转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 122 / 128 下载 TSV

上一页 122 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000909 Chr03 NC_080389.1:10416955-10416969promoter 内 3756-3770 bp + 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10414546-10416724(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAAGGTG
SmilChr05G002934 Chr05 NC_080391.1:35372146-35372160promoter 内 3564-3578 bp - 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35372583-35375390(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGACGGTGGAGATAG
SmilChr05G003494 Chr05 NC_080391.1:46478679-46478693promoter 内 3554-3568 bp + 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46473173-46478246(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGCAAGAGG
SmilChr07G000280 Chr07 NC_080393.1:1813790-1813804promoter 内 3475-3489 bp - 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1814316-1817250(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTTC
SmilChr04G000621 Chr04 NC_080390.1:7038598-7038612promoter 内 3438-3452 bp + 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7037654-7038049(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGACGGTGGAGCTCG
SmilChr08G003891 Chr08 NC_080394.1:46252403-46252417promoter 内 3387-3401 bp + 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46250869-46251803(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTTCCG
SmilChr05G003758 Chr05 NC_080391.1:50788222-50788236promoter 内 3352-3366 bp - 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50788871-50789814(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTTCCG
SmilChr01G006043 Chr01 NC_080387.1:75955480-75955494promoter 内 3331-3345 bp + 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75956150-75956609(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTTCGGCCACCGCCG
SmilChr02G000309 Chr02 NC_080388.1:3893216-3893230promoter 内 3322-3336 bp + 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3893895-3896873(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCCTTCCACCGCCC
SmilChr01G004003 Chr01 NC_080387.1:58429942-58429956promoter 内 3310-3324 bp - 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58430633-58431337(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGTCCGGGG
SmilChr04G000371 Chr04 NC_080390.1:3733755-3733769promoter 内 3279-3293 bp - 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3729974-3733047(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGAAA
SmilChr04G002516 Chr04 NC_080390.1:40179739-40179753promoter 内 3239-3253 bp - 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40180501-40183327(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGAGCC
SmilChr03G002901 Chr03 NC_080389.1:45765107-45765121promoter 内 3226-3240 bp - 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45765882-45767905(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGTGGTGGTGA
SmilChr04G000221 Chr04 NC_080390.1:1949448-1949462promoter 内 3208-3222 bp - 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1947142-1948669(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACTCCCACCGCCG
SmilChr03G002468 Chr03 NC_080389.1:39156016-39156030promoter 内 3196-3210 bp + 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39156821-39158471(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAACTCCACCGCTG
SmilChr05G002080 Chr05 NC_080391.1:21740163-21740177promoter 内 3196-3210 bp - 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21740968-21743967(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGTTGC
SmilChr03G002469 Chr03 NC_080389.1:39164000-39164014promoter 内 3195-3209 bp + 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39164806-39166432(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAACTCCACCGCTG
SmilChr06G001262 Chr06 NC_080392.1:13155308-13155322promoter 内 3119-3133 bp + 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 13156190-13162570(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCTTCCACCGCCC
SmilChr03G003391 Chr03 NC_080389.1:52299649-52299663promoter 内 3075-3089 bp + 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52300575-52304762(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGGATCCACCGCCG
SmilChr02G000194 Chr02 NC_080388.1:2413983-2413997promoter 内 3026-3040 bp + 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2414958-2416379(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGAACCACCGCCG
SmilChr01G002285 Chr01 NC_080387.1:39656058-39656072promoter 内 2963-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39657096-39661995(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCCTCCACCACCT
SmilChr06G002946 Chr06 NC_080392.1:42268421-42268435promoter 内 2939-2953 bp + 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42269483-42273739(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTCATCACCGCCG
SmilChr02G000365 Chr02 NC_080388.1:4673554-4673568promoter 内 2925-2939 bp - 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4667837-4672492(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCACCT
SmilChr04G002991 Chr04 NC_080390.1:46340140-46340154promoter 内 2910-2924 bp + 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46341231-46342816(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCCTCCACCACCT
SmilChr04G002364 Chr04 NC_080390.1:38125023-38125037promoter 内 2831-2845 bp + 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38126193-38127457(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACTTCCACCGCCC
SmilChr07G002348 Chr07 NC_080393.1:21807760-21807774promoter 内 2791-2805 bp - 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21808970-21810924(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGGGCGGC
SmilChr02G002524 Chr02 NC_080388.1:43920632-43920646promoter 内 2783-2797 bp - 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43921850-43925405(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGCTGGAG
SmilChr07G002253 Chr07 NC_080393.1:20714708-20714722promoter 内 2761-2775 bp - 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 20713402-20713482(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGAGG
SmilChr06G000694 Chr06 NC_080392.1:6137883-6137897promoter 内 2732-2746 bp - 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6139152-6143833(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGATGAGGG
SmilChr02G005465 Chr02 NC_080388.1:74949667-74949681promoter 内 2638-2652 bp + 1349 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74945122-74948318(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGCTGGAGC
SmilChr08G003722 Chr08 NC_080394.1:41897578-41897592promoter 内 2636-2650 bp - 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41893534-41896227(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCCTCCACCACCA
SmilChr02G005086 Chr02 NC_080388.1:72480957-72480971promoter 内 2624-2638 bp + 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72478046-72479594(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGTCGA
SmilChr03G000870 Chr03 NC_080389.1:9879212-9879226promoter 内 2581-2595 bp + 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9880632-9885394(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTTCGGCCACCGCCG
SmilChr04G001926 Chr04 NC_080390.1:31360291-31360305promoter 内 2562-2576 bp + 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31361730-31367584(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGGATCCACCGCCG
SmilChr04G000626 Chr04 NC_080390.1:7124874-7124888promoter 内 2498-2512 bp + 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7126377-7133897(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCGTCACCGCCA
SmilChr02G000215 Chr02 NC_080388.1:2820585-2820599promoter 内 2419-2433 bp - 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2817805-2819017(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCATTCACCGCCA
SmilChr06G000562 Chr06 NC_080392.1:4801374-4801388promoter 内 2416-2430 bp + 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4787554-4799803(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGTGGTGGAGGGTG
SmilChr03G001796 Chr03 NC_080389.1:24571188-24571202promoter 内 2334-2348 bp - 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24572855-24575792(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTTCGGCGGAGGTGG
SmilChr07G004567 Chr07 NC_080393.1:58470384-58470398promoter 内 2323-2337 bp + 1664 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58464643-58468720(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTTCGGCGGAGGTGG
SmilChr01G000635 Chr01 NC_080387.1:14275527-14275541promoter 内 2299-2313 bp - 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14277229-14280357(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGTGGTGGTGA
SmilChr07G001107 Chr07 NC_080393.1:8172705-8172719promoter 内 2264-2278 bp - 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8174442-8176707(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGTGGTGGAGAAGG
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SmilChr06G000693 Chr06 NC_080392.1:6137883-6137897promoter 内 2255-2269 bp - 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6134821-6136151(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTCATCACCGCCG
SmilChr08G001728 Chr08 NC_080394.1:14534011-14534025promoter 内 2223-2237 bp - 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14535789-14538336(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CATCGGTGGAGAGGG
SmilChr04G001794 Chr04 NC_080390.1:29404730-29404744promoter 内 2116-2130 bp + 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29400577-29402859(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCTGGCC
SmilChr06G002345 Chr06 NC_080392.1:34141953-34141967promoter 内 2104-2118 bp - 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34143850-34144551(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGCTGCTGG
SmilChr01G005261 Chr01 NC_080387.1:70087569-70087583promoter 内 2017-2031 bp + 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70089553-70092093(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTGAGCCACCGCCT
SmilChr01G005277 Chr01 NC_080387.1:70183373-70183387promoter 内 2002-2016 bp + 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70185372-70187985(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTGAGCCACCGCCT
SmilChr02G004395 Chr02 NC_080388.1:66302672-66302686promoter 内 1814-1828 bp - 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66298952-66300499(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCCCATCACCGCCG
SmilChr02G002980 Chr02 NC_080388.1:50372398-50372412promoter 内 1788-1802 bp + 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50364624-50370199(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTTCCG