转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 127 / 136 下载 TSV

上一页 127 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001559 Chr01 NC_080387.1:29619783-29619793promoter 内 1277-1287 bp + 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 29622507-29624733(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGC
SmilChr05G003447 Chr05 NC_080391.1:45844356-45844366promoter 内 1275-1285 bp + 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 45847082-45852499(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGAG
SmilChr04G002663 Chr04 NC_080390.1:42037793-42037803promoter 内 1267-1277 bp - 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 42032930-42035069(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGTT
SmilChr01G002147 Chr01 NC_080387.1:37465424-37465434promoter 内 1248-1258 bp - 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 37456800-37462681(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGAG
SmilChr03G001469 Chr03 NC_080389.1:17546096-17546106promoter 内 1242-1252 bp - 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 17548855-17552851(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGA
SmilChr07G001733 Chr07 NC_080393.1:14734498-14734508promoter 内 1230-1240 bp + 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 14727904-14731737(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr03G002901 Chr03 NC_080389.1:45763107-45763117promoter 内 1226-1236 bp + 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 45765882-45767905(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGAG
SmilChr04G003301 Chr04 NC_080390.1:49720285-49720295promoter 内 1223-1233 bp + 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49723063-49725432(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCC
SmilChr01G002892 Chr01 NC_080387.1:47611660-47611670promoter 内 1219-1229 bp + 2772 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 47602304-47608888(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGTT
SmilChr07G001776 Chr07 NC_080393.1:15048422-15048432promoter 内 1202-1212 bp - 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 15051221-15051595(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACCCTGAGCC
SmilChr01G005759 Chr01 NC_080387.1:73700836-73700846promoter 内 1146-1156 bp + 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 73682109-73697991(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGA
SmilChr02G002273 Chr02 NC_080388.1:40194644-40194654promoter 内 1133-1143 bp + 2858 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 40197512-40198624(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCATC
SmilChr07G004243 Chr07 NC_080393.1:54855121-54855131promoter 内 1082-1092 bp - 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54858040-54860461(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGTT
SmilChr08G002033 Chr08 NC_080394.1:18119244-18119254promoter 内 1033-1043 bp + 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 18114874-18116286(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGA
SmilChr03G000859 Chr03 NC_080389.1:9822428-9822438promoter 内 1000-1010 bp - 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 9813814-9819437(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGAA
SmilChr01G002101 Chr01 NC_080387.1:37046783-37046793promoter 内 966-976 bp - 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 37049818-37054190(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr02G002209 Chr02 NC_080388.1:39342691-39342701promoter 内 964-974 bp - 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 39345728-39349214(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCGCTGAGCT
SmilChr07G004701 Chr07 NC_080393.1:59906094-59906104promoter 内 961-971 bp + 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 59909134-59912336(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATTCAGCGCC
SmilChr06G001386 Chr06 NC_080392.1:14511001-14511011promoter 内 953-963 bp - 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 14504566-14507963(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGC
SmilChr07G003288 Chr07 NC_080393.1:34645179-34645189promoter 内 945-955 bp + 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 34640181-34642133(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACCCTGAGCC
SmilChr03G004699 Chr03 NC_080389.1:64313294-64313304promoter 内 938-948 bp + 3053 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64308714-64310241(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGCCTGAGCC
SmilChr06G000054 Chr06 NC_080392.1:433709-433719promoter 内 897-907 bp - 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 436813-439893(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGA
SmilChr04G003993 Chr04 NC_080390.1:55319404-55319414promoter 内 837-847 bp + 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55322568-55324194(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCATC
SmilChr02G000798 Chr02 NC_080388.1:13262399-13262409promoter 内 836-846 bp + 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13265564-13268160(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGAG
SmilChr02G002263 Chr02 NC_080388.1:40086831-40086841promoter 内 818-828 bp + 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 40081593-40083658(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr07G003582 Chr07 NC_080393.1:41862635-41862645promoter 内 816-826 bp + 3175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 41858341-41859460(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGTT
SmilChr04G004141 Chr04 NC_080390.1:56178804-56178814promoter 内 793-803 bp - 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56182012-56184519(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGCCTGAGCC
SmilChr08G004087 Chr08 NC_080394.1:49566318-49566328promoter 内 788-798 bp - 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49555247-49563115(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGAT
SmilChr07G001735 Chr07 NC_080393.1:14734498-14734508promoter 内 758-768 bp + 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 14737741-14750976(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGC
SmilChr01G004206 Chr01 NC_080387.1:60499921-60499931promoter 内 749-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 60503173-60504883(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr02G000966 Chr02 NC_080388.1:16880297-16880307promoter 内 707-717 bp - 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 16876393-16877013(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGC
SmilChr01G005059 Chr01 NC_080387.1:68497312-68497322promoter 内 700-710 bp + 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 68500613-68523773(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATTCAGCGCC
SmilChr05G002252 Chr05 NC_080391.1:24198208-24198218promoter 内 697-707 bp - 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 24201512-24211106(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACCCTGAGCC
SmilChr07G004350 Chr07 NC_080393.1:56035866-56035876promoter 内 692-702 bp + 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56026380-56032567(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGCCTGAGCC
SmilChr08G004061 Chr08 NC_080394.1:49231598-49231608promoter 内 688-698 bp + 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49227633-49228295(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGAT
SmilChr07G000634 Chr07 NC_080393.1:4285438-4285448promoter 内 667-677 bp + 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 4279586-4282114(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr07G003650 Chr07 NC_080393.1:43327575-43327585promoter 内 658-668 bp + 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 43330918-43333287(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGC
SmilChr07G001427 Chr07 NC_080393.1:11100875-11100885promoter 内 649-659 bp + 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 11095347-11097533(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr02G000793 Chr02 NC_080388.1:13084036-13084046promoter 内 643-653 bp + 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13079223-13080688(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGA
SmilChr03G004733 Chr03 NC_080389.1:64479794-64479804promoter 内 634-644 bp + 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64483161-64485049(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATTCAGCGCC
SmilChr07G001603 Chr07 NC_080393.1:13392978-13392988promoter 内 629-639 bp + 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13380400-13389616(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGA
SmilChr04G001181 Chr04 NC_080390.1:17911318-17911328promoter 内 611-621 bp - 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 17914708-17915253(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GATGCTGAGCG
SmilChr03G004441 Chr03 NC_080389.1:62550261-62550271promoter 内 547-557 bp + 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 62553715-62584049(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGTT
SmilChr07G000679 Chr07 NC_080393.1:4617333-4617343promoter 内 546-556 bp + 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 4620788-4622592(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGAA
SmilChr05G003349 Chr05 NC_080391.1:44197905-44197915promoter 内 533-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 44201373-44201921(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATTCAGCGCC
SmilChr01G000831 Chr01 NC_080387.1:17917540-17917550promoter 内 518-528 bp + 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 17909803-17914067(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGA
SmilChr06G000130 Chr06 NC_080392.1:918762-918772promoter 内 515-525 bp + 3476 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 922248-929003(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGC
SmilChr02G000763 Chr02 NC_080388.1:12437205-12437215promoter 内 510-520 bp - 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 12431552-12433724(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGC
SmilChr06G001811 Chr06 NC_080392.1:21281325-21281335promoter 内 481-491 bp - 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 21277090-21277815(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGAG
SmilChr03G002121 Chr03 NC_080389.1:32962521-32962531promoter 内 464-474 bp - 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 32966058-32966610(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGAT