转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001365; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010780-RA_Salv SmilChr06G001365 SBP XP_057768799.1 MP00307 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9755 个结合位点 6893 个候选靶基因 第 112 / 138 下载 TSV

上一页 112 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003709 Chr02 NC_080388.1:58647436-58647446promoter 内 2896-2906 bp - 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 58648541-58658191(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTGAGTACAAT
SmilChr02G003337 Chr02 NC_080388.1:54600960-54600970promoter 内 2894-2904 bp + 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 54602067-54605264(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTAGT
SmilChr02G002851 Chr02 NC_080388.1:48679184-48679194promoter 内 2834-2844 bp - 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 48680351-48684323(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GAGCGTACAAA
SmilChr01G004147 Chr01 NC_080387.1:59994898-59994908promoter 内 2824-2834 bp - 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 59990548-59993731(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAC
SmilChr02G005255 Chr02 NC_080388.1:73664507-73664517promoter 内 2823-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 73663258-73663339(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTGAGTACAAT
SmilChr01G002840 Chr01 NC_080387.1:46979690-46979700promoter 内 2787-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 46980904-46983021(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGCAG
SmilChr01G000755 Chr01 NC_080387.1:16622034-16622044promoter 内 2644-2654 bp + 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 16623391-16625864(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAC
SmilChr02G002438 Chr02 NC_080388.1:42582887-42582897promoter 内 2634-2644 bp + 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 42584254-42587485(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAC
SmilChr02G000636 Chr02 NC_080388.1:9617667-9617677promoter 内 2630-2640 bp + 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 9619038-9620598(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTAGT
SmilChr03G000099 Chr03 NC_080389.1:1102980-1102990promoter 内 2621-2631 bp - 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 1100440-1101610(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAC
SmilChr03G000934 Chr03 NC_080389.1:10650208-10650218promoter 内 2580-2590 bp + 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 10647369-10648797(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACTTT
SmilChr02G005285 Chr02 NC_080388.1:73886544-73886554promoter 内 2538-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 73883321-73885091(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ACGCGTACAAT
SmilChr02G004697 Chr02 NC_080388.1:69295045-69295055promoter 内 2531-2541 bp + 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 69296515-69298752(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAC
SmilChr01G000799 Chr01 NC_080387.1:17282511-17282521promoter 内 2487-2497 bp - 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 17278698-17281007(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAC
SmilChr01G005449 Chr01 NC_080387.1:71557576-71557586promoter 内 2479-2489 bp - 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 71559098-71562935(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ACTAGTACAAT
SmilChr01G004887 Chr01 NC_080387.1:66931352-66931362promoter 内 2455-2465 bp - 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 66932898-66933727(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ACTAGTACAAT
SmilChr02G001731 Chr02 NC_080388.1:31801485-31801495promoter 内 2411-2421 bp + 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 31799366-31799905(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTGAGTACAAT
SmilChr02G004820 Chr02 NC_080388.1:70317081-70317091promoter 内 2401-2411 bp + 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 70318681-70323365(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGCAG
SmilChr02G003952 Chr02 NC_080388.1:61684117-61684127promoter 内 2394-2404 bp + 1597 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 61681594-61682520(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ACTAGTACAAT
SmilChr02G002632 Chr02 NC_080388.1:45699078-45699088promoter 内 2381-2391 bp - 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 45697397-45697468(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTAAG
SmilChr01G002874 Chr01 NC_080387.1:47337085-47337095promoter 内 2288-2298 bp - 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 47334007-47335382(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGCAG
SmilChr01G005566 Chr01 NC_080387.1:72458913-72458923promoter 内 2269-2279 bp + 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 72451656-72457191(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ACTAGTACAAT
SmilChr03G003645 Chr03 NC_080389.1:55127262-55127272promoter 内 2254-2264 bp - 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 55124810-55125525(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGCAG
SmilChr01G002440 Chr01 NC_080387.1:41971998-41972008promoter 内 2249-2259 bp - 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 41968603-41970256(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTTGTACGCAA
SmilChr02G000664 Chr02 NC_080388.1:10209219-10209229promoter 内 2230-2240 bp + 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 10205962-10207458(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GAAGGTACAAT
SmilChr02G003925 Chr02 NC_080388.1:61327792-61327802promoter 内 2227-2237 bp + 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 61329566-61330255(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGCAG
SmilChr02G003093 Chr02 NC_080388.1:51794193-51794203promoter 内 2196-2206 bp - 1795 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 51789092-51792398(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTAGT
SmilChr02G002488 Chr02 NC_080388.1:43298011-43298021promoter 内 2193-2203 bp - 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 43299819-43300526(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTGCGTACAAT
SmilChr01G005044 Chr01 NC_080387.1:68376140-68376150promoter 内 2189-2199 bp + 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 68372151-68374338(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTAGTACAAT
SmilChr02G004582 Chr02 NC_080388.1:68302851-68302861promoter 内 2165-2175 bp - 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 68304687-68310878(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GAAGGTACAAT
SmilChr01G004051 Chr01 NC_080387.1:58965794-58965804promoter 内 2147-2157 bp - 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 58956726-58963950(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTTC
SmilChr02G003510 Chr02 NC_080388.1:56304646-56304656promoter 内 2124-2134 bp + 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 56306523-56307767(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGCAG
SmilChr02G005085 Chr02 NC_080388.1:72477881-72477891promoter 内 2094-2104 bp - 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 72474431-72475984(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGCAG
SmilChr02G002992 Chr02 NC_080388.1:50590879-50590889promoter 内 2051-2061 bp - 1940 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 50592829-50601363(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTGCGTACAAT
SmilChr03G002679 Chr03 NC_080389.1:42582741-42582751promoter 内 2028-2038 bp - 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 42584714-42588608(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ACTAGTACAAT
SmilChr01G003805 Chr01 NC_080387.1:56426091-56426101promoter 内 2013-2023 bp - 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 56428079-56443511(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ACTAGTACAAT
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