转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 115 / 167 下载 TSV

上一页 115 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000513 Chr04 NC_080390.1:5639022-5639042promoter 内 353-373 bp + 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 5634144-5635394(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTGATCTTATCCATTTTGAG
SmilChr03G002986 Chr03 NC_080389.1:46690921-46690941promoter 内 316-336 bp - 3665 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 46684796-46687256(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAGAATTGGATAATAGTCTT
SmilChr03G001433 Chr03 NC_080389.1:17022690-17022710promoter 内 314-334 bp + 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 17015322-17019023(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACACCCCTTATCTATATCTTG
SmilChr05G001326 Chr05 NC_080391.1:11442468-11442488promoter 内 312-332 bp - 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 11446157-11452769(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGCTCTTTATCCATGTCTTG
SmilChr07G000487 Chr07 NC_080393.1:3412778-3412798promoter 内 312-332 bp - 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 3403858-3409109(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCGGTCATGGATAATCATGGT
SmilChr08G000849 Chr08 NC_080394.1:6301619-6301639promoter 内 237-257 bp + 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6289574-6297875(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTATATTTATCCATTAAAAT
SmilChr01G002831 Chr01 NC_080387.1:46923274-46923294promoter 内 230-250 bp - 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 46909817-46919523(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATATCTGTGGATAAGAAAAGG
SmilChr08G001774 Chr08 NC_080394.1:14960352-14960372promoter 内 230-250 bp + 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 14964123-14971700(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGATTTACGGATAAGGTAAAA
SmilChr06G002003 Chr06 NC_080392.1:25688690-25688710promoter 内 187-207 bp + 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 25692504-25696247(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAGAACAAGATAAGGACTTT
SmilChr01G002820 Chr01 NC_080387.1:46756536-46756556promoter 内 164-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 46760373-46763928(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAAGTCTTATCCATTACTCA
SmilChr05G001558 Chr05 NC_080391.1:14284073-14284093promoter 内 159-179 bp - 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 14287915-14288623(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCAGCCATATCCAATATAAT
SmilChr03G004190 Chr03 NC_080389.1:60580770-60580790promoter 内 137-157 bp - 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 60573544-60576926(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATGAAAGGATAAGTTTTTA
SmilChr01G003961 Chr01 NC_080387.1:57999108-57999128promoter 内 136-156 bp - 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58002973-58005486(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTATATTTATCCATTAAAAT
SmilChr07G000595 Chr07 NC_080393.1:4070091-4070111promoter 内 132-152 bp + 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4060608-4066242(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATATTATTATCTGATTTTTT
SmilChr01G004754 Chr01 NC_080387.1:65739952-65739972promoter 内 116-136 bp - 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 65743837-65744217(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGATCTTTATCCAATCGCAC
SmilChr03G001766 Chr03 NC_080389.1:24100685-24100705promoter 内 106-126 bp + 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24094906-24096810(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATGTCATTATCCACTTCGTA
SmilChr01G004086 Chr01 NC_080387.1:59265816-59265836promoter 内 93-113 bp - 3888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59269724-59273514(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTATCCTCATCCGTAATACT
SmilChr05G001998 Chr05 NC_080391.1:20698539-20698559promoter 内 65-85 bp - 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 20702475-20703268(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAAGTCTTATCCACTCCACC
SmilChr02G004475 Chr02 NC_080388.1:67143475-67143495promoter 内 59-79 bp + 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 67139480-67139553(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTACCTTTATCCATATCAAT
SmilChr01G002895 Chr01 NC_080387.1:47650288-47650308promoter 内 47-67 bp - 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 47654242-47656712(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATATTTTTATCCATTTTCCA
SmilChr01G005731 Chr01 NC_080387.1:73443075-73443095promoter 内 30-50 bp + 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 73447046-73458878(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCAATTTTGGATAATAATATT
SmilChr07G003993 Chr07 NC_080393.1:50993789-50993809promoter 内 1898-1918 bp - 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 3 50988470-50991706(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAGAAATGGATAAAGAGTAT
SmilChr07G000728 Chr07 NC_080393.1:5070712-5070732promoter 内 224-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 3 5063637-5066955(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAATAAAAAGATAAGGTGACA
SmilChr06G000901 Chr06 NC_080392.1:8498034-8498054promoter 内 3931-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 8495709-8497984(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCCCCCTTATCCTGTGTCCA
SmilChr06G000909 Chr06 NC_080392.1:8569981-8570001promoter 内 3925-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 8570057-8571914(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCCCCCTTATCCTGTGTCCA
SmilChr07G003826 Chr07 NC_080393.1:47295001-47295021promoter 内 3469-3489 bp + 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 47292482-47294489(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCATGTTCATCCAATTTTAC
SmilChr08G000851 Chr08 NC_080394.1:6306060-6306080promoter 内 3407-3427 bp + 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 6306654-6310947(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGTATTTTGGATAAGATGTGA
SmilChr06G000175 Chr06 NC_080392.1:1213568-1213588promoter 内 3359-3379 bp + 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 1209620-1212946(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAATTATTATCCACTCATTA
SmilChr08G001874 Chr08 NC_080394.1:16217091-16217111promoter 内 3263-3283 bp + 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 16217829-16218621(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTGTACCAGATAAGGTTCAT
SmilChr02G000264 Chr02 NC_080388.1:3421652-3421672promoter 内 3027-3047 bp - 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 3422626-3423363(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACTGCGCTTATCCTCTGCCTG
SmilChr02G001493 Chr02 NC_080388.1:27881858-27881878promoter 内 2636-2656 bp + 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 27883223-27885551(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTTAAATGGATAATGTTCAA
SmilChr03G002278 Chr03 NC_080389.1:35962465-35962485promoter 内 2309-2329 bp + 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 35964157-35965836(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACTTAAATGGATAATGTTCAT
SmilChr04G001706 Chr04 NC_080390.1:28197238-28197258promoter 内 1858-1878 bp - 2123 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 28199381-28202166(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATACATCTTATCCTTTCTAGG
SmilChr03G000502 Chr03 NC_080389.1:5398454-5398474promoter 内 1744-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 5400711-5403219(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCTATCTTATCCTTTGCCCC
SmilChr02G004663 Chr02 NC_080388.1:69021965-69021985promoter 内 1693-1713 bp - 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 69016892-69019677(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATTAATAGATAAGGAATGT
SmilChr06G000176 Chr06 NC_080392.1:1213568-1213588promoter 内 1594-1614 bp + 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 1215975-1217718(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAATGAGTGGATAATAATTAA
SmilChr02G000939 Chr02 NC_080388.1:16384327-16384347promoter 内 1581-1601 bp - 2400 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 16378949-16381927(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAGAAATGGATAAAGAGTAT
SmilChr03G000964 Chr03 NC_080389.1:10868508-10868528promoter 内 1550-1570 bp + 2431 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 10870959-10873841(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAGAAATGGATAAAGAGTAT
SmilChr06G000900 Chr06 NC_080392.1:8498034-8498054promoter 内 1516-1536 bp + 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 8491170-8495569(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCCCCCTTATCCTGTGTCCA
SmilChr03G000965 Chr03 NC_080389.1:10878257-10878277promoter 内 1512-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 10880746-10883586(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAGAAATGGATAAAGAGTAT
SmilChr05G002717 Chr05 NC_080391.1:31285645-31285665promoter 内 1314-1334 bp - 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 31288332-31295348(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCCCGCTCATCCAATTCGGT
SmilChr08G000457 Chr08 NC_080394.1:3277902-3277922promoter 内 1100-1120 bp + 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 3280803-3282738(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACGTTTTGGATAATACGAAT
SmilChr07G002778 Chr07 NC_080393.1:27662942-27662962promoter 内 759-779 bp - 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 27666184-27667745(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAATCTTTATCCAAAAACCC
SmilChr04G003136 Chr04 NC_080390.1:47957445-47957465promoter 内 472-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 47951279-47953936(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATCTCCTTATCTGCTGTGCT
SmilChr08G000093 Chr08 NC_080394.1:567287-567307promoter 内 205-225 bp - 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 571083-573394(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTATTCCTTATCTTTACTAGT
SmilChr02G003301 Chr02 NC_080388.1:54290647-54290667promoter 内 3945-3965 bp - 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54286934-54290611(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTTTTTTGGATAATCATCAG
SmilChr01G000739 Chr01 NC_080387.1:16373562-16373582promoter 内 3899-3919 bp - 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16373664-16393722(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTTTATTTATCCATATTATT
SmilChr01G001535 Chr01 NC_080387.1:29379519-29379539promoter 内 3893-3913 bp - 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 29378010-29379431(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAAATTGGATGAGCGTCGT
SmilChr02G004683 Chr02 NC_080388.1:69142023-69142043promoter 内 3863-3883 bp - 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 69142161-69146624(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATTTGTTTATCCATAATTTT
SmilChr06G002989 Chr06 NC_080392.1:42707404-42707424promoter 内 3839-3859 bp + 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 42707566-42709698(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAGTTTGGATATTGAAGAG