转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 108 / 151 下载 TSV

上一页 108 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000698 Chr05 NC_080391.1:5270480-5270492promoter 内 92-104 bp + 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5264372-5266583(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAGGTAGTTAGA
SmilChr01G002563 Chr01 NC_080387.1:43757519-43757531promoter 内 3345-3357 bp + 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 43758175-43760421(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATCAC
SmilChr04G003822 Chr04 NC_080390.1:54341950-54341962promoter 内 1999-2011 bp + 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 54343952-54347830(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTATA
SmilChr02G001007 Chr02 NC_080388.1:17752982-17752994promoter 内 1929-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 17755054-17762670(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACTGGC
SmilChr03G002580 Chr03 NC_080389.1:41047441-41047453promoter 内 570-582 bp - 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 41033686-41044022(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATCAAT
SmilChr03G004553 Chr03 NC_080389.1:63488844-63488856promoter 内 3749-3761 bp + 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 63489096-63492937(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTAT
SmilChr02G001690 Chr02 NC_080388.1:31159282-31159294promoter 内 3740-3752 bp - 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 31159543-31170581(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGATTAGGTAAT
SmilChr01G005877 Chr01 NC_080387.1:74710921-74710933promoter 内 3523-3535 bp - 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 74711399-74715640(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCAAGTAGGTAAT
SmilChr02G002380 Chr02 NC_080388.1:41709053-41709065promoter 内 3038-3050 bp - 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 41706311-41708102(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGCACCTACCAAA
SmilChr03G002663 Chr03 NC_080389.1:42293197-42293209promoter 内 2887-2899 bp + 1102 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 42294311-42297859(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGCACCTACCAAA
SmilChr03G002921 Chr03 NC_080389.1:45955902-45955914promoter 内 2852-2864 bp + 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 45957051-45959555(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATAACCTACCATC
SmilChr03G001870 Chr03 NC_080389.1:25910464-25910476promoter 内 2698-2710 bp + 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 25911767-25912783(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACAACCTACCACC
SmilChr02G001912 Chr02 NC_080388.1:34422733-34422745promoter 内 2566-2578 bp + 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 34419529-34421310(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGTTTAGGTAAA
SmilChr02G000527 Chr02 NC_080388.1:7247075-7247087promoter 内 2540-2552 bp + 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 7248536-7248813(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATCAC
SmilChr02G001913 Chr02 NC_080388.1:34422733-34422745promoter 内 1908-1920 bp + 2081 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 34424826-34426167(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAACAC
SmilChr01G005876 Chr01 NC_080387.1:74710921-74710933promoter 内 1420-1432 bp - 2569 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 74707107-74708352(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACTTGA
SmilChr01G005793 Chr01 NC_080387.1:74019650-74019662promoter 内 1357-1369 bp - 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 74022294-74025132(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATGGGAGGTAAA
SmilChr02G004311 Chr02 NC_080388.1:65469663-65469675promoter 内 3947-3959 bp + 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 65468212-65469621(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATGGTAGGTTGT
SmilChr01G004524 Chr01 NC_080387.1:63440997-63441009promoter 内 3920-3932 bp + 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 63439237-63440928(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATATTTAGGTAAA
SmilChr03G003320 Chr03 NC_080389.1:51432338-51432350promoter 内 3870-3882 bp + 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 51430424-51432219(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAGGGTAGGTACT
SmilChr02G001719 Chr02 NC_080388.1:31639420-31639432promoter 内 3832-3844 bp - 157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 31638919-31639263(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAT
SmilChr05G000357 Chr05 NC_080391.1:2677559-2677571promoter 内 3825-3837 bp + 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 2675180-2677395(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATAGTAGGTATA
SmilChr01G001083 Chr01 NC_080387.1:22251994-22252006promoter 内 3804-3816 bp - 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 22245602-22251809(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACCCAG
SmilChr03G003063 Chr03 NC_080389.1:47581638-47581650promoter 内 3801-3813 bp + 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 47581838-47583674(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATCAC
SmilChr04G003700 Chr04 NC_080390.1:53357246-53357258promoter 内 3769-3781 bp + 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 53355611-53357026(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATATTTAGGTAAA
SmilChr03G002395 Chr03 NC_080389.1:37913427-37913439promoter 内 3699-3711 bp + 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 37913729-37916535(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTATA
SmilChr03G001337 Chr03 NC_080389.1:15608848-15608860promoter 内 3669-3681 bp - 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 15609180-15610408(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATAATTAGGTAAT
SmilChr01G005049 Chr01 NC_080387.1:68422921-68422933promoter 内 3519-3531 bp - 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 68423403-68425871(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATAGTAGGTATA
SmilChr01G004263 Chr01 NC_080387.1:60897600-60897612promoter 内 3511-3523 bp - 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 60898090-60902347(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATGGGAGGTAAA
SmilChr01G001163 Chr01 NC_080387.1:23618798-23618810promoter 内 3454-3466 bp + 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 23617057-23618263(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTAGTAGGTACA
SmilChr01G003953 Chr01 NC_080387.1:57916764-57916776promoter 内 3404-3416 bp + 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 57917361-57918624(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAT
SmilChr01G001829 Chr01 NC_080387.1:33232104-33232116promoter 内 3174-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 33227865-33231289(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGTGGTAGGTTCA
SmilChr04G003022 Chr04 NC_080390.1:46643993-46644005promoter 内 3091-3103 bp + 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 46644903-46645413(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAT
SmilChr02G004553 Chr02 NC_080388.1:68050381-68050393promoter 内 3027-3039 bp + 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 68051355-68054640(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAT
SmilChr03G002383 Chr03 NC_080389.1:37617075-37617087promoter 内 2919-2931 bp - 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 37615262-37616005(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACAACCTACCACC
SmilChr04G001960 Chr04 NC_080390.1:31804023-31804035promoter 内 2872-2884 bp - 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 31798910-31802906(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTATA
SmilChr04G003208 Chr04 NC_080390.1:48935171-48935183promoter 内 2844-2856 bp - 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 48936328-48941246(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CAAGGTAGTTGAG
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SmilChr04G003432 Chr04 NC_080390.1:50898291-50898303promoter 内 2819-2831 bp + 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 50895559-50897121(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATGAGTAGGTATG
SmilChr03G004504 Chr03 NC_080389.1:63154313-63154325promoter 内 2752-2764 bp + 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 63150076-63153076(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTCTGTAGGTAAG
SmilChr03G004748 Chr03 NC_080389.1:64583086-64583098promoter 内 2649-2661 bp + 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64579967-64581746(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTGGTAGGTACT
SmilChr05G000084 Chr05 NC_080391.1:464572-464584promoter 内 2581-2593 bp + 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 461963-463164(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATATTTAGGTAAA
SmilChr03G004567 Chr03 NC_080389.1:63594625-63594637promoter 内 2542-2554 bp - 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 63588038-63593178(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAT
SmilChr02G004310 Chr02 NC_080388.1:65469663-65469675promoter 内 2452-2464 bp + 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 65465767-65468126(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATGGTAGGTTGT
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SmilChr03G002990 Chr03 NC_080389.1:46719199-46719211promoter 内 2404-2416 bp - 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 46720796-46721795(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATAATTAGGTAAT
SmilChr02G004312 Chr02 NC_080388.1:65469663-65469675promoter 内 2372-2384 bp + 1617 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 65471292-65472692(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACAACCTACCATC
SmilChr02G004552 Chr02 NC_080388.1:68050381-68050393promoter 内 2288-2300 bp + 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 68045485-68048680(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATATTTAGGTAAA
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SmilChr01G005842 Chr01 NC_080387.1:74417373-74417385promoter 内 2186-2198 bp + 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 74411756-74415570(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATGGGAGGTAAA