转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003745; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 XP_057809144.1 MP00416 TGTAGTAG

可能结合的靶基因

9716 个结合位点 6433 个候选靶基因 第 110 / 129 下载 TSV

上一页 110 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002020 Chr02 NC_080388.1:36429530-36429537promoter 内 3979-3986 bp + 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 36426847-36429515(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr02G005169 Chr02 NC_080388.1:73016793-73016800promoter 内 3979-3986 bp - 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 73013770-73016778(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAT
SmilChr03G000377 Chr03 NC_080389.1:4207324-4207331promoter 内 3975-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4206521-4207305(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr01G000789 Chr01 NC_080387.1:17177065-17177072promoter 内 3973-3980 bp + 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 17175442-17177044(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr02G003131 Chr02 NC_080388.1:52340182-52340189promoter 内 3970-3977 bp + 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 52337056-52340158(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr02G005125 Chr02 NC_080388.1:72714846-72714853promoter 内 3968-3975 bp + 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 72714879-72730812(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAT
SmilChr01G001592 Chr01 NC_080387.1:29998768-29998775promoter 内 3965-3972 bp - 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 29998804-30004658(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr02G001665 Chr02 NC_080388.1:30920123-30920130promoter 内 3965-3972 bp - 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 30916630-30920094(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAT
SmilChr03G000438 Chr03 NC_080389.1:4728423-4728430promoter 内 3964-3971 bp - 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4726876-4728393(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAT
SmilChr01G005764 Chr01 NC_080387.1:73745954-73745961promoter 内 3963-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 73742587-73745923(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAT
SmilChr01G002392 Chr01 NC_080387.1:41201681-41201688promoter 内 3958-3965 bp - 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 41201724-41202541(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr02G004233 Chr02 NC_080388.1:64512584-64512591promoter 内 3955-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 64511125-64512545(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr02G005056 Chr02 NC_080388.1:72268814-72268821promoter 内 3947-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 72268868-72276167(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAT
SmilChr01G004348 Chr01 NC_080387.1:61644247-61644254promoter 内 3946-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 61644302-61653705(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr01G004148 Chr01 NC_080387.1:60015106-60015113promoter 内 3943-3950 bp - 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 60012863-60015055(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAT
SmilChr02G004349 Chr02 NC_080388.1:65757734-65757741promoter 内 3938-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 65757797-65760619(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr01G004099 Chr01 NC_080387.1:59454058-59454065promoter 内 3937-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 59454122-59456655(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr01G005595 Chr01 NC_080387.1:72578082-72578089promoter 内 3933-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 72575232-72578021(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAT
SmilChr02G005188 Chr02 NC_080388.1:73187270-73187277promoter 内 3926-3933 bp - 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 73184495-73187202(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAT
SmilChr02G003055 Chr02 NC_080388.1:51332052-51332059promoter 内 3925-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 51332128-51335182(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr02G003513 Chr02 NC_080388.1:56323989-56323996promoter 内 3925-3932 bp + 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 56324065-56326253(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAT
SmilChr02G005018 Chr02 NC_080388.1:71957583-71957590promoter 内 3925-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 71955985-71957514(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAT
SmilChr03G000221 Chr03 NC_080389.1:2587828-2587835promoter 内 3923-3930 bp + 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 2585687-2587757(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr01G002502 Chr01 NC_080387.1:42878223-42878230promoter 内 3919-3926 bp + 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 42878305-42884957(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAT
SmilChr01G003135 Chr01 NC_080387.1:50156231-50156238promoter 内 3918-3925 bp - 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 50156314-50158439(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr02G003564 Chr02 NC_080388.1:56816023-56816030promoter 内 3914-3921 bp + 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 56816110-56818288(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAT
SmilChr01G001358 Chr01 NC_080387.1:26845024-26845031promoter 内 3909-3916 bp + 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 26842068-26844939(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr01G001818 Chr01 NC_080387.1:33100426-33100433promoter 内 3908-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 33100189-33100340(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr03G000599 Chr03 NC_080389.1:6651170-6651177promoter 内 3908-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 6647610-6651084(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr02G000923 Chr02 NC_080388.1:16068613-16068620promoter 内 3907-3914 bp - 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 16067831-16068526(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAT
SmilChr01G000054 Chr01 NC_080387.1:851175-851182promoter 内 3905-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 851271-853373(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr01G002039 Chr01 NC_080387.1:36053192-36053199promoter 内 3904-3911 bp - 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 36053289-36056257(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr02G004760 Chr02 NC_080388.1:69791982-69791989promoter 内 3904-3911 bp + 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 69792079-69794247(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAT
SmilChr03G000102 Chr03 NC_080389.1:1136478-1136485promoter 内 3901-3908 bp - 93 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 1136578-1142278(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr02G005523 Chr02 NC_080388.1:75313372-75313379promoter 内 3900-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 75309256-75313278(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr02G003370 Chr02 NC_080388.1:54826804-54826811promoter 内 3899-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54826906-54827685(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
SmilChr01G002988 Chr01 NC_080387.1:48816617-48816624promoter 内 3898-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 48814174-48816521(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 ATACTACA
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