转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 125 / 149 下载 TSV

上一页 125 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006051 Chr01 NC_080387.1:76012031-76012038promoter 内 3247-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 76012785-76016993(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G004330 Chr02 NC_080388.1:65585450-65585457promoter 内 3246-3253 bp + 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 65581920-65584702(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G005323 Chr02 NC_080388.1:74113789-74113796promoter 内 3245-3252 bp - 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 74110219-74113040(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G001764 Chr03 NC_080389.1:24069287-24069294promoter 内 3242-3249 bp - 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24065719-24068535(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr06G000529 Chr06 NC_080392.1:4337337-4337344promoter 内 3242-3249 bp + 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4338096-4341021(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr08G002302 Chr08 NC_080394.1:21564789-21564796promoter 内 3240-3247 bp - 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 21563951-21564035(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G002567 Chr03 NC_080389.1:40858014-40858021promoter 内 3238-3245 bp - 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 40858777-40859191(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G004661 Chr02 NC_080388.1:69011896-69011903promoter 内 3229-3236 bp + 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 69012668-69014684(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr07G004730 Chr07 NC_080393.1:60184185-60184192promoter 内 3219-3226 bp - 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 60184967-60188167(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr08G000908 Chr08 NC_080394.1:6713361-6713368promoter 内 3219-3226 bp - 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 6714143-6715141(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G004469 Chr02 NC_080388.1:67092626-67092633promoter 内 3215-3222 bp + 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 67093412-67237173(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr01G003955 Chr01 NC_080387.1:57925724-57925731promoter 内 3213-3220 bp + 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 57926512-57928904(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G000373 Chr02 NC_080388.1:4723268-4723275promoter 内 3210-3217 bp - 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4724059-4727197(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr01G001715 Chr01 NC_080387.1:31626749-31626756promoter 内 3193-3200 bp - 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 31624550-31625948(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G003927 Chr03 NC_080389.1:58350514-58350521promoter 内 3193-3200 bp - 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 58351322-58352302(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr04G003109 Chr04 NC_080390.1:47643353-47643360promoter 内 3192-3199 bp + 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47644162-47646786(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr08G000776 Chr08 NC_080394.1:5725721-5725728promoter 内 3187-3194 bp + 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 5712367-5724914(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr08G002461 Chr08 NC_080394.1:23439662-23439669promoter 内 3186-3193 bp + 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 23440477-23442727(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr07G001336 Chr07 NC_080393.1:10323120-10323127promoter 内 3185-3192 bp - 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 10323936-10330081(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G000102 Chr02 NC_080388.1:1300118-1300125promoter 内 3183-3190 bp + 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 1298563-1299307(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr05G002285 Chr05 NC_080391.1:24602774-24602781promoter 内 3177-3184 bp - 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24595185-24601957(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G000561 Chr02 NC_080388.1:7897319-7897326promoter 内 3171-3178 bp + 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7893948-7896496(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr07G000077 Chr07 NC_080393.1:360698-360705promoter 内 3166-3173 bp - 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 361533-362094(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr03G002152 Chr03 NC_080389.1:33470120-33470127promoter 内 3161-3168 bp - 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 33470960-33473313(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G004156 Chr02 NC_080388.1:63883081-63883088promoter 内 3159-3166 bp - 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 63883923-63886493(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr03G004040 Chr03 NC_080389.1:59405290-59405297promoter 内 3151-3158 bp + 843 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 59401010-59404447(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr05G003166 Chr05 NC_080391.1:40455797-40455804promoter 内 3148-3155 bp + 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 40452279-40454951(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr07G000056 Chr07 NC_080393.1:246543-246550promoter 内 3148-3155 bp + 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 243818-245697(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr01G003529 Chr01 NC_080387.1:53921561-53921568promoter 内 3147-3154 bp - 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 53922415-53926705(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr05G001018 Chr05 NC_080391.1:8337183-8337190promoter 内 3147-3154 bp + 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 8338037-8340830(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr05G000537 Chr05 NC_080391.1:4127623-4127630promoter 内 3145-3152 bp + 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4119603-4126774(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr05G003856 Chr05 NC_080391.1:52104315-52104322promoter 内 3141-3148 bp + 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 52105175-52109258(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G002198 Chr03 NC_080389.1:34589929-34589936promoter 内 3134-3141 bp + 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 34588198-34589069(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr01G000772 Chr01 NC_080387.1:16852944-16852951promoter 内 3133-3140 bp - 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 16853812-16854899(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G004137 Chr02 NC_080388.1:63635035-63635042promoter 内 3130-3137 bp - 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 63627924-63634171(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr04G002104 Chr04 NC_080390.1:33975544-33975551promoter 内 3130-3137 bp - 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 33976415-33981921(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr08G000609 Chr08 NC_080394.1:4532982-4532989promoter 内 3130-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4533853-4538795(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G004437 Chr02 NC_080388.1:66752274-66752281promoter 内 3129-3136 bp - 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 66753146-66754326(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G005546 Chr02 NC_080388.1:75456795-75456802promoter 内 3124-3131 bp - 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 75453517-75455925(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G004106 Chr03 NC_080389.1:59953030-59953037promoter 内 3114-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 59953917-59955001(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr08G000782 Chr08 NC_080394.1:5762017-5762024promoter 内 3112-3119 bp - 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 5751986-5761135(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr07G000616 Chr07 NC_080393.1:4181444-4181451promoter 内 3111-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4182334-4184347(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr03G004112 Chr03 NC_080389.1:60016351-60016358promoter 内 3109-3116 bp - 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 60017243-60035901(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr08G000902 Chr08 NC_080394.1:6685292-6685299promoter 内 3109-3116 bp + 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 6686184-6688466(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G003402 Chr02 NC_080388.1:55164679-55164686promoter 内 3108-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 55165572-55168835(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G005125 Chr02 NC_080388.1:72713982-72713989promoter 内 3104-3111 bp - 890 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 72714879-72730812(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr07G003519 Chr07 NC_080393.1:40312826-40312833promoter 内 3099-3106 bp - 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 40309917-40311931(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr06G000410 Chr06 NC_080392.1:3386898-3386905promoter 内 3093-3100 bp - 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 3387806-3390540(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr06G003279 Chr06 NC_080392.1:45354010-45354017promoter 内 3089-3096 bp + 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45354922-45355671(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr01G004619 Chr01 NC_080387.1:64204563-64204570promoter 内 3080-3087 bp - 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 64205484-64206311(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA