转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 117 / 129 下载 TSV

上一页 117 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005612 Chr01 NC_080387.1:72655143-72655150promoter 内 2963-2970 bp + 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 72656181-72657800(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G002321 Chr02 NC_080388.1:40881664-40881671promoter 内 2962-2969 bp - 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 40878014-40880632(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G004667 Chr02 NC_080388.1:69040893-69040900promoter 内 2960-2967 bp - 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 69038716-69039859(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G005242 Chr01 NC_080387.1:69958306-69958313promoter 内 2952-2959 bp - 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 69959355-69959968(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G000176 Chr01 NC_080387.1:2895623-2895630promoter 内 2951-2958 bp - 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 2896673-2900364(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G004376 Chr02 NC_080388.1:66120864-66120871promoter 内 2945-2952 bp + 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 66117266-66119815(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G000646 Chr01 NC_080387.1:14445489-14445496promoter 内 2940-2947 bp - 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 14446550-14447300(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G005386 Chr02 NC_080388.1:74515545-74515552promoter 内 2934-2941 bp + 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 74512208-74514485(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G004887 Chr01 NC_080387.1:66931827-66931834promoter 内 2930-2937 bp + 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 66932898-66933727(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G002990 Chr01 NC_080387.1:48827711-48827718promoter 内 2927-2934 bp - 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 48823379-48826644(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G001979 Chr02 NC_080388.1:35731412-35731419promoter 内 2927-2934 bp + 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 35732486-35733390(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G002642 Chr02 NC_080388.1:45829752-45829759promoter 内 2927-2934 bp + 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 45826543-45828685(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G005195 Chr01 NC_080387.1:69634942-69634949promoter 内 2926-2933 bp - 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 69636017-69645047(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G003580 Chr01 NC_080387.1:54374989-54374996promoter 内 2922-2929 bp + 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 54376068-54381774(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G001301 Chr01 NC_080387.1:25923623-25923630promoter 内 2904-2911 bp + 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 25924720-25928691(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G002848 Chr02 NC_080388.1:48657093-48657100promoter 内 2894-2901 bp + 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 48658200-48662685(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G001504 Chr02 NC_080388.1:28087938-28087945promoter 内 2893-2900 bp - 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 28086127-28086837(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G004535 Chr02 NC_080388.1:67908511-67908518promoter 内 2893-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 67909619-67911240(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G004098 Chr02 NC_080388.1:63294462-63294469promoter 内 2887-2894 bp + 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 63295576-63297600(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G001911 Chr01 NC_080387.1:34259923-34259930promoter 内 2885-2892 bp - 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 34261039-34264431(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G002086 Chr01 NC_080387.1:36848103-36848110promoter 内 2878-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 36845998-36846987(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G002074 Chr01 NC_080387.1:36657350-36657357promoter 内 2875-2882 bp - 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 36658476-36659473(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G003381 Chr01 NC_080387.1:52507784-52507791promoter 内 2872-2879 bp - 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 52505069-52506662(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G005675 Chr01 NC_080387.1:73025147-73025154promoter 内 2868-2875 bp + 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 73026280-73029333(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G005857 Chr01 NC_080387.1:74507853-74507860promoter 内 2865-2872 bp + 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 74497938-74506724(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G002201 Chr02 NC_080388.1:39236162-39236169promoter 内 2844-2851 bp + 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 39230773-39235012(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G003797 Chr01 NC_080387.1:56356339-56356346promoter 内 2843-2850 bp + 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 56350245-56355188(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G000775 Chr02 NC_080388.1:12724648-12724655promoter 内 2836-2843 bp + 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 12722107-12723490(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G003411 Chr02 NC_080388.1:55273737-55273744promoter 内 2831-2838 bp - 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 55274907-55280014(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G001257 Chr01 NC_080387.1:25234665-25234672promoter 内 2823-2830 bp - 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 25230481-25233494(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G003621 Chr02 NC_080388.1:57522349-57522356promoter 内 2820-2827 bp + 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 57523530-57524994(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G005867 Chr01 NC_080387.1:74612586-74612593promoter 内 2819-2826 bp + 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 74613768-74614675(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G004437 Chr01 NC_080387.1:62462502-62462509promoter 内 2818-2825 bp - 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 62463685-62465291(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G002689 Chr02 NC_080388.1:46561700-46561707promoter 内 2818-2825 bp + 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 46562883-46564539(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G000779 Chr02 NC_080388.1:12766459-12766466promoter 内 2811-2818 bp + 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 12764242-12765276(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
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