转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 109 / 162 下载 TSV

上一页 109 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr01G004751 Chr01 NC_080387.1:65687011-65687029promoter 内 3398-3416 bp - 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 65684443-65686426(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTGTTGCCATTTT
SmilChr01G005592 Chr01 NC_080387.1:72568570-72568588promoter 内 3363-3381 bp + 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72569208-72572399(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTACTTTCGACTA
SmilChr03G002183 Chr03 NC_080389.1:33935469-33935487promoter 内 3270-3288 bp - 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 33936200-33938043(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGCTCATAGTAAGTCAAAG
SmilChr01G000846 Chr01 NC_080387.1:18314564-18314582promoter 内 3237-3255 bp - 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 18312378-18313818(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTAGGCTAGTACA
SmilChr04G002864 Chr04 NC_080390.1:44751882-44751900promoter 内 3178-3196 bp + 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 44752705-44755034(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTACTTAAATTAT
SmilChr06G003027 Chr06 NC_080392.1:43103956-43103974promoter 内 3168-3186 bp - 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43104789-43113473(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTGGCGTCGATAGTCAACA
SmilChr01G004641 Chr01 NC_080387.1:64447522-64447540promoter 内 3162-3180 bp + 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 64448361-64453072(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTGTATTATTTC
SmilChr02G003963 Chr02 NC_080388.1:61787674-61787692promoter 内 3157-3175 bp - 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61785679-61786848(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTTCTTTTTGAT
SmilChr04G001055 Chr04 NC_080390.1:15019789-15019807promoter 内 3060-3078 bp + 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15020730-15023338(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTACTATGAGCA
SmilChr06G000619 Chr06 NC_080392.1:5410236-5410254promoter 内 3059-3077 bp - 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5403941-5409312(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTGTTGGAGAACA
SmilChr02G002279 Chr02 NC_080388.1:40282107-40282125promoter 内 3045-3063 bp + 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40280312-40281169(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACGCCCCAACAAGTCAACT
SmilChr05G003685 Chr05 NC_080391.1:49971464-49971482promoter 内 3038-3056 bp - 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49972427-49973944(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGCGGTGCACTAGTCAACC
SmilChr08G003344 Chr08 NC_080394.1:34790217-34790235promoter 内 2967-2985 bp + 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34788368-34789201(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACGCCCCAACAAGTCAACT
SmilChr06G002261 Chr06 NC_080392.1:32069827-32069845promoter 内 2929-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32070899-32073382(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTACTATGAGCA
SmilChr07G003663 Chr07 NC_080393.1:43809256-43809274promoter 内 2908-2926 bp - 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43805884-43808181(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTACTATGAGCA
SmilChr07G003918 Chr07 NC_080393.1:49464637-49464655promoter 内 2846-2864 bp - 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49460715-49463500(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTCGTTCAATAA
SmilChr06G000097 Chr06 NC_080392.1:699528-699546promoter 内 2834-2852 bp - 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 700695-703432(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTGCAAGTTAGAGTCAACT
SmilChr08G001066 Chr08 NC_080394.1:8230383-8230401promoter 内 2814-2832 bp - 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 8227790-8229214(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTGTTGGACCGC
SmilChr03G000693 Chr03 NC_080389.1:7737258-7737276promoter 内 2786-2804 bp + 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7738473-7743080(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTAGTGCACCGCG
SmilChr08G002191 Chr08 NC_080394.1:19789453-19789471promoter 内 2757-2775 bp - 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 19787523-19788227(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTCTGGCACTTAG
SmilChr04G001896 Chr04 NC_080390.1:30982364-30982382promoter 内 2753-2771 bp - 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30980469-30981134(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTATTCTTATTG
SmilChr03G002655 Chr03 NC_080389.1:42199479-42199497promoter 内 2737-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 42200743-42202087(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTGAAGCTAACGG
SmilChr01G005910 Chr01 NC_080387.1:74956308-74956326promoter 内 2717-2735 bp - 1266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74957592-74960514(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTAGTCATCCAAGTCAACC
SmilChr05G000631 Chr05 NC_080391.1:4763132-4763150promoter 内 2691-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4758784-4761840(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CATAAACATAGAGTCAACG
SmilChr01G002187 Chr01 NC_080387.1:37992781-37992799promoter 内 2674-2692 bp - 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 37994108-37997497(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCTGCTCGGTCGGTCAACG
SmilChr01G003990 Chr01 NC_080387.1:58324844-58324862promoter 内 2673-2691 bp - 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58320695-58323534(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTCGAATTTGAC
SmilChr01G004041 Chr01 NC_080387.1:58822264-58822282promoter 内 2643-2661 bp + 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58823622-58827516(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTAAGATTGTTGA
SmilChr01G001493 Chr01 NC_080387.1:28735445-28735463promoter 内 2625-2643 bp + 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 28736821-28737817(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTATCAGGATTTG
SmilChr02G005322 Chr02 NC_080388.1:74107674-74107692promoter 内 2618-2636 bp - 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74109057-74110040(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTTGACTCCAGTCAACC
SmilChr02G002547 Chr02 NC_080388.1:44321270-44321288promoter 内 2579-2597 bp - 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 44322692-44324379(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CAATAAAAAAAAGTCAACA
SmilChr07G004083 Chr07 NC_080393.1:52334439-52334457promoter 内 2564-2582 bp + 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 52335876-52338498(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTAGGTTTTCGTA
SmilChr02G002997 Chr02 NC_080388.1:50658700-50658718promoter 内 2563-2581 bp - 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50655176-50657280(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTGCCTTGATCAC
SmilChr06G003283 Chr06 NC_080392.1:45375007-45375025promoter 内 2532-2550 bp + 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45376476-45379542(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTTTCCTAGTAA
SmilChr07G003080 Chr07 NC_080393.1:32442073-32442091promoter 内 2525-2543 bp + 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32437804-32440615(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTACCGAAAAAAGTCAAAG
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