转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 117 / 121 下载 TSV

上一页 117 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000091 Chr02 NC_080388.1:1182285-1182299promoter 内 539-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1177467-1178837(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTATAGTT
SmilChr02G000219 Chr02 NC_080388.1:2849757-2849771promoter 内 530-544 bp - 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2853228-2855703(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTATTCTC
SmilChr02G003407 Chr02 NC_080388.1:55238584-55238598promoter 内 522-536 bp + 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55242063-55244988(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTGTAGATCTACT
SmilChr02G001393 Chr02 NC_080388.1:26463334-26463348promoter 内 518-532 bp - 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26466817-26470187(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTAACCCA
SmilChr05G000639 Chr05 NC_080391.1:4848974-4848988promoter 内 508-522 bp - 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4843855-4845495(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATATAGATCTTCT
SmilChr03G001800 Chr03 NC_080389.1:24616028-24616042promoter 内 501-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24610358-24612542(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAGTCTC
SmilChr01G003615 Chr01 NC_080387.1:54688565-54688579promoter 内 498-512 bp + 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54682165-54685076(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTAGATCTAATACT
SmilChr02G004235 Chr02 NC_080388.1:64543501-64543515promoter 内 447-461 bp + 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64536779-64539961(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAAGATCTAAATGA
SmilChr02G005123 Chr02 NC_080388.1:72700886-72700900promoter 内 433-447 bp - 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72704454-72705792(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCGGATCTAGCTAA
SmilChr01G004789 Chr01 NC_080387.1:66112038-66112052promoter 内 392-406 bp + 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66115647-66117585(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAAATTAGATCTCAC
SmilChr02G001144 Chr02 NC_080388.1:20779652-20779666promoter 内 342-356 bp + 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 20761415-20776007(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTATCAAC
SmilChr02G005437 Chr02 NC_080388.1:74786552-74786566promoter 内 333-347 bp + 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74777892-74782898(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATAGATCTAGACCA
SmilChr01G000846 Chr01 NC_080387.1:18317533-18317547promoter 内 272-286 bp - 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 18312378-18313818(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTAAGAGATCTGGT
SmilChr01G005286 Chr01 NC_080387.1:70215520-70215534promoter 内 236-250 bp - 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70219285-70220126(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCACGATT
SmilChr05G000822 Chr05 NC_080391.1:6462316-6462330promoter 内 222-236 bp - 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6455437-6458551(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATGACAGATCTGCA
SmilChr01G001309 Chr01 NC_080387.1:26048633-26048647promoter 内 220-234 bp + 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26042074-26044866(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGCTACG
SmilChr03G000130 Chr03 NC_080389.1:1423039-1423053promoter 内 218-232 bp - 3769 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1418005-1419270(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAAACTAGATCGGAT
SmilChr03G001747 Chr03 NC_080389.1:23655466-23655480promoter 内 198-212 bp - 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23659269-23660906(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAGTCTC
SmilChr05G001135 Chr05 NC_080391.1:9485962-9485976promoter 内 193-207 bp + 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9489770-9497238(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAATTAGATCTTGT
SmilChr01G001255 Chr01 NC_080387.1:25188697-25188711promoter 内 161-175 bp - 3826 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 25192537-25198619(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTAACTTA
SmilChr01G002909 Chr01 NC_080387.1:47798271-47798285promoter 内 160-174 bp - 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47802112-47805860(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGTATTT
SmilChr02G003480 Chr02 NC_080388.1:56077778-56077792promoter 内 148-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56081631-56081721(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTATAGTT
SmilChr02G005039 Chr02 NC_080388.1:72080425-72080439promoter 内 147-161 bp + 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72084279-72090658(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAGATAGATCTGTT
SmilChr02G004532 Chr02 NC_080388.1:67897386-67897400promoter 内 135-149 bp - 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67890055-67893534(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGACATAGATCTCAG
SmilChr04G000905 Chr04 NC_080390.1:11782555-11782569promoter 内 120-134 bp + 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11786436-11789208(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATCTTAGATCTCGG
SmilChr04G000721 Chr04 NC_080390.1:8471707-8471721promoter 内 57-71 bp + 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8461382-8467777(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCTTACT
SmilChr01G003351 Chr01 NC_080387.1:52268627-52268641promoter 内 53-67 bp + 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52261010-52264693(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAGATCTAATTTC
SmilChr02G002435 Chr02 NC_080388.1:42408402-42408416promoter 内 35-49 bp - 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42401551-42404450(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGCATAGATCTGGG
SmilChr01G000760 Chr01 NC_080387.1:16667010-16667024promoter 内 3765-3779 bp + 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 16667246-16673175(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGTTTAGATCTGTA
SmilChr03G003080 Chr03 NC_080389.1:47832512-47832526promoter 内 3592-3606 bp + 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 47829385-47832117(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAGATCTATATTC
SmilChr03G003081 Chr03 NC_080389.1:47832515-47832529promoter 内 2404-2418 bp - 1583 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 47834112-47842494(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAGATCTATATTC
SmilChr03G004245 Chr03 NC_080389.1:60961764-60961778promoter 内 2276-2290 bp + 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 60957313-60960053(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAGATCTATATTC
SmilChr04G000921 Chr04 NC_080390.1:12015126-12015140promoter 内 1512-1526 bp + 2475 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 12009710-12012651(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGGGATCTAGGGCT
SmilChr05G000083 Chr05 NC_080391.1:459499-459513promoter 内 865-879 bp - 3122 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 455079-456377(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACACTAGATCTACT
SmilChr03G004247 Chr03 NC_080389.1:60961767-60961781promoter 内 864-878 bp - 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 60964904-60965829(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAGATCTATATTC
SmilChr04G000862 Chr04 NC_080390.1:10923340-10923354promoter 内 3955-3969 bp + 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10923386-10925692(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCATCTAAATCTGAA
SmilChr02G001600 Chr02 NC_080388.1:29839255-29839269promoter 内 3953-3967 bp + 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29839303-29853545(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGGTGTAGATCTCGT
SmilChr01G003752 Chr01 NC_080387.1:55901387-55901401promoter 内 3929-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55901459-55906911(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTACTTAC
SmilChr03G002513 Chr03 NC_080389.1:39991650-39991664promoter 内 3929-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 39988747-39991592(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTAATTAGATCTTAA
SmilChr02G002035 Chr02 NC_080388.1:36632424-36632438promoter 内 3859-3873 bp - 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36631646-36632296(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAGCTAGATCTTGC
SmilChr03G004138 Chr03 NC_080389.1:60223852-60223866promoter 内 3846-3860 bp - 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60224007-60233480(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTGGATCTAGTCTT
SmilChr03G000680 Chr03 NC_080389.1:7591753-7591767promoter 内 3841-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7591913-7594348(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAATCAA
SmilChr01G001093 Chr01 NC_080387.1:22379556-22379570promoter 内 3834-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22379723-22397006(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTAATTAGATCTAAT
SmilChr04G001660 Chr04 NC_080390.1:27565066-27565080promoter 内 3791-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 27565276-27583680(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATACCGAATCTGAA
SmilChr03G001912 Chr03 NC_080389.1:26749371-26749385promoter 内 3732-3746 bp - 255 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26746183-26749116(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGGGAGATCTGAC
SmilChr03G000904 Chr03 NC_080389.1:10343445-10343459promoter 内 3716-3730 bp - 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10343730-10354110(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTATAATA
SmilChr03G003962 Chr03 NC_080389.1:58664069-58664083promoter 内 3623-3637 bp + 364 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58658477-58663705(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAAGATCTATAACT
SmilChr02G001630 Chr02 NC_080388.1:30259977-30259991promoter 内 3607-3621 bp - 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 30260371-30268091(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCATGCAC
SmilChr02G002801 Chr02 NC_080388.1:48098569-48098583promoter 内 3574-3588 bp + 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48097692-48098156(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATAGATCTACAACT
SmilChr02G001648 Chr02 NC_080388.1:30577526-30577540promoter 内 3558-3572 bp - 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 30577969-30585793(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCATGCAC