转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 127 / 139 下载 TSV

上一页 127 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001753 Chr03 NC_080389.1:23807304-23807317promoter 内 1706-1719 bp + 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 23809599-23813666(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATTGACGGTGAACG
SmilChr02G005447 Chr02 NC_080388.1:74827406-74827419promoter 内 1668-1681 bp - 2320 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 74829739-74831528(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTTCCACCGCCCTA
SmilChr02G000715 Chr02 NC_080388.1:11522155-11522168promoter 内 1655-1668 bp - 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 11516826-11519822(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTGGACGGCTGAGA
SmilChr07G000781 Chr07 NC_080393.1:5499319-5499332promoter 内 1641-1654 bp + 2347 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5501679-5504188(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGCTACGA
SmilChr03G001287 Chr03 NC_080389.1:15072278-15072291promoter 内 1591-1604 bp - 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 15065646-15069881(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGTCGGTGGAGC
SmilChr01G002227 Chr01 NC_080387.1:38739741-38739754promoter 内 1582-1595 bp + 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 38742160-38743032(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATAGGCGGTGGAGC
SmilChr02G003894 Chr02 NC_080388.1:61026390-61026403promoter 内 1567-1580 bp + 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 61019991-61023969(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCATG
SmilChr01G001701 Chr01 NC_080387.1:31446163-31446176promoter 内 1548-1561 bp + 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 31448616-31451301(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAAGACGGTGGGAG
SmilChr05G003037 Chr05 NC_080391.1:38118781-38118794promoter 内 1543-1556 bp - 2445 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 38115557-38116336(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACTGCCGGTGGAGA
SmilChr01G003983 Chr01 NC_080387.1:58285950-58285963promoter 内 1525-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 58281499-58283487(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAAGCCGGTGGAGC
SmilChr03G001379 Chr03 NC_080389.1:16312579-16312592promoter 内 1475-1488 bp + 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 16315105-16317328(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTGGACGGCTGAGA
SmilChr01G000235 Chr01 NC_080387.1:4400853-4400866promoter 内 1468-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4403386-4405265(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCGGACGGTGCTGA
SmilChr01G001718 Chr01 NC_080387.1:31662774-31662787promoter 内 1407-1420 bp + 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 31656640-31660193(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCACCGTCACA
SmilChr01G001091 Chr01 NC_080387.1:22360781-22360794promoter 内 1361-1374 bp + 2627 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22363421-22371155(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGTCGGGA
SmilChr01G001016 Chr01 NC_080387.1:21332551-21332564promoter 内 1293-1306 bp - 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 21322126-21329856(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGTCGGGA
SmilChr03G001895 Chr03 NC_080389.1:26456634-26456647promoter 内 1272-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 26459363-26460371(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTGCACCGTCTCC
SmilChr01G003707 Chr01 NC_080387.1:55425151-55425164promoter 内 1253-1266 bp + 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55420943-55422416(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TAATCACCGTCCTT
SmilChr03G002185 Chr03 NC_080389.1:34075670-34075683promoter 内 1113-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34078558-34080770(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCAGCACCGTCTTC
SmilChr07G000432 Chr07 NC_080393.1:3029261-3029274promoter 内 1062-1075 bp + 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3024968-3026335(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTACCTCCGTCCAA
SmilChr05G001555 Chr05 NC_080391.1:14270853-14270866promoter 内 1028-1041 bp - 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14273826-14279752(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CATCCACCGACGAT
SmilChr01G005786 Chr01 NC_080387.1:73943306-73943319promoter 内 987-1000 bp - 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 73946320-73951969(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCCACACCGTCCCA
SmilChr06G001812 Chr06 NC_080392.1:21289716-21289729promoter 内 917-930 bp - 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 21292800-21296245(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTCCACCGCCTAT
SmilChr06G002438 Chr06 NC_080392.1:35117879-35117892promoter 内 912-925 bp - 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 35120968-35124071(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCCCCACCGTCTGC
SmilChr01G002031 Chr01 NC_080387.1:35893963-35893976promoter 内 888-901 bp + 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 35889237-35890863(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGTCGTG
SmilChr01G000304 Chr01 NC_080387.1:5945818-5945831promoter 内 861-874 bp + 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5942008-5942691(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTCCACCGCCTAT
SmilChr05G003126 Chr05 NC_080391.1:39894565-39894578promoter 内 817-830 bp - 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39897749-39898556(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTCCACCGTCCGG
SmilChr05G002765 Chr05 NC_080391.1:32040168-32040181promoter 内 785-798 bp - 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32033550-32036965(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGTAGCGT
SmilChr01G003896 Chr01 NC_080387.1:57241500-57241513promoter 内 673-686 bp - 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 57244828-57245883(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAAGCGCCGTCCAG
SmilChr05G002130 Chr05 NC_080391.1:22405568-22405581promoter 内 579-592 bp - 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22398914-22402159(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATCGTCGGTGGAGT
SmilChr01G005533 Chr01 NC_080387.1:72177030-72177043promoter 内 563-576 bp + 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 72171487-72173605(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCGTAGCCGTCCAT
SmilChr01G004876 Chr01 NC_080387.1:66850089-66850102promoter 内 541-554 bp + 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 66853549-66854501(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGTAAAGG
SmilChr02G000725 Chr02 NC_080388.1:11788734-11788747promoter 内 521-534 bp + 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 11784668-11785267(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTGCACCGTCGTC
SmilChr04G003109 Chr04 NC_080390.1:47640672-47640685promoter 内 511-524 bp - 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47644162-47646786(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCGGCACCGTCTCT
SmilChr05G003125 Chr05 NC_080391.1:39894565-39894578promoter 内 466-479 bp - 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39889837-39891043(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCGGACGGTGGAAC
SmilChr01G004299 Chr01 NC_080387.1:61178096-61178109promoter 内 376-389 bp + 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 61172693-61174484(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTGCACCGTCGTC
SmilChr04G002638 Chr04 NC_080390.1:41792952-41792965promoter 内 356-369 bp + 3632 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 41786703-41789320(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGGCTCC
SmilChr01G003083 Chr01 NC_080387.1:49672491-49672504promoter 内 308-321 bp + 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49665340-49668811(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCAGCCGTCCAG
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