转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 126 / 134 下载 TSV

上一页 126 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001229 Chr01 NC_080387.1:24577197-24577209promoter 内 1442-1454 bp + 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24569064-24574650(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCATCAC
SmilChr01G004651 Chr01 NC_080387.1:64634275-64634287promoter 内 1417-1429 bp - 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 64629285-64631703(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTTAGTGATAAGG
SmilChr01G004431 Chr01 NC_080387.1:62419957-62419969promoter 内 1331-1343 bp - 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 62415542-62417299(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTTGGATAAAG
SmilChr01G004107 Chr01 NC_080387.1:59591474-59591486promoter 内 1312-1324 bp + 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59584356-59588797(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTATCCACTTT
SmilChr01G001598 Chr01 NC_080387.1:30128678-30128690promoter 内 1243-1255 bp + 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 30131436-30143890(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAAGTGGATAATT
SmilChr01G005563 Chr01 NC_080387.1:72430813-72430825promoter 内 1199-1211 bp + 2790 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72433615-72435844(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAGTCGGATAAGC
SmilChr02G000960 Chr02 NC_080388.1:16739475-16739487promoter 内 1128-1140 bp + 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 16742348-16754621(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAAGTGGATAATT
SmilChr01G003269 Chr01 NC_080387.1:51380009-51380021promoter 内 1126-1138 bp + 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51371398-51377146(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGTTATCCAAAAT
SmilChr02G002278 Chr02 NC_080388.1:40265543-40265555promoter 内 1077-1089 bp - 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40268467-40269588(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCAAGAT
SmilChr02G005549 Chr02 NC_080388.1:75477914-75477926promoter 内 1044-1056 bp - 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75470795-75474969(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTTGGATAACT
SmilChr01G000145 Chr01 NC_080387.1:2438008-2438020promoter 内 1034-1046 bp + 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2440975-2446801(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGGTGGATAACA
SmilChr02G001218 Chr02 NC_080388.1:22386231-22386243promoter 内 954-966 bp + 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22376649-22383196(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCATTGG
SmilChr01G004484 Chr01 NC_080387.1:62962393-62962405promoter 内 847-859 bp + 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 62965547-62971988(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGCGTGGATAATG
SmilChr02G003022 Chr02 NC_080388.1:50901371-50901383promoter 内 807-819 bp + 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50904565-50905437(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTATTGATAAGG
SmilChr01G000382 Chr01 NC_080387.1:7860142-7860154promoter 内 804-816 bp + 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7856244-7856957(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCACCAT
SmilChr01G004652 Chr01 NC_080387.1:64634275-64634287promoter 内 734-746 bp - 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 64637542-64637843(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCACTAAA
SmilChr02G003213 Chr02 NC_080388.1:53326503-53326515promoter 内 633-645 bp + 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53322654-53323147(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTATCCAAATC
SmilChr01G003972 Chr01 NC_080387.1:58162150-58162162promoter 内 581-593 bp - 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 58156146-58158742(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAAGTGGATAATT
SmilChr02G001204 Chr02 NC_080388.1:22203056-22203068promoter 内 546-558 bp + 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22198792-22199613(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCACCAT
SmilChr02G004502 Chr02 NC_080388.1:67543944-67543956promoter 内 490-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 67528523-67540445(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGCGTGGATAATG
SmilChr02G004849 Chr02 NC_080388.1:70646655-70646667promoter 内 478-490 bp - 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 70619616-70643144(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTGATGGATAAGT
SmilChr02G003486 Chr02 NC_080388.1:56125110-56125122promoter 内 446-458 bp + 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56121495-56121567(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGTTATCCACTCA
SmilChr02G001564 Chr02 NC_080388.1:28907439-28907451promoter 内 390-402 bp + 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28900887-28903840(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTATCCACTTT
SmilChr01G000755 Chr01 NC_080387.1:16619766-16619778promoter 内 376-388 bp + 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 16623391-16625864(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTGTGGATAATA
SmilChr01G002689 Chr01 NC_080387.1:45124488-45124500promoter 内 374-386 bp + 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 45128115-45129904(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CAAGACGATAAGG
SmilChr03G001864 Chr03 NC_080389.1:25757425-25757437promoter 内 348-360 bp - 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 25749931-25753784(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATCTTGGATAAGT
SmilChr01G001166 Chr01 NC_080387.1:23686721-23686733promoter 内 343-355 bp + 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 23690379-23692324(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAGGTGGATAACC
SmilChr02G002853 Chr02 NC_080388.1:48710736-48710748promoter 内 258-270 bp - 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48714479-48715254(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTATCCACTTT
SmilChr01G000799 Chr01 NC_080387.1:17284777-17284789promoter 内 219-231 bp - 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 17278698-17281007(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTGTGGATAATA
SmilChr01G002115 Chr01 NC_080387.1:37191395-37191407promoter 内 111-123 bp - 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37184435-37187517(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAGTTTGATAAGG
SmilChr01G001994 Chr01 NC_080387.1:35345274-35345286promoter 内 107-119 bp + 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35339808-35341392(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCT
SmilChr02G001348 Chr02 NC_080388.1:25178951-25178963promoter 内 99-111 bp + 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 25182853-25183197(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGGTGGATAACA
SmilChr01G001206 Chr01 NC_080387.1:24277247-24277259promoter 内 68-80 bp + 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24281180-24282600(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAGGTGGATAACC
SmilChr01G001180 Chr01 NC_080387.1:23853207-23853219promoter 内 5-17 bp - 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 23848331-23849223(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAAATGGATAATT
SmilChr03G000875 Chr03 NC_080389.1:9939099-9939111promoter 内 3131-3143 bp - 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 8 9939969-9943944(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTATCCATTTA
SmilChr03G000874 Chr03 NC_080389.1:9936435-9936447promoter 内 1019-1031 bp - 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 4 9932378-9933465(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAATC
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SmilChr01G003467 Chr01 NC_080387.1:53231907-53231919promoter 内 3172-3184 bp - 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 53232736-53233425(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTATCCATTTA
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SmilChr01G003221 Chr01 NC_080387.1:50978315-50978327promoter 内 2736-2748 bp - 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 50976100-50977062(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAATC