747804promoter 内 908-920 bp + 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 41743863-41744711(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCTGTAGGTAAA
SmilChr03G004045 Chr03 NC_080389.1:59439398-59439410promoter 内 822-834 bp + 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 59432094-59436231(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATTTTAGGTAAG
SmilChr03G000667 Chr03 NC_080389.1:7474189-7474201promoter 内 801-813 bp + 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7470144-7471001(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGCGGTAGGTGTC
SmilChr03G000168 Chr03 NC_080389.1:1835946-1835958promoter 内 713-725 bp + 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1839234-1840592(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACTGTG
SmilChr05G000057 Chr05 NC_080391.1:266225-266237promoter 内 696-708 bp + 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 269530-273117(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTGCCTACCTCG
SmilChr02G005292 Chr02 NC_080388.1:73916088-73916100promoter 内 481-493 bp + 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 73910972-73912580(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAGGGGAGGTAAA
SmilChr01G003889 Chr01 NC_080387.1:57201367-57201379promoter 内 419-431 bp + 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 57204949-57209344(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCCAACTACCTTT
SmilChr01G000205 Chr01 NC_080387.1:3556158-3556170promoter 内 387-399 bp + 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3546780-3552556(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAAGTAGGTATG
SmilChr02G002966 Chr02 NC_080388.1:50178077-50178089promoter 内 368-380 bp + 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 50171870-50174456(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCGGTAGGTTGA
SmilChr03G002991 Chr03 NC_080389.1:46725151-46725163promoter 内 362-374 bp + 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 46728790-46730217(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAAAATG
SmilChr04G004159 Chr04 NC_080390.1:56270912-56270924promoter 内 253-265 bp + 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 56274660-56278615(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCCAACTACCTTT
SmilChr02G004863 Chr02 NC_080388.1:70753464-70753476promoter 内 144-156 bp + 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 70757321-70760043(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAAAATC
SmilChr03G003440 Chr03 NC_080389.1:52789379-52789391promoter 内 173-185 bp + 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 52793207-52796355(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATTA
SmilChr01G004846 Chr01 NC_080387.1:66607204-66607216promoter 内 3903-3915 bp - 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 66607302-66612035(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAATTAGGTAAT
SmilChr01G003204 Chr01 NC_080387.1:50806861-50806873promoter 内 3610-3622 bp - 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 50807252-50810251(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGTTAAG
SmilChr02G001739 Chr02 NC_080388.1:31956993-31957005promoter 内 3059-3071 bp + 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 31954366-31956063(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAATTAGGTAAT
SmilChr02G003837 Chr02 NC_080388.1:60066331-60066343promoter 内 2571-2583 bp - 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 60064419-60064913(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCAACTACCTTA
SmilChr01G000043 Chr01 NC_080387.1:706244-706256promoter 内 2471-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 707774-710491(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCAACTACCTTA
SmilChr01G001706 Chr01 NC_080387.1:31490215-31490227promoter 内 1538-1550 bp - 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 31487645-31487764(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCAACCTACCAGG
SmilChr02G005249 Chr02 NC_080388.1:73638487-73638499promoter 内 1195-1207 bp + 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 73641293-73644615(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATTA
SmilChr02G001453 Chr02 NC_080388.1:27190818-27190830promoter 内 1159-1171 bp + 2830 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 27193660-27194373(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATACCTACTATC
SmilChr01G000276 Chr01 NC_080387.1:5464064-5464076promoter 内 1125-1137 bp + 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 5466940-5467395(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATCA
SmilChr01G004936 Chr01 NC_080387.1:67464090-67464102promoter 内 769-781 bp - 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 67459992-67460870(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAACCTACCGGT
SmilChr01G000948 Chr01 NC_080387.1:20065106-20065118promoter 内 754-766 bp - 3235 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 20068353-20077899(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAATTTAGGTAAA
SmilChr02G005462 Chr02 NC_080388.1:74929851-74929863promoter 内 285-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 74921594-74926147(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTTTTAGGTAAA
SmilChr02G003835 Chr02 NC_080388.1:60045357-60045369promoter 内 130-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 60033926-60041498(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTAGTAGGTATC
SmilChr03G003690 Chr03 NC_080389.1:55843901-55843913promoter 内 37-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 55838321-55839949(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAATTTAGGTAAA
SmilChr04G001043 Chr04 NC_080390.1:14843059-14843071promoter 内 3953-3965 bp + 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14843107-14843833(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCCAACTACCTTA
SmilChr05G001163 Chr05 NC_080391.1:9770201-9770213promoter 内 3949-3961 bp + 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9770253-9771725(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATTA
SmilChr03G003073 Chr03 NC_080389.1:47754470-47754482promoter 内 3925-3937 bp - 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47754546-47768803(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAATTTAGGTAAA
SmilChr01G000031 Chr01 NC_080387.1:549278-549290promoter 内 3845-3857 bp + 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 547791-549134(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTTTTAGGTAAA
SmilChr03G001463 Chr03 NC_080389.1:17489142-17489154promoter 内 3835-3847 bp - 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 17489308-17493704(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGATTTAGGTAAA
SmilChr04G003811 Chr04 NC_080390.1:54262028-54262040promoter 内 3831-3843 bp + 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54262198-54262269(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTCA
SmilChr04G003083 Chr04 NC_080390.1:47425724-47425736promoter 内 3825-3837 bp - 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47425487-47425560(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTACCTACTGTA
SmilChr02G000755 Chr02 NC_080388.1:12326159-12326171promoter 内 3762-3774 bp + 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12304635-12325932(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATAGTAGGTATC
SmilChr01G000762 Chr01 NC_080387.1:16678203-16678215promoter 内 3743-3755 bp + 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16676500-16677957(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAATTTAGGTAAA
SmilChr01G005092 Chr01 NC_080387.1:68782309-68782321promoter 内 3731-3743 bp + 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 68782579-68784843(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTAACTACCTTT
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SmilChr01G004701 Chr01 NC_080387.1:65126370-65126382promoter 内 3555-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 65126816-65129837(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTTA
SmilChr02G004716 Chr02 NC_080388.1:69431001-69431013promoter 内 3517-3529 bp + 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 69422631-69430529(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAATTAGGTAAT
SmilChr01G002578 Chr01 NC_080387.1:43924396-43924408promoter 内 3481-3493 bp + 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 43922847-43923888(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCTGTAGGTAGG
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SmilChr05G001873 Chr05 NC_080391.1:18911128-18911140promoter 内 3441-3453 bp + 548 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 18911688-18916452(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATACCTACTACC
SmilChr03G004514 Chr03 NC_080389.1:63200057-63200069promoter 内 3400-3412 bp + 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63198775-63199468(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTTTTAGGTAAA
SmilChr03G002675 Chr03 NC_080389.1:42463947-42463959promoter 内 3393-3405 bp - 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 42462635-42463351(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATTA
SmilChr01G003301 Chr01 NC_080387.1:51697306-51697318promoter 内 3358-3370 bp + 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 51694329-51696675(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAATTTAGGTAAA