转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 110 / 160 下载 TSV

上一页 110 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003932 Chr05 NC_080391.1:53084041-53084051promoter 内 1772-1782 bp + 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 53086270-53087226(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAAGG
SmilChr02G000093 Chr02 NC_080388.1:1220667-1220677promoter 内 1755-1765 bp + 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1215198-1218431(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AATATACGTGT
SmilChr02G005444 Chr02 NC_080388.1:74815668-74815678promoter 内 1747-1757 bp - 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 74817922-74820746(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GTGTTACGTCT
SmilChr02G000125 Chr02 NC_080388.1:1702984-1702994promoter 内 1699-1709 bp - 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1705286-1708522(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AATATACGTGT
SmilChr01G002830 Chr01 NC_080387.1:46905778-46905788promoter 内 1386-1396 bp - 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 46901493-46903173(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGACGTAACAC
SmilChr04G001475 Chr04 NC_080390.1:24202783-24202793promoter 内 1212-1222 bp + 2779 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 24198554-24200004(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GTCTTACGTGT
SmilChr03G003602 Chr03 NC_080389.1:54657391-54657401promoter 内 1182-1192 bp + 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54660210-54662829(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATATT
SmilChr03G002291 Chr03 NC_080389.1:36109472-36109482promoter 内 1155-1165 bp + 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 36099850-36106636(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AATATACGTGT
SmilChr03G004446 Chr03 NC_080389.1:62601317-62601327promoter 内 987-997 bp + 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 62594368-62598313(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCTTTACGTGT
SmilChr01G004049 Chr01 NC_080387.1:58943569-58943579promoter 内 981-991 bp + 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 58927254-58940559(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCTTTACGTGT
SmilChr01G005728 Chr01 NC_080387.1:73425134-73425144promoter 内 892-902 bp + 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 73419687-73422035(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AATATACGTGT
SmilChr04G003440 Chr04 NC_080390.1:50926529-50926539promoter 内 875-885 bp + 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 50929655-50931651(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATATT
SmilChr04G000664 Chr04 NC_080390.1:7505740-7505750promoter 内 812-822 bp + 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 7500051-7502561(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AATATACGTGT
SmilChr03G003961 Chr03 NC_080389.1:58659253-58659263promoter 内 755-765 bp + 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 58652800-58656017(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AATATACGTGT
SmilChr04G000529 Chr04 NC_080390.1:5828282-5828292promoter 内 703-713 bp - 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5823880-5824994(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAGAC
SmilChr05G001533 Chr05 NC_080391.1:14036865-14036875promoter 内 656-666 bp + 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14030625-14033530(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AATATACGTGT
SmilChr01G002147 Chr01 NC_080387.1:37466040-37466050promoter 内 632-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 37456800-37462681(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATATT
SmilChr02G004243 Chr02 NC_080388.1:64625189-64625199promoter 内 615-625 bp + 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64620564-64621813(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AATATACGTGT
SmilChr02G003448 Chr02 NC_080388.1:55728880-55728890promoter 内 579-589 bp + 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 55722680-55725468(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAGTTACGTCG
SmilChr04G001614 Chr04 NC_080390.1:26890312-26890322promoter 内 579-589 bp - 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 26862887-26886900(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAGAC
SmilChr05G002610 Chr05 NC_080391.1:29355255-29355265promoter 内 559-569 bp + 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 29358697-29365128(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAAGG
SmilChr04G001075 Chr04 NC_080390.1:15431439-15431449promoter 内 523-533 bp - 3468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 15426527-15427971(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATATT
SmilChr04G001047 Chr04 NC_080390.1:14902319-14902329promoter 内 420-430 bp + 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14905900-14907100(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAGAC
SmilChr04G004058 Chr04 NC_080390.1:55737779-55737789promoter 内 388-398 bp + 3603 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 55731732-55734176(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AATATACGTGT
SmilChr01G003136 Chr01 NC_080387.1:50155764-50155774promoter 内 292-302 bp - 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 50159473-50160376(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCTTTACGTGT
SmilChr04G002974 Chr04 NC_080390.1:46107646-46107656promoter 内 213-223 bp - 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 46102961-46103868(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATATT
SmilChr02G005172 Chr02 NC_080388.1:73024053-73024063promoter 内 211-221 bp - 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 73027843-73038259(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GTCTTACGTGT
SmilChr02G005138 Chr02 NC_080388.1:72819567-72819577promoter 内 145-155 bp - 3846 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 72811791-72815721(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CGACGTAACTC
SmilChr04G002870 Chr04 NC_080390.1:44831544-44831554promoter 内 78-88 bp - 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 44827411-44827631(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATATT
SmilChr05G000660 Chr05 NC_080391.1:4975351-4975361promoter 内 3476-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 6 4974179-4974836(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTGATACGTGT
SmilChr01G001102 Chr01 NC_080387.1:22546862-22546872promoter 内 1406-1416 bp + 2585 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 22549457-22555678(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATCAA
SmilChr03G004186 Chr03 NC_080389.1:60561285-60561295promoter 内 1042-1052 bp - 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 60555913-60558336(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAATAG
SmilChr03G004049 Chr03 NC_080389.1:59462118-59462128promoter 内 3894-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 59462225-59464669(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCGTTACGTCA
SmilChr03G002598 Chr03 NC_080389.1:41280094-41280104promoter 内 3797-3807 bp - 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 41280298-41281218(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATGTTACGTAC
SmilChr04G000968 Chr04 NC_080390.1:12974286-12974296promoter 内 3404-3414 bp - 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 12974883-12978450(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATATTACGTGA
SmilChr02G005189 Chr02 NC_080388.1:73196854-73196864promoter 内 3376-3386 bp - 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 73189492-73196239(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAATAT
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