转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 123 / 152 下载 TSV

上一页 123 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000723 Chr01 NC_080387.1:16172677-16172695promoter 内 209-227 bp - 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 16168191-16168903(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGCCACCAACCAATTTCAT
SmilChr02G004326 Chr02 NC_080388.1:65543177-65543195promoter 内 191-209 bp + 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 65546987-65548788(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAACGCCAACCACTCTGAG
SmilChr02G001771 Chr02 NC_080388.1:32481133-32481151promoter 内 154-172 bp - 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32472307-32477304(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGAAGTCAACCACCAAGAC
SmilChr05G001764 Chr05 NC_080391.1:17355828-17355846promoter 内 148-166 bp - 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 17359681-17362463(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGGAAATGGTTGGAGGAA
SmilChr03G003985 Chr03 NC_080389.1:58868094-58868112promoter 内 124-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 58871971-58874203(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTCTTCAACCACACTACT
SmilChr02G003608 Chr02 NC_080388.1:57323468-57323486promoter 内 117-135 bp - 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 57314820-57319602(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATTACAACCACCAACGG
SmilChr02G002120 Chr02 NC_080388.1:37964636-37964654promoter 内 99-117 bp + 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37958598-37960752(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGTCGTTGGTTGGAGCGC
SmilChr04G002442 Chr04 NC_080390.1:39118649-39118667promoter 内 47-65 bp + 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39122603-39123336(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCTCCAACCAATAGGTC
SmilChr02G000375 Chr02 NC_080388.1:4752803-4752821promoter 内 41-59 bp - 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4745987-4748861(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATCAACAACCACTTTTGT
SmilChr04G002317 Chr04 NC_080390.1:37479103-37479121promoter 内 35-53 bp + 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37474034-37475155(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTAGATTGGTTGGAGATG
SmilChr03G000984 Chr03 NC_080389.1:11148459-11148477promoter 内 3867-3885 bp + 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 11148593-11149969(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGATTCCAACAACTACTCC
SmilChr02G002129 Chr02 NC_080388.1:38144038-38144056promoter 内 3824-3842 bp - 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 38142935-38143879(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAACAACAACCACCACACA
SmilChr04G002996 Chr04 NC_080390.1:46369581-46369599promoter 内 3728-3746 bp + 255 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 46369854-46371935(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCATTCCAACTACAATTTT
SmilChr03G002351 Chr03 NC_080389.1:37140674-37140692promoter 内 3559-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 37137945-37140250(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATCGGTGTAGTTGGAATCG
SmilChr03G000510 Chr03 NC_080389.1:5490627-5490645promoter 内 3307-3325 bp + 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 5491321-5492306(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGATTCCAACAACTACTCC
SmilChr01G001376 Chr01 NC_080387.1:27118879-27118897promoter 内 3194-3212 bp + 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 27119686-27126433(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTATTTCAACCACTCTTGA
SmilChr04G004073 Chr04 NC_080390.1:55824085-55824103promoter 内 3113-3131 bp - 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 55824973-55827185(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATATCAGTGGTTGGCACAA
SmilChr04G000937 Chr04 NC_080390.1:12247386-12247404promoter 内 3070-3088 bp + 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 12246367-12246473(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCAATTGTGGTTGGCTTGA
SmilChr03G004196 Chr03 NC_080389.1:60605194-60605212promoter 内 2896-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 60606299-60608585(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGGATGTGGTTGCAATAT
SmilChr03G001950 Chr03 NC_080389.1:27820248-27820266promoter 内 2864-2882 bp + 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 27821385-27823583(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACATTCCAACCAACAATGT
SmilChr03G001897 Chr03 NC_080389.1:26516775-26516793promoter 内 2861-2879 bp - 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 26513453-26515653(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACATTCCAACCAACAATGT
SmilChr01G005210 Chr01 NC_080387.1:69732363-69732381promoter 内 2445-2463 bp + 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 69733919-69734530(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGGTTCAACCACCCGATG
SmilChr03G004194 Chr03 NC_080389.1:60605194-60605212promoter 内 2041-2059 bp - 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 60602560-60603252(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATATTGCAACCACATCCTG
SmilChr05G002744 Chr05 NC_080391.1:31605446-31605464promoter 内 1801-1819 bp - 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 31607646-31610276(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCACAGTGGTTGGACAGA
SmilChr04G003220 Chr04 NC_080390.1:49026470-49026488promoter 内 1502-1520 bp - 2481 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 49022512-49023989(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCATTCCAACTACAATTTT
SmilChr05G002743 Chr05 NC_080391.1:31605446-31605464promoter 内 1444-1462 bp - 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 31596412-31602907(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTGTCCAACCACTGTGGA
SmilChr02G001075 Chr02 NC_080388.1:19158533-19158551promoter 内 1430-1448 bp + 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 19161104-19164105(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATCGCCAACCACACCGCA
SmilChr02G000898 Chr02 NC_080388.1:15415205-15415223promoter 内 1374-1392 bp + 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 15417832-15420844(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATCGCCAACCACACCGCA
SmilChr01G005762 Chr01 NC_080387.1:73727717-73727735promoter 内 1340-1358 bp + 2643 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 73722201-73725074(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGGGGTTGGTTGGATTTA
SmilChr04G002997 Chr04 NC_080390.1:46369581-46369599promoter 内 1299-1317 bp + 2684 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 46372283-46373410(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCATTCCAACTACAATTTT
SmilChr05G001050 Chr05 NC_080391.1:8697515-8697533promoter 内 1269-1287 bp - 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 8700247-8716005(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCGTCGGTGGTTGTCGCCG
SmilChr01G005729 Chr01 NC_080387.1:73429602-73429620promoter 内 1100-1118 bp + 2883 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 73432503-73439654(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTCCCCAACCAAATATTT
SmilChr01G003932 Chr01 NC_080387.1:57607366-57607384promoter 内 753-771 bp + 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 57602491-57604136(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTTCAGTGGTTGAAATGG
SmilChr01G001515 Chr01 NC_080387.1:28994975-28994993promoter 内 672-690 bp + 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 28998304-29000650(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCACCCACCACCTCGTC
SmilChr04G004074 Chr04 NC_080390.1:55824085-55824103promoter 内 645-663 bp - 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 55827441-55829093(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATATCAGTGGTTGGCACAA
SmilChr02G000051 Chr02 NC_080388.1:689952-689970promoter 内 581-599 bp + 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 693372-694268(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATCCACAACCACTCATTT
SmilChr04G000483 Chr04 NC_080390.1:5230074-5230092promoter 内 92-110 bp + 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 5220556-5226183(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATGTTGTGGTTGGCACAA
SmilChr01G005533 Chr01 NC_080387.1:72173614-72173632promoter 内 3974-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 72171487-72173605(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATCAAGTTAGTTGGAACAA
SmilChr04G004161 Chr04 NC_080390.1:56291827-56291845promoter 内 3957-3975 bp + 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56291871-56293290(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCATCCCAACCAAATTTTA
SmilChr04G002919 Chr04 NC_080390.1:45418726-45418744promoter 内 3941-3959 bp + 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 45418786-45420645(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATTTCCAACCAACTAAAA
SmilChr02G003266 Chr02 NC_080388.1:53930710-53930728promoter 内 3933-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 53930778-53932551(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACAGACAACCACCCCCAC
SmilChr02G003906 Chr02 NC_080388.1:61124175-61124193promoter 内 3874-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 61124302-61124374(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTTTCCAACTACTAAATG
SmilChr01G000417 Chr01 NC_080387.1:8433941-8433959promoter 内 3871-3889 bp + 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 8432765-8433829(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGGAGTGGTTGTACGAT
SmilChr04G001544 Chr04 NC_080390.1:25561025-25561043promoter 内 3843-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 25557571-25560885(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCAAAAGCGGTTGGATGAA
SmilChr01G003790 Chr01 NC_080387.1:56288293-56288311promoter 内 3841-3859 bp - 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56288453-56290831(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCAAGTTAGTTGGAAGAT
SmilChr01G004353 Chr01 NC_080387.1:61726843-61726861promoter 内 3800-3818 bp - 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 61726229-61726660(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTTGCCAACCAACATCTT
SmilChr03G003479 Chr03 NC_080389.1:53342323-53342341promoter 内 3793-3811 bp - 190 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 53338559-53342133(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTATTACAACCACCCTTAT
SmilChr02G000300 Chr02 NC_080388.1:3792599-3792617promoter 内 3792-3810 bp + 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 3792808-3794739(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACACATTT
SmilChr01G003893 Chr01 NC_080387.1:57225591-57225609promoter 内 3769-3787 bp - 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 57225823-57234347(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATGTGTGGTTGAGATTG
SmilChr04G003221 Chr04 NC_080390.1:49026470-49026488promoter 内 3750-3768 bp - 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 49024132-49026237(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCATTCCAACTACAATTTT