转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 105 / 133 下载 TSV

上一页 105 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004811 Chr02 NC_080388.1:70274360-70274369promoter 内 3272-3281 bp + 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 70271070-70273640(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTA
SmilChr03G001022 Chr03 NC_080389.1:11851704-11851713promoter 内 3195-3204 bp - 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 11852510-11854008(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr02G002231 Chr02 NC_080388.1:39677328-39677337promoter 内 3107-3116 bp - 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 39662614-39676443(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT
SmilChr02G002809 Chr02 NC_080388.1:48147223-48147232promoter 内 2997-3006 bp - 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 48141161-48146228(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAATGA
SmilChr01G005037 Chr01 NC_080387.1:68306430-68306439promoter 内 2931-2940 bp + 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 68307500-68325829(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr01G006116 Chr01 NC_080387.1:76686331-76686340promoter 内 2888-2897 bp + 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 76682695-76685227(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTA
SmilChr02G004958 Chr02 NC_080388.1:71517351-71517360promoter 内 2871-2880 bp - 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 71518481-71522737(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCATTATCTG
SmilChr02G004457 Chr02 NC_080388.1:66979968-66979977promoter 内 2860-2869 bp + 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 66981109-66982251(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr02G005292 Chr02 NC_080388.1:73913742-73913751promoter 内 2830-2839 bp - 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 73910972-73912580(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr01G002460 Chr01 NC_080387.1:42240130-42240139promoter 内 2812-2821 bp + 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 42241319-42251054(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT
SmilChr02G002317 Chr02 NC_080388.1:40780566-40780575promoter 内 2740-2749 bp + 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 40781827-40786616(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr03G000082 Chr03 NC_080389.1:965434-965443promoter 内 2737-2746 bp - 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 966698-968401(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr01G004089 Chr01 NC_080387.1:59291303-59291312promoter 内 2661-2670 bp + 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 59292643-59294781(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr02G002476 Chr02 NC_080388.1:43134182-43134191promoter 内 2614-2623 bp - 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 43122815-43132804(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT
SmilChr02G002868 Chr02 NC_080388.1:48875971-48875980promoter 内 2589-2598 bp - 1403 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 48877383-48880617(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr02G004668 Chr02 NC_080388.1:69049874-69049883promoter 内 2588-2597 bp - 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 69045149-69048470(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT
SmilChr01G002104 Chr01 NC_080387.1:37072240-37072249promoter 内 2497-2506 bp - 1495 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 37073744-37074483(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr02G004095 Chr02 NC_080388.1:63268249-63268258promoter 内 2485-2494 bp - 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 63263398-63266742(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr01G003816 Chr01 NC_080387.1:56524488-56524497promoter 内 2483-2492 bp + 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 56526006-56526977(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr02G002810 Chr02 NC_080388.1:48147223-48147232promoter 内 2455-2464 bp - 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 48148769-48150806(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCATTATCTG
SmilChr01G006139 Chr01 NC_080387.1:76902311-76902320promoter 内 2331-2340 bp + 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 76903981-76905734(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr01G001511 Chr01 NC_080387.1:28939814-28939823promoter 内 2312-2321 bp + 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 28941503-28945444(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr01G001663 Chr01 NC_080387.1:30712567-30712576promoter 内 2279-2288 bp + 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 30714289-30716612(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr01G005367 Chr01 NC_080387.1:70891449-70891458promoter 内 2260-2269 bp - 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 70885818-70889717(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr02G000975 Chr02 NC_080388.1:17047090-17047099promoter 内 2171-2180 bp - 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 17041698-17045269(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr02G000749 Chr02 NC_080388.1:12186243-12186252promoter 内 2168-2177 bp - 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 12179393-12184419(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr02G002233 Chr02 NC_080388.1:39677328-39677337promoter 内 1991-2000 bp - 2001 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 39672671-39675327(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT
SmilChr02G003582 Chr02 NC_080388.1:56983646-56983655promoter 内 1916-1925 bp + 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 56980141-56981570(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTA
SmilChr03G000658 Chr03 NC_080389.1:7343810-7343819promoter 内 1845-1854 bp + 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 7340706-7341663(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr02G001450 Chr02 NC_080388.1:27185502-27185511promoter 内 1813-1822 bp - 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 27181809-27183323(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr01G002866 Chr01 NC_080387.1:47270186-47270195promoter 内 1771-1780 bp + 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 47272416-47277854(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr02G004464 Chr02 NC_080388.1:67056171-67056180promoter 内 1697-1706 bp + 2295 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 67058475-67063551(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr02G000528 Chr02 NC_080388.1:7271603-7271612promoter 内 1657-1666 bp - 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 7265033-7269268(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr02G004806 Chr02 NC_080388.1:70233059-70233068promoter 内 1626-1635 bp - 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 70225492-70230693(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr01G001923 Chr01 NC_080387.1:34375689-34375698promoter 内 1540-1549 bp + 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 34378150-34381522(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT
SmilChr02G004463 Chr02 NC_080388.1:67056002-67056011promoter 内 1483-1492 bp - 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 67049021-67053493(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
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