转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 125 / 133 下载 TSV

上一页 125 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001277 Chr03 NC_080389.1:14947818-14947826promoter 内 1993-2001 bp + 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14949826-14953038(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr01G002015 Chr01 NC_080387.1:35718539-35718547promoter 内 1715-1723 bp + 2278 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 35712868-35716261(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr01G004629 Chr01 NC_080387.1:64342623-64342631promoter 内 1705-1713 bp - 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64335215-64340335(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr02G003184 Chr02 NC_080388.1:52983942-52983950promoter 内 1696-1704 bp - 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 52986247-52990483(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr04G000707 Chr04 NC_080390.1:8245241-8245249promoter 内 1657-1665 bp - 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 8241816-8242905(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr01G002664 Chr01 NC_080387.1:44878504-44878512promoter 内 1555-1563 bp + 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 44872611-44876066(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr02G004382 Chr02 NC_080388.1:66168210-66168218promoter 内 1531-1539 bp - 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 66170680-66179784(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr01G004334 Chr01 NC_080387.1:61467081-61467089promoter 内 1456-1464 bp + 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 61469626-61470144(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr02G000267 Chr02 NC_080388.1:3466598-3466606promoter 内 1445-1453 bp - 2548 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 3469154-3470115(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr02G002455 Chr02 NC_080388.1:42840068-42840076promoter 内 1405-1413 bp - 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 42842664-42851129(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr01G003683 Chr01 NC_080387.1:55223847-55223855promoter 内 1386-1394 bp + 2607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 55226462-55226658(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr01G004333 Chr01 NC_080387.1:61467081-61467089promoter 内 1366-1374 bp + 2627 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 61463145-61464454(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr03G003289 Chr03 NC_080389.1:51001217-51001225promoter 内 1305-1313 bp - 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 50997014-50998529(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr01G005248 Chr01 NC_080387.1:70008801-70008809promoter 内 1247-1255 bp - 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 70011555-70016026(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr01G004685 Chr01 NC_080387.1:64926874-64926882promoter 内 1174-1182 bp + 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64921586-64924055(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr02G001770 Chr02 NC_080388.1:32457429-32457437promoter 内 1093-1101 bp - 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 32453541-32454529(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr04G000383 Chr04 NC_080390.1:3910791-3910799promoter 内 1079-1087 bp + 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 3906747-3907877(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr03G001663 Chr03 NC_080389.1:21568791-21568799promoter 内 1049-1057 bp - 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 21564855-21565847(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr02G003985 Chr02 NC_080388.1:62111620-62111628promoter 内 1011-1019 bp + 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 62105829-62108638(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr04G001543 Chr04 NC_080390.1:25530996-25531004promoter 内 972-980 bp - 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 25524323-25527975(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr02G004758 Chr02 NC_080388.1:69776432-69776440promoter 内 897-905 bp - 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 69760159-69773336(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr03G000010 Chr03 NC_080389.1:116045-116053promoter 内 805-813 bp + 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 110983-112857(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr02G000979 Chr02 NC_080388.1:17169619-17169627promoter 内 787-795 bp + 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 17172833-17173870(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr04G000123 Chr04 NC_080390.1:1053974-1053982promoter 内 741-749 bp - 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1057234-1061256(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr02G003696 Chr02 NC_080388.1:58410143-58410151promoter 内 735-743 bp - 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 58413409-58416767(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr04G002968 Chr04 NC_080390.1:46050099-46050107promoter 内 660-668 bp - 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 46039958-46046766(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr02G002079 Chr02 NC_080388.1:37377729-37377737promoter 内 582-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 37372666-37374318(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr01G002057 Chr01 NC_080387.1:36371192-36371200promoter 内 536-544 bp - 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 36374657-36378001(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr02G004499 Chr02 NC_080388.1:67498177-67498185promoter 内 460-468 bp + 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 67491753-67494644(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr04G001498 Chr04 NC_080390.1:24524079-24524087promoter 内 397-405 bp - 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 24519500-24520483(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr02G003220 Chr02 NC_080388.1:53428057-53428065promoter 内 395-403 bp - 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 53422811-53424459(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr02G004759 Chr02 NC_080388.1:69776432-69776440promoter 内 313-321 bp - 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 69780120-69781536(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr01G004676 Chr01 NC_080387.1:64861331-64861339promoter 内 268-276 bp + 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64853565-64857606(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr01G003158 Chr01 NC_080387.1:50420911-50420919promoter 内 181-189 bp - 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 50414386-50417099(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr02G005569 Chr02 NC_080388.1:75593354-75593362promoter 内 70-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 75584703-75589431(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr04G000062 Chr04 NC_080390.1:568131-568139promoter 内 34-42 bp - 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 563072-564172(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GACACGTGC
SmilChr01G002110 Chr01 NC_080387.1:37159086-37159094promoter 内 25-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 37152762-37155118(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTC
SmilChr01G006014 Chr01 NC_080387.1:75730662-75730670promoter 内 3501-3509 bp - 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 75731162-75732955(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TAACGTGGG
SmilChr01G003809 Chr01 NC_080387.1:56463776-56463784promoter 内 3490-3498 bp + 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 56461262-56463273(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TAACGTGGG
SmilChr01G005917 Chr01 NC_080387.1:75004688-75004696promoter 内 2472-2480 bp - 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 75006217-75008694(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TAACGTGGG
SmilChr01G005916 Chr01 NC_080387.1:74995558-74995566promoter 内 2003-2011 bp - 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 74997556-75000357(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TAACGTGGG
SmilChr02G001593 Chr02 NC_080388.1:29704323-29704331promoter 内 1985-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 29699038-29702315(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TAACGTGGG
SmilChr04G000220 Chr04 NC_080390.1:1910104-1910112promoter 内 351-359 bp - 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 1913754-1916737(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TAACGTGGG
SmilChr02G004178 Chr02 NC_080388.1:64072250-64072258promoter 内 3974-3982 bp - 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 64068322-64072231(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTA
SmilChr01G004363 Chr01 NC_080387.1:61816887-61816895promoter 内 3930-3938 bp - 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 61814118-61816824(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTA
SmilChr03G004520 Chr03 NC_080389.1:63273349-63273357promoter 内 3898-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 63271455-63273254(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTA
SmilChr01G004948 Chr01 NC_080387.1:67569295-67569303promoter 内 3811-3819 bp - 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 67569485-67572285(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TAACGTGGG
SmilChr02G000550 Chr02 NC_080388.1:7684155-7684163promoter 内 3744-3752 bp + 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 7684412-7685293(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTA
SmilChr02G005108 Chr02 NC_080388.1:72595291-72595299promoter 内 3666-3674 bp + 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 72591050-72594964(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TAACGTGGG
SmilChr03G003248 Chr03 NC_080389.1:50372998-50373006promoter 内 3529-3537 bp + 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 50373470-50374730(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTA