转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G004480; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00029285-RA_Salv SmilChr07G004480 WRKY XP_057776222.1 MP00531 CTTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9784 个结合位点 6663 个候选靶基因 第 121 / 134 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000471 Chr01 NC_080387.1:9612211-9612223promoter 内 400-412 bp - 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 9606995-9608622(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTCCTT
SmilChr01G002977 Chr01 NC_080387.1:48719368-48719380promoter 内 349-361 bp + 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48714807-48715728(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAATAAGTCAATA
SmilChr01G005333 Chr01 NC_080387.1:70532447-70532459promoter 内 260-272 bp + 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 70536188-70538055(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TATTGACTTATTC
SmilChr02G003696 Chr02 NC_080388.1:58409655-58409667promoter 内 247-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 58413409-58416767(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTGTTTT
SmilChr01G006170 Chr01 NC_080387.1:77212731-77212743promoter 内 212-224 bp - 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 77205882-77208954(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TATTGACTTATTC
SmilChr01G005194 Chr01 NC_080387.1:69635745-69635757promoter 内 196-208 bp + 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 69627145-69631952(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TATGAAGTCAACC
SmilChr01G003412 Chr01 NC_080387.1:52776045-52776057promoter 内 193-205 bp - 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 52779853-52783945(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGAGAGGTCAAAG
SmilChr02G005053 Chr02 NC_080388.1:72235620-72235632promoter 内 134-146 bp + 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 72239487-72242550(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTATGACTTTTGG
SmilChr03G000421 Chr03 NC_080389.1:4563726-4563738promoter 内 115-127 bp + 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 4567612-4568583(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TATTGACTTATTC
SmilChr01G002859 Chr01 NC_080387.1:47168549-47168561promoter 内 103-115 bp + 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 47164582-47164663(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAATAAGTCAATA
SmilChr01G001325 Chr01 NC_080387.1:26323213-26323225promoter 内 78-90 bp + 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 26327136-26330135(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTATAA
SmilChr01G004459 Chr01 NC_080387.1:62705742-62705754promoter 内 51-63 bp + 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 62709692-62712192(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GATTGACTTCTGT
SmilChr03G000911 Chr03 NC_080389.1:10429155-10429167promoter 内 29-41 bp + 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 10433127-10435931(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTGTTTT
SmilChr01G000286 Chr01 NC_080387.1:5644124-5644136promoter 内 4-16 bp + 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 5636395-5640139(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGAGAGGTCAAAG
SmilChr02G001542 Chr02 NC_080388.1:28672930-28672942promoter 内 4-16 bp + 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 28676927-28682190(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGGTGACTTTTAT
SmilChr02G001636 Chr02 NC_080388.1:30356256-30356268promoter 内 2005-2017 bp - 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 4 30358252-30362714(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTGGAAGTCAAAA
SmilChr01G006119 Chr01 NC_080387.1:76717328-76717340promoter 内 2417-2429 bp - 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 76718912-76777689(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTAAGTCAAAG
SmilChr03G000486 Chr03 NC_080389.1:5189382-5189394promoter 内 2367-2379 bp + 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 5180191-5187760(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TGGAGAGTCAAAG
SmilChr02G001658 Chr02 NC_080388.1:30770357-30770369promoter 内 1991-2003 bp - 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 30772367-30780224(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTGGAAGTCAAAA
SmilChr02G005326 Chr02 NC_080388.1:74123297-74123309promoter 内 1991-2003 bp - 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 74118531-74121299(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTTTGACTGTTTG
SmilChr02G000578 Chr02 NC_080388.1:8323025-8323037promoter 内 1666-1678 bp - 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 8318475-8320702(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACCTTAGG
SmilChr01G004775 Chr01 NC_080387.1:65937933-65937945promoter 内 1533-1545 bp + 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 65931885-65935477(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTAATAGTCAAAT
SmilChr01G000195 Chr01 NC_080387.1:3369153-3369165promoter 内 430-442 bp - 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 3372724-3373659(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TGGAGAGTCAAAG
SmilChr02G005502 Chr02 NC_080388.1:75152460-75152472promoter 内 301-313 bp + 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 75156160-75159521(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GATTGACTTGTTT
SmilChr02G000541 Chr02 NC_080388.1:7452890-7452902promoter 内 3920-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7452971-7461152(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATACAAGTCAATG
SmilChr02G000529 Chr02 NC_080388.1:7289938-7289950promoter 内 3908-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7290031-7295241(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATACAAGTCAATG
SmilChr01G003885 Chr01 NC_080387.1:57168040-57168052promoter 内 3904-3916 bp - 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 57168137-57170921(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAGAGAGTCAAAA
SmilChr02G000520 Chr02 NC_080388.1:7161107-7161119promoter 内 3719-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7161389-7162864(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACCATTTG
SmilChr02G000530 Chr02 NC_080388.1:7298145-7298157promoter 内 3694-3706 bp + 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7298452-7302000(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACCATTTG
SmilChr01G000903 Chr01 NC_080387.1:19086737-19086749promoter 内 3652-3664 bp - 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 19085731-19086400(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AATTGACTTTAGC
SmilChr02G001131 Chr02 NC_080388.1:20456470-20456482promoter 内 3605-3617 bp + 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 20456866-20457752(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTCTCCA
SmilChr01G002739 Chr01 NC_080387.1:45706617-45706629promoter 内 3595-3607 bp + 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 45707023-45710536(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTATGAA
SmilChr01G006163 Chr01 NC_080387.1:77056239-77056251promoter 内 3549-3561 bp + 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 77045680-77055799(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTAAGTCAAAG
SmilChr01G006112 Chr01 NC_080387.1:76657202-76657214promoter 内 3509-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 76657694-76660224(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGTTAAGTCAAAG
SmilChr01G005043 Chr01 NC_080387.1:68354640-68354652promoter 内 3474-3486 bp - 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 68355167-68358570(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTAATAGTCAAAT
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