转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 121 / 142 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004303 Chr02 NC_080388.1:65418861-65418875promoter 内 3165-3179 bp + 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 65419697-65421066(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTTTATC
SmilChr08G001320 Chr08 NC_080394.1:10567195-10567209promoter 内 3145-3159 bp + 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10568051-10571521(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATACCTACCAAACA
SmilChr07G000937 Chr07 NC_080393.1:6692150-6692164promoter 内 3126-3140 bp - 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6687422-6691289(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAACGAAGT
SmilChr03G002843 Chr03 NC_080389.1:44974580-44974594promoter 内 3112-3126 bp + 875 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 44971882-44973705(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCAGAGTAGGTGGG
SmilChr05G004031 Chr05 NC_080391.1:54306899-54306913promoter 内 3102-3116 bp + 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54307798-54307992(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTCCCAACCACCAC
SmilChr06G000115 Chr06 NC_080392.1:809753-809767promoter 内 3100-3114 bp - 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 810654-813051(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATAAAGTAGGTGAG
SmilChr06G000753 Chr06 NC_080392.1:6983462-6983476promoter 内 3044-3058 bp - 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6980550-6982519(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACCTACCAAAAT
SmilChr05G000597 Chr05 NC_080391.1:4500096-4500110promoter 内 3031-3045 bp - 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4497631-4499140(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTAGGAT
SmilChr07G003462 Chr07 NC_080393.1:38648195-38648209promoter 内 3029-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 38649167-38652304(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGGTGTAGGTGGA
SmilChr02G001116 Chr02 NC_080388.1:20118261-20118275promoter 内 3027-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20114751-20117301(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATAAAGTAGGTGAG
SmilChr02G001393 Chr02 NC_080388.1:26465742-26465756promoter 内 2926-2940 bp - 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 26466817-26470187(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCATGGTTAGGTGGT
SmilChr03G002648 Chr03 NC_080389.1:42127535-42127549promoter 内 2898-2912 bp - 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 42122791-42126446(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACTTCACC
SmilChr06G000054 Chr06 NC_080392.1:435683-435697promoter 内 2871-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 436813-439893(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTTTATC
SmilChr05G004299 Chr05 NC_080391.1:56705214-56705228promoter 内 2852-2866 bp + 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56706363-56709795(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATAACTACCACATT
SmilChr04G000070 Chr04 NC_080390.1:633915-633929promoter 内 2811-2825 bp - 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 635105-640305(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTATT
SmilChr01G005777 Chr01 NC_080387.1:73882665-73882679promoter 内 2785-2799 bp + 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 73883881-73885272(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTTTATC
SmilChr06G001597 Chr06 NC_080392.1:17725319-17725333promoter 内 2745-2759 bp - 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 17717493-17724077(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCTGTCA
SmilChr02G004532 Chr02 NC_080388.1:67894804-67894818promoter 内 2717-2731 bp - 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 67890055-67893534(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACTTCACC
SmilChr01G000047 Chr01 NC_080387.1:744666-744680promoter 内 2666-2680 bp - 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 738650-743345(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCCTCA
SmilChr04G003770 Chr04 NC_080390.1:53916096-53916110promoter 内 2663-2677 bp + 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 53912308-53914772(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGCGGTTGGT
SmilChr05G000536 Chr05 NC_080391.1:4113670-4113684promoter 内 2590-2604 bp - 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4109259-4112273(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCTGTAA
SmilChr04G004114 Chr04 NC_080390.1:56053367-56053381promoter 内 2556-2570 bp - 1431 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56046703-56051936(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTAACCCTTT
SmilChr01G003024 Chr01 NC_080387.1:49298357-49298371promoter 内 2543-2557 bp + 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49291554-49296913(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAAAGGTAGGTGTC
SmilChr01G000042 Chr01 NC_080387.1:678563-678577promoter 内 2506-2520 bp - 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 675412-677082(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCCTCA
SmilChr03G002407 Chr03 NC_080389.1:38261268-38261282promoter 内 2476-2490 bp - 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 38262793-38265735(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGCTGGTATG
SmilChr01G002003 Chr01 NC_080387.1:35534403-35534417promoter 内 2463-2477 bp + 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 35530783-35532879(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTATT
SmilChr03G003899 Chr03 NC_080389.1:58090850-58090864promoter 内 2462-2476 bp + 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58086218-58089325(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTTAGTAGGTGAG
SmilChr03G002850 Chr03 NC_080389.1:45090992-45091006promoter 内 2422-2436 bp - 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45092571-45093170(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATAAAGTAGGTGAG
SmilChr01G004604 Chr01 NC_080387.1:64025102-64025116promoter 内 2385-2399 bp + 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 64020290-64023500(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAGTGGTAGTTAAT
SmilChr01G000579 Chr01 NC_080387.1:12149953-12149967promoter 内 2356-2370 bp - 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 12147216-12148322(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCTAC
SmilChr03G000246 Chr03 NC_080389.1:2921101-2921115promoter 内 2324-2338 bp + 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 2917171-2919438(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAGGAGTAGGTGGT
SmilChr03G000154 Chr03 NC_080389.1:1677780-1677794promoter 内 2318-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1679463-1682183(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAGGAGTAGGTGGT
SmilChr04G003908 Chr04 NC_080390.1:54828378-54828392promoter 内 2307-2321 bp - 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54830072-54830893(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTATT
SmilChr05G004032 Chr05 NC_080391.1:54306899-54306913promoter 内 2250-2264 bp + 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54308650-54308810(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTCCCAACCACCAC
SmilChr05G001298 Chr05 NC_080391.1:11204276-11204290promoter 内 2224-2238 bp + 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11198076-11202513(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACTAGGTAGGTATA
SmilChr08G000823 Chr08 NC_080394.1:6083381-6083395promoter 内 2221-2235 bp + 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6080587-6081615(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCATGGTAGGTGTC
SmilChr04G000078 Chr04 NC_080390.1:719749-719763promoter 内 2212-2226 bp + 1775 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 715016-717974(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGCTGTAGGTGGA
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SmilChr02G000057 Chr02 NC_080388.1:743632-743646promoter 内 2176-2190 bp + 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 745457-746379(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCTAC
SmilChr03G001610 Chr03 NC_080389.1:20494920-20494934promoter 内 2156-2170 bp - 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20492099-20493089(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCTAC
SmilChr04G003829 Chr04 NC_080390.1:54370349-54370363promoter 内 2152-2166 bp + 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54372198-54374170(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTATCT
SmilChr08G004701 Chr08 NC_080394.1:56442565-56442579promoter 内 2098-2112 bp + 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56439186-56440676(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATAAAGTAGGTGAG
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SmilChr03G000183 Chr03 NC_080389.1:1958613-1958627promoter 内 1943-1957 bp - 2044 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1946613-1956569(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATACCTACCTGTCC
SmilChr02G001408 Chr02 NC_080388.1:26711608-26711622promoter 内 1942-1956 bp - 2045 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 26713667-26715983(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTATT
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SmilChr01G005148 Chr01 NC_080387.1:69261188-69261202promoter 内 1909-1923 bp + 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 69257401-69259110(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTATT
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SmilChr04G000080 Chr04 NC_080390.1:719749-719763promoter 内 1729-1743 bp + 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 722021-725426(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACAGCCAT