转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 105 / 167 下载 TSV

上一页 105 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001278 Chr07 NC_080393.1:9847813-9847824promoter 内 928-939 bp - 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 9841209-9844751(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCAAAA
SmilChr02G001421 Chr02 NC_080388.1:26826171-26826182promoter 内 899-910 bp + 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 26821704-26823080(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGACT
SmilChr06G002065 Chr06 NC_080392.1:27185814-27185825promoter 内 809-820 bp + 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 27178638-27182633(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTTGCGTGTTC
SmilChr02G003575 Chr02 NC_080388.1:56929096-56929107promoter 内 773-784 bp - 3217 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 56932324-56935570(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGGAT
SmilChr04G001540 Chr04 NC_080390.1:25372806-25372817promoter 内 752-763 bp + 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 25364426-25369568(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTTGCGTGTTC
SmilChr07G003713 Chr07 NC_080393.1:44876719-44876730promoter 内 700-711 bp - 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44872746-44873429(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTCACGCCAGA
SmilChr01G001093 Chr01 NC_080387.1:22376353-22376364promoter 内 631-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 22379723-22397006(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGAAC
SmilChr04G003176 Chr04 NC_080390.1:48444145-48444156promoter 内 601-612 bp - 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 48437990-48440756(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAAAA
SmilChr08G002746 Chr08 NC_080394.1:27073650-27073661promoter 内 599-610 bp - 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 27077052-27078122(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTTGCGTGTTC
SmilChr01G005283 Chr01 NC_080387.1:70207939-70207950promoter 内 579-590 bp - 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 70211361-70212134(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACTGGCGTGACA
SmilChr08G000959 Chr08 NC_080394.1:7151453-7151464promoter 内 552-563 bp - 3438 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 7154902-7156195(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTTGCGTGTTC
SmilChr04G002702 Chr04 NC_080390.1:42540324-42540335promoter 内 546-557 bp + 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 42536774-42536880(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGACT
SmilChr03G003717 Chr03 NC_080389.1:56190960-56190971promoter 内 477-488 bp + 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 56194484-56195972(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATCCACGCCAGA
SmilChr08G000108 Chr08 NC_080394.1:661862-661873promoter 内 469-480 bp - 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 665394-677267(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACTGGCGTGGAA
SmilChr05G001335 Chr05 NC_080391.1:11737046-11737057promoter 内 420-431 bp - 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 11740627-11743929(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTTGCGTGTTC
SmilChr03G003369 Chr03 NC_080389.1:52047004-52047015promoter 内 352-363 bp - 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 52050653-52052145(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGAAC
SmilChr02G001423 Chr02 NC_080388.1:26826171-26826182promoter 内 202-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 26829970-26830536(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTCACGCCAGA
SmilChr05G000672 Chr05 NC_080391.1:5135524-5135535promoter 内 192-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 5124881-5131726(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGAAG
SmilChr03G003982 Chr03 NC_080389.1:58823553-58823564promoter 内 152-163 bp - 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 58827402-58829961(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGGTA
SmilChr01G000497 Chr01 NC_080387.1:10138523-10138534promoter 内 103-114 bp + 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 10131296-10134636(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTTGCGTGTTC
SmilChr03G003853 Chr03 NC_080389.1:57635794-57635805promoter 内 101-112 bp - 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 57639694-57644064(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTTGCGTGTTC
SmilChr03G002882 Chr03 NC_080389.1:45497113-45497124promoter 内 65-76 bp + 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 45501049-45503141(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACTCACGCCAGA
SmilChr03G003321 Chr03 NC_080389.1:51441893-51441904promoter 内 3084-3095 bp + 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 51442810-51443244(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACCCACGCCATC
SmilChr02G002260 Chr02 NC_080388.1:40039416-40039427promoter 内 3259-3270 bp + 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 40040158-40046431(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTCCACGCCATC
SmilChr06G000565 Chr06 NC_080392.1:4808366-4808377promoter 内 3075-3086 bp + 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 4803593-4807451(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGGGG
SmilChr04G000536 Chr04 NC_080390.1:5957888-5957899promoter 内 3051-3062 bp - 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 5958838-5964118(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GATGGCGTGAGG
SmilChr01G004772 Chr01 NC_080387.1:65910335-65910346promoter 内 2558-2569 bp + 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 65905160-65908903(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTAGCGTGTTC
SmilChr02G002148 Chr02 NC_080388.1:38626583-38626594promoter 内 2319-2330 bp - 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 38623208-38624912(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCTAGA
SmilChr08G002102 Chr08 NC_080394.1:18881227-18881238promoter 内 1911-1922 bp + 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 18883317-18886445(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCTAGA
SmilChr01G004567 Chr01 NC_080387.1:63731251-63731262promoter 内 1601-1612 bp - 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 63733651-63736157(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CATGGCGTGGAG
SmilChr06G001833 Chr06 NC_080392.1:21515065-21515076promoter 内 1384-1395 bp - 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 21512097-21512459(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCTAGA
SmilChr04G003361 Chr04 NC_080390.1:50202479-50202490promoter 内 1114-1125 bp + 2876 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 50205366-50206919(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACCCACGCCATG
SmilChr04G003482 Chr04 NC_080390.1:51266961-51266972promoter 内 1081-1092 bp - 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 51269881-51274182(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTTGCGTGTTT
SmilChr06G001252 Chr06 NC_080392.1:13016201-13016212promoter 内 600-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 13010342-13012811(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TATCACGCCAGA
SmilChr05G000606 Chr05 NC_080391.1:4567140-4567151promoter 内 171-182 bp - 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 4570970-4573365(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CATGGCGTGACC
SmilChr03G003869 Chr03 NC_080389.1:57804525-57804536promoter 内 81-92 bp - 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 57798026-57800616(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCTCACGCCATC
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